却说刘锡彤和陈鲁听说巡抚要亲自审案，终日提心吊胆，怕杨昌睿看出了破绽，自己头上顶戴不保。刘锡彤急忙叫了何春芳到杭州找陈鲁商议。
陈鲁这天正横在烟榻之上，只见何春芳走将进来，一边走一边叫道：“大老爷，事情有些不好了。”
陈鲁猛抽了一口大烟，慢慢的吐出来道：“我知道杨乃武的案子，巡抚要亲自审理。不过，我已安排好了，并不妨事。但这样便得多化一些钱了。有了钱运动过后，杨乃武的案子自然不会翻过来。”
何春芳听了问道：“大老爷是怎么安排的？竟如此沉着镇定，怕是胸有成竹，已将巡抚的关节也打通了吧。”
陈鲁道：“前些天，我正在发愁如何能找到走巡抚的门路，倒有人主动找上门。”便将他与沈彩泉认识的事讲了。
前些天陈鲁正在和师爷章抡香一同商量怎样可以走巡抚的门路，应付此事。只见差人报道：“巡抚衙门的门丁沈彩泉来见。”
陈鲁知道沈彩泉虽是在巡抚衙门里看大门的，但深得巡抚的信任。原来，他的女儿生得漂亮，刚刚嫁给杨昌睿的儿子作妾不久。两个人还算是儿女亲家。这一回不请自来，钱鲁知道定是因为这案，忙吩咐请进来。
原来沈彩泉仗着自己与巡抚的关系，无处不钻营，无事不参和。又在巡抚衙门，捞银子的机会极多。所以巡抚杨昌睿有心把他放到附近的县里做个从九品的仓大使，沈彩泉也看不上这个别人眼里的肥差。甘心做个无品无级的杂佐衙役，一心一意的捞钱。这一回竟然让他打听到这件案子能捞不少油水，中间刘锡彤已经花了一大笔银子。所以也赶忙跑来，想从中也分得一杯羹。
陈鲁知道沈彩泉的背景，见他主动来了，也是十分高兴。忙请他坐了，笑道：“沈兄下临，有何见教呀？”
沈彩泉也嘻嘻笑道：“大老爷已知道杨詹氏在抚台大人面前又告了冤状么？”
陈鲁见沈彩泉开门见山，急忙屏去仆人，悄悄说道：“沈兄，我已经知道此事。可是巡抚大人又是怎样的意思呢？”
沈彩泉道：“怕有些糟了吧，抚台大人已传了按察司主审，要自己监审咧。”
陈鲁一听此话，心中猛的一跳，忙道：“沈兄，即承下顾，可有什么妙法，教导小弟一回，可以改回巡抚大人的心意，小弟自当重谢。”
沈彩泉听得“重谢”二字，顿时笑得几颗大牙都露出来，沉吟了一下道：“大人准备怎样呢？”
“只要巡抚大人能不细求根原，仍维持原判，小弟情愿化上两万两银子，作为冰炭之敬，小弟今天本来要托人向抚台大人商恳，如今老兄到来，最妙的了，就请老兄转达愚忱如何？老兄是抚台大人亲信，又是亲家，自然能马到成功，至于老兄如此照应，也当重酬另谢。”说着伸了三个指头道：“这些小数，以为酬劳如何？”
沈彩泉听得有三千两银子到手，不由得兴高彩烈，笑道：“这也得瞧抚台大人的意思怎样，方能说定。大人既这般厚礼，我自当尽心办理。这样吧，我先回去，探探抚台大人的口气，倘是成功，我再来取银子，不过衙门口诸位师爷弟兄，大人也得设法办妥；按察使那里，大人可也得说好，他是个主审官儿。”
陈鲁点头道：“正是，正是！抚台衙门的事情，一切都托老兄，师爷等众人，再加上三千之数。总之都请老兄帮忙。按察使处，那不要紧，由小弟自己再托人就是。”
沈彩泉拍着胸脯道：“好，都包在小的身上，过两天你就静候佳音吧。”二人议定，即行告辞。
陈鲁起身送过，心中便安定了一半，这才懒懒的横在烟榻上，狠狠的过足了烟瘾，又到按察使司衙门，拜会按察使蒯贺荪。他事先已经备下了手禀，将刘锡彤送给自己的一万两银子的银票，夹在里面，到了按察使司衙中，一见蒯贺荪，就先把手禀呈了上去。蒯贺荪接过翻开一看，立刻合上，又将众摒下，问道：“如此重金，所谓何事？”
陈鲁只说道：“请大人体谅卑职的苦心。”
蒯贺荪皱眉道：“你是为了杨乃武一案吧？”
“正是此案，还请大人作主。”
“这事情巡抚要亲自主审，按说并不好办。还好你找到我了。我与巡抚大人共事多年，总不致于说不上话。只是这事情责任重大，万一出了什么事故，别说是我，就是巡抚大人也不方便。因此只讲情面，恐也担不了这付千斤重担，怕还得多化一些钱在巡抚那里。只要他把钱收下，这付千斤担子便挑在他的身上，今后的事情就不妨咧，你以为如何？”
