后来在和鸣人的交涉中，宇智波鼬感觉鸣人是一个值得托付的人，于是他将止水的写轮眼交给了鸣人，希望通过鸣人的力量改变宇智波佐助，但是宇智波鼬万万没有想到，佐助在了解了自己的真相之后，选择了与木叶为敌，而此时止水的万花筒也已经失去了作用。
在和鸣人一起打败长门之后，宇智波鼬告诉了鸣人一个非常重要的道理，不是成为火影才会被所有人所认可，而是被所有人认可之后才可以成为火影，由此可见，宇智波鼬还是支持鸣人把自己的弟弟带回来，并且让佐助迷途知返的。
为了解除秽土转生之术，宇智波鼬和宇智波佐助一起大战药师兜，后来也是宇智波鼬使用了宇智波一族的禁术伊邪那美才成功让兜解除了秽土转生，在这场战斗之后，佐助也是复活了大蛇丸，并且在大蛇丸的帮助下复活了历代火影，并且决定前往战场，和鸣人一起作战。
但是在辉夜被封印之后，佐助才表示自己的目的是要给忍界带来一场新的革命，没有办法鸣人只能与其一战，地点还是两个人当年战斗过的终结之谷，就在两个人使用最后的绝招的时候，不同的身影也出现在了他们的身后，而这时，鼬却没有站在鸣人那边。
