从洪武元年八月十五日到达上都，至洪武二年六月十三日离开上都去应昌，元顺帝在上都呆了十个月，或者说，他观望了十个月之久。这十个月，是决定元朝命运的最后时刻。
刚逃到上都时，元顺帝最担心的是明朝大军尾随而至，所以时刻保持戒备。
他将上都留守乃蛮台的职务升为枢密副使，让乃蛮台手下的一万余人的骑兵充当自己的宿卫，时刻提防追过来的明军。然后又令高丽王带兵至上都，听候调遣。
在上都稍稍站稳脚跟后，元顺帝又封忠于自己的扩廓帖木儿为齐王，也速为梁王，并寄希望于这二人能够从明军的手中收复大都。
扩廓帖木儿虽然他在韩店之战中击败了明朝大将汤和的部队，但在徐达、常遇春的援军到来之后，战局发生了根本性的扭转。
徐达、常遇春用计夜劫了扩廓帖木儿的军营，元军大溃，扩廓帖木儿狼狈逃窜，不但没有收复大都，反而连山西都丢掉了。
洪武二年二月，梁王也速率四万精骑进抵通州，意图夺取大都。但明军反应很快，常遇春与李文忠及时回援，在凛州一战中，大败也速，粉碎了元军对大都的最后一次反扑。也速只得退守大帽山，并向元顺帝告急。
洪武二年六月，明军连克大宁州、新开岭，兵锋直指元上都。元顺帝召见众位大臣，询问大家对局势的看法。
大臣们讨论来讨论去，形成的结论是“无可为也。”灰心之极的元顺帝只得仰天长叹道：“天意如此，朕将奈何？”六月十三日，绝望的元顺帝只得放弃上都，逃往应昌。
应昌位于今天的内蒙古克什克腾旗，在上都以北一百公里处。这里地处大都与蒙古人的老巢和林之间，距离和林只有一千余里。元顺帝到达应昌后，面临着一个艰难的决择，那就是是否继续向北逃，一直逃到和林老巢的问题。
元顺帝知道，逃回和林，意味着他的大元帝国放弃了对中原的争夺，灰溜溜地被人赶回了蒙古的祖地；但不逃回和林，他还有力量同朱元璋去争夺中原吗？
在应昌，元顺帝又听到了一个坏消息：明将薛显率军出古北口，正朝应昌方向进发。这时有不少大臣便劝元顺帝放弃应昌，“北幸和林”，但元顺帝一直犹豫不决，迟迟下不了决心。
在他心中，总是对退回和林心有不甘，一直想着还能攻下大同，借道山西收复大都。但他的最后一次尝试，还是随着元将脱列伯、孔兴被明将李文忠击败而破灭了。
脱列伯兵败之后，远在兰州的扩廓帖木儿上奏元顺帝“勿以应昌为可恃之地，速幸和林”，然后自己选逃回了和林。
顺帝受此打击后一病不起，于数月后病故于应昌。其子爱猷识理达腊继位，仍用大元国号，是为昭宗。
元昭宗登基不久，终于率着一干大臣北上和林，在和林建立起了北元政权，这也意味着元朝从此退出了对中原地区的争夺。明朝统一全国的战争以胜利而告终。
元顺帝虽然是朱元璋的手下败将，但他仍然成功地率着他的政权一路北逃，为蒙古人保留下了一支有生力量。
虽然大一统的元王朝在他的手中覆灭，但他儿子建立的北元政权，却长期与明朝对峙了几十年，于1402年被鞑靼取代灭亡。