陈鲁笑道：“正是。大人说得一点儿不错，花几个钱却不要紧。头上的青金石顶子却是摘不得的。”遂把沈彩泉到来愿意搭桥通融的事情，向蒯贺荪说了。
蒯贺荪听了道：“这却是好，只是此案你以为怎样办呢？”
“蒙大人恩典，只要驳了杨家的状子维持了原案，卑职就感激不尽了。”
蒯贺荪点头道：“只要抚台那里说好，方能妥善。我看沈彩泉办事情也是很稳的，此案必是无妨。”
陈鲁将前情讲完，何春芳听了，喜道：“我们东家也说了，陈大老爷总有照顾，不必担心，果然如此。只要有钱，也不怕他什么。您代东翁垫上的银子，不用说一定要补上，就是交待下来的那些银两，我也一定赶回去凑齐。”
陈鲁道：“如今只得依实提了罪名，详文送到省府。先瞧他们如何行动。若有什么风声，自然有人通报。你还要让刘老弟赶快凑齐银子上省运动，倘是风声不好，便有人照应，那就不妨事咧。待巡抚这一关过去了，那就是铁案如山，再要翻，也翻不过来了，老何，你以为如何？”
何春芳点头称是，又转回余杭县问刘锡彤要了四张银票，一张两万的给巡抚，一张一万的偿付陈鲁代垫给蒯贺荪的银子，一张三千两给沈彩泉，另外三千两交给陈鲁作零碎打点之用。
不觉到了六月二十五，何春芳将银钱送到，陈鲁将各个关节都打点完毕，心上一块石头，方才落了一半。沈彩泉得了银子，格外卖力。找到巡抚杨昌睿直接说了此事，又说杨乃武罪有因得，只需批示案卷即可，何必放着两万两白花花的银子不要，却要费力重审。
杨昌睿知道此案有冤，但两万两银子又着实动心，正在犹豫，按察使蒯贺荪也到府拜见。一见面便信誓担担说此案管保没有问题。杨昌睿问道：“你说没有问题，何以见得？我看此案中却是疑点重重，经不起推敲。”接着，便将杨同瑞所说的几处疑点说出。
蒯贺荪道：“大人洞鉴万里，明察秋毫，说的果然不错。但后来还审出些事情来，在案卷中并未写出，这些事情说明二人并非有冤。杨乃武与小白菜早有通奸，之所以要在大考之后作案，就是想趁此机会遮人耳目。所谓是小白菜毒死丈夫，没有擦掉七窍之血之事。是因当时葛品连恰巧犯了流火之症，发作的十分厉害，葛母来回穿梭照顾，所以没有机会灭迹；按钱宝生所供，说是杨乃武假称毒鼠向他买砒霜的时候，是在九月十七，但按杨乃武首次招供的日期，买砒霜是在九月二十八日。钱宝生记错日子，也是可能的。虽说漏洞颇多，但其实不过是笔录不清的缘故，并非是此案有问题。”
杨昌睿听他说的头头是道，更加犹豫，却见夫人站在后堂轻轻招手。杨昌睿是个怕老婆的，见老婆叫过去，急忙对蒯贺荪说声稍等，转到后堂问道：“你有什么事？”
杨夫人笑道：“我听说杭州知府陈鲁让沈彩泉代转给你两万两银子？”
“你怎知道？”
“方才他又到了内府一趟，又将一万两银子交到我手中。只需你照章办事，按程序把这个案子批转到刑部，三万两雪也似的银子就到手了。你为何还在犹豫？我自跟了你这么多年，到现在也没积下这多银子。倒成全了你一个清名，却让我落得个清苦。今个儿你也听我一回，莫让到手的横财又跑了。”
杨昌睿听得陈鲁竟然连自己的内府也套上了关系，不禁苦笑道：“审也不是，不审也不是，真是两难。”
杨夫人骂道：“呸，难个屁。堂堂一方封疆大吏还做不了一个小案子的主？”
杨昌睿笑道：“好，就依你。不再提审此案，仅凭案卷复核签批，转刑部审核。”
杨昌睿下决心收了银子，却把要反平杨乃武冤狱的心思，丢在九霄云外。忙命刑幕下了公文，不再提审此案，只将案卷交到即可。
杨同瑞听说本来要提审的杨乃武的案子又压下来，暗想不好，杨昌睿是个软耳根子。虽然自己的话能听的进去，可谓言听计从，但别人的话也能打动他。莫不是刘锡彤和陈鲁托了门子来说项，那可就糟了。当下即来到巡抚衙门找到杨昌睿。杨昌睿见杨同瑞气冲冲的走进来，故作不解问道：“先生，有什么事情要商议啊？何故作此之态？”
杨同瑞一屁股坐到太师椅上道：“并没有别的事情，就为了这件谋死亲夫的案件。我细细想来，实在是冤枉的很。您也是老于公事的人，恐怕不会这般将人命当作儿戏吧。”
