1368年，朱元璋于南京称帝，建元洪武。立国之初，由于元朝残余势力退回漠北，北方成为明朝关注的军事重点。但在东南沿海，明朝依然保留了元朝设立的澎湖巡检司，隶属晋江县，作为治理台澎的行政机构。
在明代台湾，随着大陆定居人口日渐增多，自三国始延续了千年的儒家文化，开始进一步影响其政治、经济制度和社会结构。与此同时，外力内渐，日本、荷兰等国海上势力开始侵扰台湾，明代中国也为之谱写了一部波澜壮阔的台湾保卫史。
（一）
从洪武元年起，由日本流亡武士、无业浪人和不法奸商组成的倭寇势力开始频频入侵东南沿海。洪武一朝31年的时间里，仅被确切记载的倭患事件就多达48次，小规模侵掠无计其数。明朝力量相对薄弱的台澎地区自然也成为倭寇的蹂躏之地，岛民对此苦不堪言。这引起了朝廷的高度重视，朱元璋将防倭列为重要国策，采取种种举措，力图消除倭患。
立国之初，朱元璋欲以外交手段，釜底抽薪，迫使日本从源头上一揽子解决威胁沿海与台澎地区的倭患问题。但是，不断遣使赴日的积极外交却没有收到预期效果。尽管日本南朝和北朝分别于洪武四年、洪武七年开始就时常遣使朝贡，但倭患不仅未除，反而日益严重。这使朱元璋决定言明立场。洪武十三年（1380年），诏谕日本北朝国王：“蠹尔东夷，君臣非道，四扰邻邦……纵民为非，将必自殃乎。”洪武十四年（1381年），诏谕日本南朝室町幕府：“今日本迩年以来，自夸强盛，纵民为盗，贼害邻邦，若必欲较胜负，见是非，辩强弱，恐非将军之利也。”明朝对日政策遂转为消极外交，积极防御。
增强海防，御敌于国门之外。洪武十七年（1384年），朱元璋找到开国将领汤和，对他说：“卿虽已年迈，但仍希望你能勉为其难，代朕前去整饬海防。”于是，已近花甲之年的汤和开始巡视沿海，构筑城防。在他的督促下，用了3年时间，在沿海一线新建59座卫所，招募58000余名兵士进驻守卫。同时，大规模增设巡检司，巡逻海上。洪武二十年（1387年），仅在福建一省，就增置巡检司45个。朱元璋下旨要求凡是天下要冲之地，都要设立巡检司。他还下令浙江、福建等地大量建造海船，扩充水军，派得力将领前去训练军士，增强海上作战能力。至此，明王朝在沿海一线布下了蔚为壮观的防御力量。至洪武二十年，明朝在漫长海岸线上共设置了58个卫、89个所，停放战舰2000多艘，布防军队30万人。因而洪武一朝，虽然倭患不断，但始终未成大祸。
元末明初之际，由于局势不稳，大陆人前往台湾从事开发的人数日渐增多。洪武五年（1372年），汤和上奏朝廷，为防止流落台澎地区的方国珍、张士诚旧部胁岛民为祸作乱，建议迁台澎岛民于近海安置。只是朝廷并不愿主动放弃台澎地区，此事就此搁置。但到洪武二十年，倭患依然纵横为祸，给台澎民众造成了持续性的伤害和损失，农民出身的朱元璋深知百姓疾苦，实不忍大明子民继续忍受倭患之灾，遂采取权宜之计，“尽徙屿民，废巡司而墟其地”。
尽管澎湖巡检司被暂时裁撤，但朝廷从未放弃对澎湖和台湾的主权管辖，郑和下西洋则强化了台湾的臣属地位。永乐年间，郑和下西洋，沿海诸藩国无不主动进拜朝贡，台湾作为直属却远避不至。郑和盛怒，率领水师进驻台湾，代表明朝中央权威，行使国家权力，引妈祖香火入台教化民众；亲植可驱寒祛湿的“三宝姜”、广投防疫治病的药物于井水之中，保民安康；赐铜铃于各少数民族部族首领，以示王权和怀柔之意。
永乐一朝缔造的强大海上力量，使倭患遭到有力压制。
