5月3日，专辑《Twinkle》打入美国BillBoard200 Albums，并刷新韩国歌手在美国BillBoard专辑榜中最高顺位纪录。5月5日，少女时代登上美国格莱美官网主页。6月8日，日语专辑《Girls' Generation》获得日本唱片工业协会百万专辑认证[73]，少女时代成为继BoA之后史上第二个获得日文专辑百万认证的韩国歌手，并成为第一个获得此荣誉的韩国组合。7月7日，少女时代被印入2012伦敦奥运会韩国国家文化宣传册，并在伦敦市内发放了1万册。8月9日，韩国邮政事业本部为少女时代发行其出道5周年纪念邮票，成韩国艺人首例。
8月12日，少女时代获“SISAPRESS调查:2012 韩国谁在撼动”一位，达成两年连冠。9月26日，少女时代发行第五张日语单曲《Oh!》、DVD和蓝光碟《GIRLS GENERATION COMPLETE VIDEO COLLECTION》分别登上了Oricon每周单曲排行榜、DVD综合排行榜和蓝光碟综合排行榜的榜首，成为继摇滚乐队Mr.Children之后，第二次有歌手同时包揽CD等3个部门的冠军，也是第一个达成此举的女性艺人和海外艺人。12月29日，少女时代在年度青春励志人物榜单被提名为2012年度青春励志人物候选人。
2013年1月1日，少女时代发行第四张正规专辑《I Got A Boy》。1月4日，《I Got A Boy》MV在YouTube上点击率55小时破1000万，成为韩团最快破千万的MV[80]。1月10日，《I Got A Boy》获M! Countdown 一位，以10000分的满分成绩创造MCD最高分记录，也是MCD节目开播以来的第一个满分成绩。3月22日，少女时代出席2013香港亚洲音乐节。4月1日，《Gee》MV在YouTube上点击率过亿，少女时代成为首支在YouTube上点击率破亿的K-POP偶像团体。
5月4日，少女时代被印入韩国宣传指南，以在荷兰宣传韩国。7月29日，成员黄美英、李顺圭、金泰妍受邀为美国职棒洛杉矶道奇队的韩国日活动开球并演唱两国国歌。11月3日，少女时代凭借歌曲《I Got A Boy》在第一届YouTube音乐盛典获得了年度最佳MV奖，成为此届亚洲歌手唯一获奖人。11月13日，在东京国立代代木第一体育馆举行日本出道后第一场粉丝见面会。11月30日，全员亮相在上海举办的腾讯游戏嘉年华《剑灵》Soul Party，并演唱中文主题曲《find your soul》。12月5日，美国时代周刊公布2013年度十大歌曲，少女时代四辑主打曲《I Got A Boy》名列第五。12月22日，少女时代在韩国京畿道举办“SM TOWN WEEK Marchen Fantasy”演唱会并公开回归预告。