杨昌睿吃他一讥，脸色变了变，但二人终究处的惯了，又是堂兄弟，又变回脸色笑道：“似这般大事，当然要细细详查。我已让蒯贺荪又详问了一遍陈鲁，又调看了案卷。结果是此案并非冤案。”接着把蒯贺荪劝自己的话讲了，又道：“蒯贺荪也是老于公事的人，我看尽可放心。”
杨同瑞一听，果然杨昌睿是个软耳根子，急忙道：“蒯贺荪并未过堂审案，甚至连人犯的面都没有见过，只是在案卷文字上推敲一番就得出结论。这样判案怎么可以作得数？轻易下这样的决断？这不是将人命当儿戏，而是游文戏字了。”
杨昌睿见杨同瑞坚持此案有冤，而且是面红耳赤，急的不得了的样子，笑嘻嘻掏出一张银票劝道：“杨先生，这里有五千两银子，乃是陈鲁送给先生喝杯酒的，我已代你收下，如今你且收了吧。人生在世，吃穿二字。这不过是个毫无疑问的小案子，再审也审不出什么来。反倒丢了一注大财。不如就此交到刑部复审罢了。”
杨同瑞一听，这才恍然大悟，刘锡彤和陈鲁果然暗通了关节，把银钱送到杨昌睿的手中了，立刻回道：“大人，似这般大事，理宜细细详查。难道为了这几两银子，就断送了您为官多年的清名不成？依我看来，此案十分之八九是冤枉的。”
杨昌睿听他没完没了的提这个案子，心中很是不耐烦，但又是平时用惯了的老人，不愿意就此给他脸色看，说道：“先生，究竟事情是否冤枉，做官办案，得将就处便将就，何必如此认真呢？这事我己定了主意，你就不必多管啦。这五千两银子我先替你保管，代风声过了之后，你随时都可从我这里支取。”
杨同瑞冷笑道：“这种银子我可没脸拿得。便是东翁身为二品方面大员，也应当替百姓伸冤，不能被陈鲁、刘锡彤等人蒙蔽一时，冤*了人命，还请大人三思。”
这两句话，把杨昌睿说得恼羞成怒起来，不禁把面一沉：“清名留在你身上，银子放在我这里。你不要银子也罢，这事也不用你管了。”
杨同瑞见杨昌睿端了茶，再不理他，只好悻悻离去。心道：“我同杨昌睿也是相处近十载的交情了，平时总言听计从，互相商议。不想今天却如此的忠言逆耳，将来少不得有他追悔的一天。自己一生正直，从未取过不义之财。杨昌睿既已变心，我也无颜再留此间，做一个尸位素餐的幕府。从今天起，我再也不愿与他相见了。明天便动身回去，倒落一个清清白白、身心安泰咧。”
回去便写了辞馆的书信，着人交给杨昌睿。杨昌睿知道杨同瑞的性子，若是他不重新提审杨乃武的案子，是劝不回杨同瑞的。又想自己与他毕竟是两类人，终究走不到一块儿，也就没有挽留他，只命人送了五百两银子的馆酬。杨同瑞却只拿了一百两，说是一年的馆酬也就这么多，不能多拿一两。然后收拾收拾行李回绍兴老家了。
等杨同瑞走了，杨昌睿便依着原判结案，杭州府所拟判椟尽皆批准，整理案卷之后，送刑部详查。
杨詹氏听说连巡抚都不管此案了，杭州知府陈鲁所判之案一切照准。当时便哭得死去活来，直哭到双目红肿，觉的杨乃武一定没有活路了，自己便找了根绳子要在客栈悬梁自尽。管家王廷南恰好走进门来，见杨詹氏已经打好了绳环，正踩着凳子往绳环里伸脖子，也顾不得男女有别，一把抱住杨詹氏，将她救下来。
杨詹氏被扶到床上，哭道：“廷南，你家二爷的命已经是完了，又何苦救我？让我们一齐到阴间做个夫妻吧。”
王廷南道：“二奶奶快别如此，这时二爷的性命，全靠咱们奔波救取，你倘是死了，还有谁去伸冤呢？”
杨詹氏道：“我想杭州城内的官，一个个的不是糊涂的昏官就是枉法的贪官，还能有什么法子？”
“就算是杭州城里无好官，还有京官管着他们哪。大姑奶奶已经上京里去了，又有二爷的族叔在京中照应，想来也会有点得救的希望。现在您若是先走了，万一将来二爷得以雪冤，岂不铸成了大错？”
杨詹氏听了此话，才点点头道：“方才是一时急糊涂了，想的不甚周全。”虽是不去自尽了，仍是忍不住的哭。
到了东方发白，杨詹氏早早的就起来催王廷南上路。王廷南奇道：“昨日还见二奶奶恹恹的不想动，今天一大早倒有了恁大精神。这又是要到哪里去？”
“我来的时候听说杭州城隍山城隍庙里的城隍是极灵验的。今天去那里求个签，看看乃武的官司究竟如何？”
王廷南想若是求个好签尚可，若是求出个下签来，二奶奶不是又要寻死觅活？于是劝道：“生死天命，是不能预知的。若都能知道，这世道也不会这么乱了。二奶奶还是和我一同回到余杭，等北京的消息才好。”