万历二十年（1592年），倭寇进犯朝鲜，并有入侵台湾鸡笼、淡水之意。由于鸡笼与澎湖一衣带水，福建巡抚召集文武官员商量对策，决定先行增兵，据险守之。万历二十三年（1595年）四月，福建巡抚许孚远上疏朝廷，认为澎湖遥矗海中，是海外各方势力于海上必经之地，如果在岛上修筑城镇、设置营所，使驻扎军队且耕且守，以此占据海洋之要害，才有希望斩断海盗、倭寇的退守之路，使其不敢轻易来犯。万历二十五年（1597年），福建巡抚金学再次上奏朝廷，担心澎湖列岛因绵亘延袤而被倭寇占领，且澎湖离泉州只有一日船程，若倭寇盘踞澎湖则必会对泉州乃至福建构成威胁。他建议朝廷增设南路游击，在汛期前往澎湖驻守。
经两任巡抚提议，为抗击海盗倭寇，明确对台澎地区的治权，朝廷决定增设澎湖游击。“迨万历二十五年，乃增设澎湖游兵，甚至料罗、东涌、大小甘山亦设远哨。”同时设澎湖游击一职，“属南路参将，驻厦门，而澎湖其遥领也”，由漳州和泉州共同负责澎湖守军的月粮供应。第二年，朝廷考虑到澎湖海岛孤立寡援，于是分别增设一名游击、把总和哨官，同时配备等量的船舰和兵士。又从海坛、南日、浯屿、铜山等海岛驻军中，各抽哨官一人，领坚船三只，汛期来时和澎湖水师一同出海巡逻，遥相呼应，以联声势。
澎湖游击的设立使得澎湖列岛与福建、浙江沿海各要塞连为一体，极大增强了台澎地区的军事防御力量，台澎地区的防卫成为整个国家海防建设的重要一翼。明王朝对于台湾的主权意识也愈发坚定。
（二）
万历年间，随着对澎湖地区主控能力增强，倭寇也针对性地增强抵抗，并开始向台湾移巢，四处劫掠，台湾及沿海各地的商人、渔民对此苦不堪言。为捍卫国家主权、解救台湾民众，福建总兵召开军事会议，商讨应敌之策。福建浯屿（金门）把总沈有容慷慨陈词：我们应以此为耻，岂能无所作为？只要我在任一日，就不会放任只有弹丸之地的丑恶宵小之辈犯我大明海疆、辱我大明子民！然而，众多官员当时看不到台湾的重要战略地位，皆认为不可轻率出兵，且责备沈有容主动挑起兵祸。但沈有容谋略在胸，主动请缨，其曰：前有祖逖统兵渡江，收复失地，我愿领军渡海，驱贼灭倭！
万历三十年（1602年），沈有容率领21艘战舰奉命征讨。出征之前，沈有容一方面提前派人前往台湾海域侦察敌情，绘制水文航图。另一方面征调各项战争物资，协调后勤供给，以确保无后顾之忧。部署既当，犒劳将士，大军由金门料罗湾誓师出发。当日夜间，兵抵澎湖之时，突遇狂风骤雨，恶浪滔天。船舰飘散离失，多有军士面容失色，军心动摇，萌生退意。但沈有容指挥若定，高声喝令：大丈夫生当成名，怎能葬于江鱼腹中，敢言退兵者，斩！众将士见沈有容从容不迫，遂军心稳定。天明时分，风暴渐息，沈有容整顿舰队，挥师再进，终抵台湾海域。
由于此次行动严格保密，以至大军逼近，盘踞在台湾的倭寇方才警醒，随即带上劫掠所得的钱财和人口，仓皇应战，意欲突围。双方于海上展开激烈战斗，沈有容现身坐舰，调度指挥，明军将士不畏生死，奋勇*敌。倭寇很快不敌，竟争相将掳掠珠宝财物抛入海中，企图引诱明军夺财弃战。但沈有容治军严明，明军无一人受之所惑，反而愈发奋勇。最终，明军以绝对优势一举荡平盘踞在台湾的倭寇，击沉其船舰6艘，解救数百名被掳台湾民众。
随后，沈有容率军在台南登陆，明军所到之处受到台湾百姓热情欢迎。在各部酋长的带领下，当地民众扶老携幼，带上美酒、鹿肉纷纷前来犒劳明朝王师。他们将手放在额头行礼，以示敬意，感谢大明军队扫除倭寇还以安宁，尤其是对沈有容救其于水火，无不感恩戴德，皆呼：“沈将军，再造我也！”而经此一役，“倭随去，东番（台湾）海上息肩者十年”。沈有容此次收复台湾之举，验证了明朝政府捍卫国家主权和领土完整的决心与实力。
沈有容撤军后，为防倭寇卷土重来，福建官方也有在台湾设郡县之提议，明周婴《东番记》载：“疆场喜事之徒，爰有郡县彼土之议矣。”只是未及上奏，台湾又遭荷兰入侵，明军打响了第二次台澎保卫战。
