北元是一个什么样的政权，它与明朝的关系究竟是外国与中国之间的问题，还是统一于明朝政权下的内部问题，或者是一个国家内两个独立政权的问题呢？
有学者认为，元顺帝虽然丢掉了大都，但他既没有携文武百官向明朝俯首称臣，也没有固守京城，顽强抵抗，以身殉国，而是携百官仓皇北奔。
后来在漠北建立政权，并坚持自己为大元王朝的合法继承者。从某种角度来说，元朝虽然退出了中原，但这个政权并没有就此灭亡。
另外的一些学者则认为，历史上的王朝更迭，一般是以首都易主为标志的。
所以元顺帝北逃之后，虽然政权实体还在，但也应该看做是元朝已经被明朝所取代。也就是说，大元帝国从元顺帝出逃那一刻起，实际上已经灭亡了。
现在史学界的公认看法是：北元政权的存在，并不影响元朝的灭亡和明朝的开端，北元政权的存在与元朝的灭亡并不矛盾，这样符合真实的历史。
元顺帝逃出大都以后，这个以黄金家族为核心的蒙古族封建贵族政权，在相当长的一段时间里，依然保持着元王朝的许多重要标志。包括他们的国号仍然是“元”。这个国号沿用到明朝永乐年间，才被改称为"鞑靼"。
另外，元顺帝并没有却除帝号，仍旧有“至正”的年号和“惠宗”的庙号。元顺帝去世后，其子爱猷识里达腊改元“宣光”，死后的庙号是“昭宗”。
直到永乐初年，鬼力赤登基后，这才取消帝号，用起了蒙古人传统的“可汗”的称谓。
元顺帝的手下，仍然保留着一套完整的封建官僚机构——虽然它的实际行政效能，远远不能同主宰中原时相提并论。
北元的官吏仍然沿用了元朝的丞相、太尉、知院、枢密、平章之类的官衔和元朝原来的官制，甚至还把中原政权的象征——传国玉玺看得极为重要。
众所周知，传国玉玺作为天命皇权的象征，是秦汉以来中国汉族政权封建政治传统的象征。
面临明军的攻势，元顺帝在出逃时仍然不忘记把玉玺藏在身上，并将其当作自己“受天命”的象征和继元统的主要依据。
作为明朝的开国皇帝，朱元璋对北元政权是什么态度呢？这一点，从他登上皇帝宝座后发布的一篇公开布告中，可以略见一斑。
在这份公开的布告中，朱元璋肯定了元朝的正统性，称“元以北狄入主中国，四海内外，圈不臣服，此岂人力，实乃天授。”
从天命论的高度，论证了元朝统治的合理性和它的封建正统的地位。朱元璋还让手下的史官通过修《元史》，给元王朝的正统地位盖棺论定。