杨詹氏道：“我若不去求签，睡也睡不着，吃也吃不下，说不定等不到杨乃武雪冤的那一天就不行了。是好是歹，总归是要去卜一卦的。”
王廷南无法，只得陪她去了城隍山。这山倒也不大，山势平缓，但景奇石秀。又依着西子湖，登上山顶北眺，只见波平如天镜，轻舟似浮云；向东看去，杭州的繁华街市，尽收眼底，房屋瓦舍，栉比鳞次；南观钱塘江，波涛滚滚，向东而去，直消失在东海云水之间；西览群山，松声竹韵山峰沉浸在烟云雾霭之中。
王廷南平时跟着杨乃武学了些文墨，此时见了此景不禁暗赞一声。都说此地是“八百里湖山知是何年图画，十万家灯火尽归此处楼台”。现在见了果然不差。
山顶上城隍庙高有七层，斗拱飞檐，修的十分有气势。进得庙来，是杭州的城隍老爷周新的塑像坐在上面。周新是明朝的浙江按察使，为人刚正不阿，执法如山，人称“冷面寒铁”，后来受奸臣诬陷，被明成祖*害，引起朝野不满，百姓愤怒，明成祖为平民愤，假说梦见周新做了杭州的城隍，于是立庙吴山，从此吴山又被叫做城隍山。凡是遭了冤屈的百姓，都愿意来这里求签。
杨詹氏向周新拜了几拜，请了一签。拿出签来一看，只见上面写着四句诗：
“荷花开处事方明，春叶春花最有情。
观人观我观自在，金风到处桂边生。”
杨詹氏也识得几个字，见上面说的都是好词，心中略略宽些，忙把求来的签送给庙中解签的先生。那先生看了看笑道：“你这个案子还有救，到了荷花开时冤情就可以明白，再等到桂花开时人就可以平安归来了。”
杨詹氏听了大喜，还是有些不放心，又去扶乩，乩坛上批下来两句诗：
“若问归期在何日，待到孤山梅绽时。”
虽然签上是说八月桂花遍地香的时候，乩诗上又说是十月梅花初绽时。时间有些不同，但终究都是好签。杨詹氏这才将心都放下了，辞别了姚士法回到余杭县仓前镇等待消息。却把王廷南留在杭州，一边照顾杨乃武，一边打探消息。
没想到第一个签的前两句诗后来真的灵验了，而且来的还要早些。到了当年九月的时候，北京都察院下咨文到省，着杨乃武与小白菜案发回重审。
杨乃武的姊姊杨菊贞在同治十三年三月下旬离开的余杭，由舅父姚贤瑞陪着，一路上晓行夜宿，急急赶路，到京时已经是同治十三年六月中旬了。正是浙江巡抚打算要重审杨乃武案的时候。
杨菊贞急急赶进京来，先找了族叔杨增生，把杨乃武的事情，细细说了一番。杨增生一听着急道：“看来杨乃武是犯到了小人手里。孔子曰：君子而不仁者有矣夫，未有小人而仁者也。刘锡彤既是个小人，就不会存仁心。好不容易将杨乃武拿住，只有往死里整的心，决没有宽容的希望。我想此时杭州三审都已完毕，用不了半个月，就会有消息传到刑部。如果仍是按着余杭县的原判，没有为我侄杨乃武辨冤。我便设法将状子递到都察院的都御史那里。我在都察院经历厅任六品经历官多年了，左都御史广寿与我是极熟的，一定能帮上这个忙。”（左都御史是都察院的最高长官，相当于最高人民检察院检察长的级别和权力）
杨菊贞听杨增生说能将状子递到左都御史手中，料想就算是这个案子在浙江定了，到京中也必会由都察院驳回。十分高兴，说道：“我二弟的事情就让您费心了。”
杨增生道：“这说的是哪里话，杨乃武也算是我同族的侄子，又遭的是冤案。我能眼睁睁的看着我杨家人被人家欺负不成。如果是这样，将来我还有脸回家乡么？”
“多谢叔父。”
“你可写了状子？找了抱告没有？”
“叔父，状子已经写成，抱告就是我的舅父姚贤瑞。”（因为当时女人是不能随便递呈告状的，所以一般要有“抱告”代为呈状。）
“我这里后院尚有空宅，可安排你住下。只待浙江省的案卷一到，我就通知你。一路辛苦，早些安歇吧。”
杨菊贞住在杨增生家，只待浙江省的消息。到了七月初的时候，果然浙江省以“无冤无滥”的判语审结，按照杭州府（实际上是代替浙江按察使司审理）原拟罪名判定，交由刑部复审。
杨增生知道了消息，急忙让姚贤瑞捧了状子去找广寿申冤。果然是有了熟人好办事，广寿接了状子，立刻调了杨乃武的案卷细细审阅。也看出其中疑窦从生，矛盾之处甚多，当即奏闻朝廷。不久慈禧批下谕旨，拿将此案发回浙江重审。