万历三十二年（1604年），此时正值西方资产阶级到处攫取原始积累，积极对外扩张的阶段，物产丰富、航运便利的中国沿海成为了他们的目标。嘉靖年间，葡萄牙人以租借的方式侵占了澳门，并对台湾垂涎已久，将其称为“福摩萨”，意为“美丽之岛”。而作为“海上马车夫”的荷兰人也不甘落后。是年，荷属东印度公司指挥官韦麻郎率领武装舰队来到中国沿海，航抵澎湖，并以武力占有之。强占澎湖之后，荷兰人在岛上伐木筑房，对台湾虎视眈眈，妄图将台澎地区变为第二个澳门，使台湾成为荷兰垄断海上贸易的中转站和海外殖民地。
荷兰入侵台澎的消息由福建报兵部上告朝廷：“红番闯入内洋，宜设法驱回。”万历皇帝下旨：“红毛番无因忽来，狡伪叵测，着严行拒回。”随后福建总兵施德政召集所属官员商议如何驱逐荷兰船队。众人意见不一，唇枪舌剑，剿守难决，颇为踌躇。沈有容言道：谈笑间就可退却入侵之敌，有何张皇失措之处？沈有容又言，荷兰人的真实意图并不在于通航互市，如若放任其占据澎湖，必会重蹈澳门之覆辙，而荷兰人也会以此为跳板，睥睨中土。卧榻之侧，岂容他人酣睡？施德政深以为然，当即调拨50艘战舰给沈有容，命其再次进军澎湖。
沈有容率军抵达澎湖后，决定先礼后兵，他只身登上荷兰船舰会见韦麻郎，严正交涉，指陈利害：堂堂中国，岂会因区区蝇头小利陷入尔等互市骗局？他郑重告诫韦麻郎：不要对占据台湾心存幻想，若想与大明互市，则应遵守大明律法，恪守本分。韦麻郎一时无言以对，很不甘心地反问道：中国兵船到此，似是要与我等开战，那便相*如何？沈有容正色回应：大明军队一贯擅长擒*贼寇，因尔等为商而来，故优容宽待，今尔等有作反之意，难道不先看一看天朝兵威吗？
交涉无果，沈有容返回军中，扬帆立旗，摆出攻击阵型。面对强大军事压力，韦麻郎在权衡轻重后，俯首求去。韦麻郎离开之前，还命人绘制沈有容图像，以示尊敬。今天，在澎湖天后宫仍有一方“沈有容谕退红毛番韦麻郎等”石碑，以纪念其保卫台澎所作出的历史贡献。自沈有容不战而屈人之兵后，台澎地区又保持了10多年的平静，并已成为中国海防前哨阵地。
万历四十四年（1616年），台海局势重起波澜，日倭势力再度入侵，沈有容第三次领兵保卫台湾。此时日本进入德川家康幕府时代，日本元和元年（1615年），长崎代官村山等安接受德川家康授予的“高砂（台湾）国度航船朱印状”，图谋侵占台湾。元和二年（1616年），村山等安之子率13只兵船前往台湾，琉球国王尚宁得知这一消息后，速派通事蔡廛抵达福建，提前报告这一消息。福建巡抚黄承玄上奏朝廷，希望能够提前备战，防患于未然。随即，朝廷起用沈有容为福州参将。沈有容到任后，加强海上防御力量，软硬兼施分化倭寇势力。以怀柔之策降服明石道友一众势力，同时主动出击占据在东沙岛的另一支倭寇。创下了未伤一兵一卒，生擒倭寇69人的光辉战绩，迫使倭寇打消了攻占台湾的意图。时有闽人董应举于东沙岛上立碑一块，上书：“宣州沈君有容获生倭六十九名于东沙之山，不伤一卒。”
（三）
从洪武建国到万历末年，200多年的抗击外来侵略，明朝始终付出巨大的努力保卫台湾。而在大明王朝风雨飘摇之际，台湾却进入了一个形势复杂的时期。
天启三年（1622年），荷兰司令官雷尔生率领8艘军舰卷土重来，侵占澎湖，于岛上构建棱堡。天启四年（1624年），明水师在澎湖海域集结一万兵力，战舰200艘，由福建巡抚南居益亲自督战，大军分三路齐进。荷兰人意识到凭借不足千人的力量无法与明军抗衡，便主动退出澎湖，远遁台湾占据大员（今台南安平一带），于沙洲之上营造堡垒，是为日后闻名的热兰遮城的雏形，开启了对台殖民历史。天启五年（1625年），为强化管治，明朝决定增强澎湖的防御力量，“筑城于澎湖，设游击一，把总二，统兵三千，筑炮台以守”。
