杨乃武教小白菜识字
基本案情同治十二年（公元1873年）十月初九那天，在豆腐店帮工的葛品连感到身体不适、全身疲乏无力，就请假回家。途中多次呕吐，又因早上没吃早饭，便在糕店里买了粉团吃，到了家门口，又呕吐不止。
小白菜将葛品连扶到楼上，脱衣卧床，仍见其连连呕吐，大叫发冷。询问病情，葛品连说他连日来体弱气虚，可能是流火病（就是现在常见的风热感冒）复发，补补身子就好了。于是让小白菜去买桂圆和东洋参煎服，小白菜将这种补药给葛品连服下，然而病情并未见好转，反而口吐白沫更为严重。
葛品连的继父喻敬天回家后，又请来了医生诊治也未见效，葛品连挨到十月初十下午时便气绝身亡。在葛品连死后的次日晚上，尸体的口鼻内竟然流出了淡血水。其母沈喻氏见到后怀疑葛品连是中毒身亡，便与众亲友商议，请求官府前来验尸，以验明葛品连是否中毒身亡。如果不是就入殓出殡，如果是则要求官府查明原因，抓住凶手为葛品连报仇。
小白菜
先入为主同治十二年十月十二日一早，在地保王林的陪同下，沈喻氏向余杭县衙递交了请求验尸的呈词。知县刘锡彤接下了呈词，人命关天，他随即打轿带领仵作沈祥及门丁（仵作助理）沈彩泉去现场勘验。
此时有一个乡绅是个秀才叫陈竹山，懂得一些医道，经常出入官府，恰好来县衙为刘锡彤诊病。他与杨乃武素来不和，听说葛品连死因不明，又有家属到县衙上告，就将坊间关于杨乃武与小白菜的风流传闻，添油加醋的向知县刘锡彤讲了一遍。并且他认为如今葛品连身死不明，邻居都说是杨乃武与小白菜合谋毒死的。刘锡彤听后，立即派人到坊间调查，果然有杨乃武与小白菜私通合谋毒死葛品连的传闻。
到了葛家停尸现场，仵作沈祥验得葛品连尸身仰面呈淡青色，其口、鼻均有淡血水流出，身上起有大泡十余个。这种症状与《洗冤录》记载的砒霜中毒的症状“牙根青黑并七窍迸血，遍身皆起小泡”并不相符，但用银针刺喉又呈现青黑色，擦之不去，又像是砒霜中毒。
仵作沈祥认为葛品连可能是生鸦片中毒致死，但门丁沈彩泉却认为生鸦片中毒的都是自*，不太可能，肯定是砒霜中毒而死。两人还为此争吵起来，都忙于争吵竟然忘了应该用肥皂水多次擦洗银针的流程。最后沈祥就含糊的报称葛品连是服毒身亡。
知县刘锡彤本来就对杨乃武恨之入骨，加上陈竹山传的绯闻和衙役在坊间的调查，他就已经先入为主的认为这就是一起奸夫淫妇毒死丈夫的案件。最后再有仵作的现场勘验，刘锡彤就肯定地下结论这是杨乃武与小白菜因奸情合谋毒死葛品连的案件，现在就差两人的口供就可以结案了。
杨乃武与小白菜
刑讯逼供有了仵作的验尸报告，知县刘锡彤就将小白菜带回衙门严刑审问。据当年上海《申报》的跟踪报道，小白菜除了受到拶刑夹指外，还惨遭“烧红铁丝刺乳，锡龙滚水浇背”的酷刑。小白菜熬不过，只好按照刘锡彤的授意做了她与杨乃武因奸情合谋毒死亲夫葛品连的假口供。
得到小白菜的口供后，刘锡彤立即传讯杨乃武。因杨乃武是新科举人，按照当时清朝律法，不能对其用刑，这样就不能拿到可以给杨乃武定案的口供。于是刘锡彤便呈报杭州知府要求革去杨乃武举人的身份。
杭州知府陈鲁又通过浙江巡抚杨昌濬向朝廷申请，但没等上面批文下达，刘锡彤在第二次审问时就对杨乃武动了刑。一连审问数次，杨乃武坚决不承认与小白菜有奸情。刘锡彤又提审小白菜，小白菜畏惧酷刑，只得按照前面说的供述。刘锡彤认为案情已明，于是将验尸审讯各详情上报杭州知府。
随着刘锡彤将案件上交杭州知府，该案初审结束，开始进入二审。与此同时，革去杨乃武举人的批文已经下达。杭州知府陈鲁乃军功出身，向来轻视文人又认为杨乃武是个不守本分的包揽讼词之人，故此案一到杭州府，陈鲁就对杨乃武进行严刑拷打，跪钉板、跪火砖、上夹棍、吊天平架等连续几次惨无人道的酷刑逼供，杨乃武熬刑不过，虽明知自己十分清白此时也只能被逼做了他与小白菜因奸情合谋毒死葛品连的供述。
拶刑夹指
心灰意冷当杭州知府陈鲁追问砒霜的来源时，杨乃武便编造了他从杭州办完中举手续返回余杭县时，在早已熟识的仓前镇钱记“爱仁堂”药铺“钱保生”处以毒鼠为名购得。陈鲁得到这一口供，认为案情已经真相大白了。
同治十二年（公元1873年）十一月初六，陈鲁以“谋夫夺妇”罪定案，以谋*亲夫罪判处小白菜凌迟之刑，以授意谋害他人亲夫罪判处杨乃武斩立决，并上报浙江按察使。浙江臬司蒯贺荪接到案件后，觉得案子有可疑，因为杨乃武是新科举人，蒯贺荪也是举人出身。
在科举时代，中举的士子以后是可以考中进士而进入仕途，前途无量的。蒯贺荪不相信一个举人会为了一个普通的女子抛弃前程，甚至赔上性命。于是他组织了两次审讯，杨乃武与小白菜经过县、府两级的多次酷刑折磨，此时早已心灰意冷，不想再翻案，均作了前面一样的供述。
蒯贺荪又找来初审的知县刘锡彤和二审的知府陈鲁询问审判经过，看是否有什么不正常的事情发生过，刘锡彤和陈鲁皆信誓旦旦地说此案铁证如山，绝无冤情。臬司蒯贺荪见是如此，也就放心了，就将案件按照杭州知府二审的意见上报浙江巡抚杨昌濬。在巡抚衙门审讯时，杨乃武与小白菜同样心灰意冷，知道难以翻案，所以同样按照前面的供述依样画供。