都察院的复审咨文于当年九月初八到达浙江。杨昌睿见刑部没有批准呈文，反倒由都察院发还复审，顿觉忧心忡忡，唯恐将自己收受三万五千两白银的事情抖出来。为与此案撇清关系，他并未亲审，而是委派湖州府知府锡光代为审理，又派绍兴府知府龚同绶、富阳县知县许加德、黄岩县知县陈宝善，一同来杭会审。为了表示自己大公无私，不偏不倚，此次会审的所有差役都不用杭州府的，而是将绍兴府和湖州府的部分差役调来。杨昌睿可谓是用心良苦，不亲自审案，以后再有了事体也可推脱；又有几个府县长官撑门面，显出他对杭州府并不信任，今后即使翻案，也不会怀疑他曾经收受贿银，只推说是一时失察即可。这也是他长年作官的决窍，多年练就的推功。
同治十三年十月十四日，杨乃武案在杭州总捕厅开始会审。这次会审，关防十分严密，人犯提齐后就立刻封门，不许百姓等其他无关的人观审。在总捕厅审过一堂后，又调换到水利厅衙门过了四次堂。
因为左都御史广寿特别关照，不许刑逼犯人。因此小白菜也看出了与以前不同，渐渐胆大起来，她本就不想攀扯杨乃武，因为听何春芳骗说这个案子一定不能翻案，只有攀咬了杨乃武才能不受千刀万剐之刑，杨乃武也只是革掉举人的功名而已，也不会受大牵累。但两审下来才明白，自己还是给定了凌迟大罪，杨乃武却是斩立决的死罪，还牵累了一个叫做钱宝生的人。心中又悔又恨，哪里还愿意再咬杨乃武，在大堂之上哭道：“小妇人不敢说谎，实是何春芳教我攀咬杨乃武的。小妇也并未毒*亲夫，还求大老爷明鉴。”
只这一句，把全堂的人都吓得一跳，面面相觑，不知如何是好。蒯贺荪急忙将一应人犯都下在监内，当日不敢再审。
第二天，又将关键证人钱宝生提到堂上问话。钱宝生本来是与何春芳约好不到堂对质的，但复审之时哪里还由得他。两名衙役如老鹰掐小鸡似的将钱宝生带到杭州。钱宝生也是后悔不迭，恨自己不该轻信何春芳的谎话，到了堂上便道：“各位老爷、大老爷在上，小的就说了实话吧。从前余杭县的老爷派何春芳找到我，让我说杨乃武曾经到过小铺买砒霜。其实并无此事，因为何春芳说，我如果不承认就要治包庇之罪，承认了反而无罪，而且不必到堂对质，所以我才写了供状。现在却又把我叫过来，出尔反尔，我可不干了。情愿受伪证之罚，也不做这昧良心的事了。”
钱宝生这么几句话，又把全堂的人吓了一跳，下面更是无法审了，只得又将一应人犯下到狱中，商量对策。
商量了几天也无办法，只好先审其他人证。葛品连的母亲倒是死咬住杨乃武不放，说自己亲眼见过杨乃武与小白菜在自家门前私语，葛品连刚刚暴亡，自己也从小白菜的口中追问出毒毙葛品连的话来。但这又与她当初所递状纸不符。状纸上写的是葛品连死因不明，小白菜言语支吾，情似可疑；也未提到杨乃武与小白菜私语的事。这样矛盾的证词，让几个审官哭笑不得。眼瞅的越审越乱，就要翻案，几个知府、知县只好暂停审理，将此事报知巡抚杨昌睿。
杨昌睿一来是收了杭州知府陈鲁和余杭知县刘锡彤的银子，二来也觉的最好是审定了此案，不许再翻，今后的麻烦才能少一些。所以坚令各审官，务必不能翻案。
几个审官听了，都觉进退两难。绍兴府知府龚同绶道：“葛毕氏已经翻口不认此案，又不能动刑，还咬出刘锡彤的师爷何春芳。这样的变故，如何能压得住？”
湖州府知府锡光也道：“重要人证钱宝生也当堂反口，而且也将矛头直指何春芳，说是何春芳诱供。这更是一难。”
富阳县知县许加德道：“由于时隔日久，重要人证说法前后矛盾，根本无法纪录。”
黄岩县知县陈宝善道：“特别是那个杨乃武，口中振振有词，实在是很能狡辩，说的也条条在理，下官实在是无法再审。”
杨昌睿听了才知道事态严重，急的直冒汗道：“你们都只长了个会吃饭的脑袋，几个人搞不定一个杨乃武。朝廷给了三个月的期限，到明年二月还审不出来的话，就要派钦差奉旨来杭亲审。若真走到了那一步，我先摘了你们几个废物的顶戴。”
正在杨昌睿气急败坏的时候，蒯贺荪从外面一路小跑进来，一进屋来便喘着气嚷道：“方才在西花厅门前、门前，刚刚收、收、收到的八百里……”
杨昌睿见他喘的说不上话来，一把将他手中的八百里加急文书夺在手中看了一遍，惊道：“皇上驾崩了。”