就在荷兰殖民者占据大员的同一年，福建漳州人颜思齐也来到台湾。颜思齐长期在日本从事贸易，有较强的经济实力和私人武装，他在日本与杨天生、陈衷纪、郑芝龙等28人拜盟为兄弟，并谋划推翻德川幕府统治，在日本建立政权，接受明朝册封。但举事前夕，消息泄露，幕府遣兵搜捕，颜思齐率众分乘13艘船逃至台湾。
颜思齐入台后，定下了稳固台湾基地、扩展海上贸易的发展方略。一方面，颜思齐以怀柔亲善团结当地少数民族并教授其先进的农业技术，亲自拜访各部族首领，与各部划地而居，和平共处。另一方面，颜思齐从沿海地区招募大量同胞，赴台湾进行大规模开垦，使得台湾大片土地焕发出了勃勃生机。因垦殖需要大量资金投入，颜思齐便选拔具有航海经验的漳、泉人士，成立商贸船队，利用台湾有利的地理位置，与祖国大陆和周边列国开展海上贸易。在颜思齐的带动与帮助下，福建沿海地区开启了大规模移民台湾的历史序幕，有力促进了台湾当地的社会经济发展。颜思齐也因此被后世誉为“开台王”。
当荷兰人在台南地区不断扩张势力范围时，颜思齐也在努力地壮大着自己，双方一南一北保持着暂时的和平。与荷兰人不同，颜思齐开拓台湾是将自己立足于台湾、根植于台湾，他有效震慑了荷兰殖民者的称霸野心，在很大程度上保卫了台湾领土不被吞并，保护了大部分台湾民众免受侵略者欺凌。
但是天启五年（1625年），颜思齐染病，英年早逝，他临终前召集众人，告曰：“不佞与公等共事二载，本期建功立业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。”临终之际，颜思齐始终念念不忘祖国故土。颜思齐墓今位于台湾嘉义县之山巅，登高眺望，海峡对岸就是他的故乡漳州。
颜思齐去世后，郑芝龙被公举为新的首领，他承袭了颜思齐的开台策略，继续致力于台湾开发。郑芝龙在沿海地区大量招募流民，为他们出钱购买农资，派船一并运往台湾，令其开荒拓土，并且正式在台建立农业税收制度。除了在台湾辟土征税，郑芝龙还大力拓展海上贸易，将台湾作为一个海上贸易的据点融入到世界航贸体系中，使得台湾第一次赶上了大航海时代的步伐。
在郑芝龙的开发下，台湾呈现出了初步的繁荣，尤其他所拥有的强大海军，始终有力地抗衡着荷兰殖民者。此时，明朝有意招抚郑芝龙使其成为朝廷的海上力量，为大明镇守海疆，保卫海岛。而郑芝龙也表示将以“剪除夷寇、剿平诸盗”为己任。崇祯元年（1628年）七月，泉州太守王猷遣人招抚，郑芝龙遂率所部降于督师熊文灿，朝廷授其海防游击。郑芝龙由此成为明朝正式官员，坐镇福建沿海，肩负起保卫台海的使命。
崇祯六年（1633年），荷兰新任台湾长官普特曼斯为独占台澎，垄断海上商路，逼迫明朝开放自由贸易，勾结海盗势力刘香对明朝军队不宣而战。时任福建巡抚邹维琏大集舟师，以郑芝龙为先锋主动发起对刘、荷联军的台澎保卫战。郑芝龙率军从漳州誓师出发，分别在澎湖遭遇战和金门料罗湾追击战中大败敌军。史书载之：“时豫章邹维琏抚闽，荷兰犯岛，琏拜芝龙为将。芝龙募龙溪人郭任功率十余人夜泅荷兰船尾，潜入焚之。”经此一战，刘香临阵败逃，普特曼斯狼狈退回台湾据点。邹维琏在《奉剿红夷报捷疏》中称：此次大战创下数十年来未有之大捷，“生擒夷酋一伪王、夷党数头目，烧沉夷众数千计，生擒夷众一百一十八名，馘斩夷级二十颗，烧夷夹版巨舰五只，夺夷夹版巨舰一只，击破夷贼小舟五十余只”。在郑芝龙的军事高压下，继郑和之后，明朝政府再度掌握了海洋的发言权。自崇祯七年（1634年）起，台湾海域的海寇活动逐渐销声匿迹。自此，海波不扬，海峡两岸人民得以平安出海。