同治十三年（1874年）十二月初五日，同治帝崩于皇宫养心殿。同治皇帝驾崩后，慈禧太后指定同治皇帝的堂弟载湉继承皇位。载湉接位后，慈禧太后垂帘听政，于1875年3月27日（光绪元年二月二十日），改帝号（年号）为光绪。从同治十三年十二月到光绪元年二月，京内各部，都忙着丧事和登基，把一应事情，都搁置下来。杨昌睿总算有了一口喘息的机会。杨乃武虽然未曾受刑，但从此在杭州监中一呆就是近半年。直到第二年三月，此案才开始接着审理。
但杨昌睿仍然不愿翻案，此案又不能动刑，一审再审不能定案。京中的杨增生见时间拖延的久了，也怕生出变故，便找左都御史广寿商量。广寿也觉的此事不便过久担搁，便让都察院刑科给事中王书瑞给慈禧上了一道折子，说杨乃武案中，浙江巡抚办案居心不公，偏听偏信，接到知府陈鲁所交案后，不加根究就转呈刑部，草菅人命。去年奉旨重审此案时，又委派湖州知府锡光代理审案，意图卸责，对此重大案件，久悬不决，迄今不能查明。奏请钦派大员，秉公查办以雪奇冤而成信谳。
慈禧也觉的这个案子拖的太久了，从同治十二年（1873年）十月十一日案发，到光绪元年（1875年）四月，历时一年半不能审明，便于四月五日下旨：“所奏已准，浙江余杭县民妇葛毕氏毒毕其夫葛品连诬攀举人杨乃武因奸同谋一案，着派浙江提督学政胡瑞澜严讯，以期水落石出。学政胡瑞澜即刻启程专赴浙江杭州，亲审杨乃武一案，查实内中是否有冤枉之处。”
又批示刑部，在浙江遴选官员陪审。
这个胡瑞澜，正是去年十月斥革杨乃武举人功名的浙江学政。此人做官，虽然炭冰之敬来者不拒，往来馈送，一概接纳。但却是从不在官司、学政等上面作弊收钱的，所以落了个清正的名声。胡瑞澜作官向来奉的是不偏不倚，不关己事宁可糊涂，关己之事一定明白的原则。杨乃武之案中，他不经查证，一怒之下就将杨乃武的功名革去，还写下“正身洁已己，不以财色经怀；敦品励行，当以作人为先。”二十个字晓谕全省学子，也正是他不关己事，宁可糊涂的结果。
钦差胡瑞澜陛辞之后，即行就道，到杭州去。临行之时，左都御史广寿亲自叮嘱，说这个案子十有八九是冤枉的，千万要审理清楚，不能再抱官官相护宗旨。胡瑞澜一口应诺，承诺一定不负所托，方才出京。叶菊贞也知道京中派了钦差大臣去审此案，以为这一次总能昭雪杨乃武的罪名，便住在京中，等候消息。
胡瑞澜到了杭州已是五月，船还未到码头，早有人报知巡抚各官，在码头上迎接，一个个跪请了圣安，方同钦差相见。当下胡瑞澜便在巡抚择定的地点打了公馆。当日点了该案的陪审官，分别是宁波知府边葆诚，嘉兴知县罗子森，还有两个分发在浙江的候补知县，顾德恒和龚世潼。
杨昌睿听说是要派钦差审案，心中一惊，恐怕自己官位不保。后来听说了是胡瑞澜作了审案钦差，却放下心来。原来二人同在浙江作官多年，论私交是没说的。而且胡瑞澜去年革了杨乃武的功名，今年若是为杨乃武翻了案，岂不是自打嘴巴。又听说陪审官中有宁波知府边葆诚的名字，更是窃喜。原来，边葆城是杨昌睿湖南老乡，又是刘锡彤的姻亲，当然不会向着杨乃武。
除了杨昌睿外，臬台蒯贺荪不久前病死于杭州，尚未有人接任；湖州府知府锡光等人因是奉命审案，又没有收受贿赂，倒不怎么惊慌；只将杭州知府陈鲁和余杭县刘锡彤吓得手足无措。
刘锡彤单为了这个案子，已经花去了八九万两银子，虽是妻子带过来万贯家财，仍是肉疼的很。这一回听说钦差要来，只好又叫妻子拿出十万两银子，以做打点之用。陈鲁见了却道：“这位学政大人可送不得。”
刘锡彤奇道：“千里做官只为钱，只要有钱哪怕他不动心，怎么送不得呢？”
陈鲁道：“这收钱也分明收和暗收两种。明收就是逢着佳节寿日，恭贺拜见，光明正大的送过去，别人也说不得，也算不得受贿；暗收则是并没有名目，只在私底下收了为人办事，虽然并非没有人知道，却也不能让人拿住证据。
“收钱还分着长收和短收两种。长收就是放长线钓大鱼，平日里就把他喂饱了，关键时不用送礼也使的上力；短收就是临有事时，着急抱佛脚，烧供香，给钱办事，公平交易。
“胡学台向来喜欢明收和长收两种。所以官场上倒认为这人做事光明磊落，因此得了不少清名。你现在临时送银子过去，恐怕不妥。说不定还会把事情办糟。好在嘉兴知县罗子森是他的学生，与胡学台明送和长送了不少东西。只要打通了这个关节，或许能有些作用。”
两人商量了半天，最后定下由陈鲁出面替刘锡彤送给罗子森五万两银子。虽然罗子森作官的嘉兴县是个富县，平时捞的油水也不少，但仍是挡不作五万两银子的诱惑，当下便收了。又去找了两个候补知县顾德恒、龚世潼，许下了二万两银子一个。凡是候补官儿，大都是穷官，哪一个不爱银子，何况是两万两，喜的眉开眼笑。最后到宁波去见了知府边葆诚，也花了四万两银子说妥。这中间托门子找路子又花了近万两银子。一切就绪，仍回到杭州，只待提审杨乃武。
但胡瑞澜自来到杭州之后，却以案情复杂为由，奏请缓审，直到六月初仍不过堂审讯。一时间众议纷纷，传言纷起。胡瑞澜这么做，其实正是他作为官场老手，手段阴险圆滑的一面。
胡瑞澜到浙江审案，先来个“只拉弓，不放箭”。一方面让别人看一看自己对此案十分慎重，绝不枉法贪脏，不收一两银子；另一方面却让自己提拨起来的几个陪审官狠狠的捞上一把。以后也不怕这些下属们不吐出一些来孝敬自己。这是其一，其二是这个案子的主犯和关键证人都已反口。若是直接去审，恐怕要重蹈杨昌睿的覆辙，必须想一个稳妥的方法，一下子将此案钉的死死的，钉成铁案如山才算永无后患。
六月十一，胡瑞澜将浙江巡抚杨昌睿请到自己的行辕。杨昌睿见了胡瑞澜笑道：“胡大人做了钦差，兄弟连面都难见上一次。总算今天把我叫过来了，不知有什么事？”
胡瑞澜让了座，皱了眉头道：“杨大人，这个案子可是难办的很。我实在很难为你圆场啊。”
杨昌睿听他话不对，急忙道：“胡大人，此案两审一议，已经定案。复审之时犯人翻案亦在常理之中，如何难办？”
胡瑞澜斜眼看看杨昌睿道：“你呀，还和我在这里装糊涂。杨乃武之案漏洞百出，证据不足，怎么不难办？和你说句实话，别的漏洞老哥我尚能补救，但这个案子的关键证人钱宝生手里拿着刘锡彤给他写的‘无干谕帖’，谕帖中保证钱宝生不用到堂对质，仅写一封供状即可。这种伪证本就不堪一击，钱宝生又反悔翻供，若是再把那个‘无干谕帖’拿出来，笑话可就大了。”
这个钱宝生当初是刘锡彤强拉来的证人，如今却成了杨昌睿眼中的一根刺，肉中的一根钉，实在麻烦的很。原来钱宝生被提到杭州后，不许回家。在这里多住一天，便多花一天浇裹，仓前镇的药铺也不得不关门，不能做生意。两头赔钱，而且一拖就是几个月。钱宝生又急又悔，逢着人就诉苦，总要将做伪证的前情讲说一遍，又说今后再不敢冤枉好人了，弄的杨昌睿等人十分尴尬，又一时拿他没有办法。杨昌睿听胡瑞澜提到钱宝生，也无奈道：“刘锡彤做事实在不缜密，如何找了这么一个活宝做证。如今他上堂便讲自己做的是伪证，情愿受罚；下堂就讲自己有谕帖在手，知县说话不算数。这个人在杭州不仅与事无补，反而于案情不利。”
“既然知道留在杭州不利，为何不让他早些回去？”
“可是，钱宝生乃重要人证，如何能不传到案？”
“他若是生了重病或有其他事体不能到案，不就……”胡瑞澜说了一半停住了话。
杨昌睿恍然大悟道：“我明白了。果然是好计。”
“一定要把‘无干谕帖’先拿到手，决不能让这个东西流到别人手中。”
“兄弟知道了。”
六月十八日，天正是热的时候。太阳火一般的灸烤着大地，到处都发出明晃晃的光。热气在大地上弥漫，让人昏昏欲睡。余杭县仓前镇上，爱仁堂药铺的学徒头趴在柜台上打着盹。
“钱宝生在么？”
学徒猛的惊醒，见一个二十七八岁秀才模样的人站在柜台前。他揉揉眼睛道：“药铺不开门，只有前几天已经验了方子，正在用药的老主顾才能卖给药。若是非缠着要买药，吃错了药我可管不了。”
那人笑道：“我看你是还没睡醒，我问你家店主钱宝生可在么？”
“东家去杭州作干证去了，也不知几时才能回来。您找他有事？”
那人若有索思道：“这个钱宝生可真是害苦了杨乃武了，若不是他出伪证，哪有现在的事情。”
学徒问道：“敢问您是？”
“我叫吴玉琨，是杨乃武的把兄弟。在广州听说了此事，便急忙赶回来要为杨乃武伸冤。此案之错，关键在于钱宝生之伪证，我若见他，必问清楚他是何人指使？为何作此欺心昧天之举？”
吴玉琨正在说话，忽听背后有人道：“老兄，我也是冤死了。”
吴玉琨回头一看，见一个三十多岁的中年人站在身后，穿一件脏兮兮的蓝底富贵团花的缎子长袍，一脸的倦色。吴玉琨道：“您是哪一位啊？”
“我就是钱宝生。”钱宝生走进柜台，从水缸中舀了一碗水，自己先喝了几口，又舀了一碗递给吴玉琨道：“这热的天，你也喝一些吧。”
吴玉琨接过来，却没有喝，问道：“钱掌柜，你不是去杭州作证了么？怎么却回来了？”
“本来以为不过中秋是回不来了，可前几天宁波知府边葆诚大老爷把我叫到他的行辕。说只要我交出县老爷给我开出的‘无干谕帖’就放我回家，再不找我的麻烦，我便交了。然后就回来了。”
“边大老爷一定还说此事不能传于外人知道，你怎么一见我就说了呢？”
钱宝生惊道：“边大老爷是说过这句话，你怎么知道？”
“这种亏心的事情，换了谁也要千方百计遮掩着。只你是个无心口快的人，什么秘密也藏不住。”
钱宝生叹口气道：“我生来就脑袋笨，不通事故。只靠着祖上传下来一点医术，弄个小药铺与世无争，也过的清净。谁知道祸从天降啊。这位客官，我方才听到您说您是杨乃武的把兄弟？”
吴玉琨方说了一句正是，钱宝生立即接过话道：“我可是冤哪。余杭县大老爷刘锡彤派了何春生来我这里，非逼着我承认杨乃武在我的药铺买过砒霜。我的药铺哪里进过这些东西？但何春生说，我若不这样说，便要抓我去做牢，治我包庇之罪。我生来胆小，只好答应，但要他保证今后再不干我事。何春生掏出早就写好盖了大印的‘无干谕帖’给我。我才写下供状，现在这些老爷、大老爷都说话不算数了……”
吴玉琨听他絮絮叼叼，不停的怨己怨人，心道：“怨不得杨大人要我除去此人，这个人的嘴巴实在是不牢靠的很。不除此人，难平此案！”想罢，对钱宝生道：“钱掌柜莫要着急，既然审官已经说不找你的麻烦了，必是不会再提你到案的。我来这里也是为了这个案子的事，咱们找个地方商量一下如何？兄弟在仓前镇‘得一聚’订了一桌酒席，还请一块儿过去。咱们边吃边聊。”
钱宝生几个月没碰荤腥，一听有酒席，肚子里的馋虫早就活动开了。急忙道：“叼扰了。”便随吴玉琨去了。
直到傍晚钱宝生才回来，喝的是满面通红，嘴里还道：“吴兄果然是好人，只让我赔了他十两银子，便答应不再找我的麻烦。还请我吃了一顿酒席。这事情总算是官私两方都有个了结了。”
此时药店已经关门，钱宝生的妻子将他扶入房中道：“事情毕了就好，当初就不该听那个姓何的话，白惹了一身的麻烦。”
夜已三更，仓前镇上静悄悄的，尚未散去的暑热仍逼的人一身一身的汗。夫妻两个躺着说了一会儿话，渐渐睡去。
快到五更的时候，钱宝生忽然喊肚子疼，疼的面色发白，金星乱冒，头上的冷汗一层层向外涌。钱氏急忙起来问他，钱宝生已经说不出话来，只在床上乱滚，口中又喷出一口血来，吐在床单上鲜红可怕。钱氏喊了学徒取了些止痛药来给钱宝生服下，又让学徒赶紧去请郎中。
钱宝生服了药，虽不痛了，但又呕吐起来，把晚上吃的东西尽数吐了出来，弄的满屋都是腥臭之味。过了一会儿，已经两眼发直，人事不醒。又挺了一刻多钟，血便从七窍流出，双眼突出，面色变了青幽幽地，已是气绝身亡。钱氏一见放声大哭，直哭了半个时辰，郎中方才赶到。已是没有救了。
还是郎中有主意，让学徒通知了地保，又叫县里派人来验尸。一验之下，是中了断肠散的毒。这种毒是极名贵的东西，整个仓前镇也没有人会保存这种毒药。这时的余杭县令仍是刘锡彤。刘锡彤传了学徒、钱氏到堂。学徒便将日里杨乃武的干兄弟吴玉琨来请钱宝生吃饭的事讲了。刘锡彤派人将协捕文书送到吴玉琨的家乡海宁县，却说这人一直在京中做监生，从来没有回来过；长的也是圆脸胖大，和学徒所说的尖嘴猴腮的那个人一点儿都不一样。再说，哪有下毒*人前，先把自己的姓名来历讲的清清楚楚的道理。这件案子没有了真凶，也就压下了。
六月二十四日晚，胡瑞澜突然升起堂来，开审杨乃武案。
杨乃武早就听说北京派了钦差下来，要特审自己一案，知道一定是姊姊杨菊贞在京中找到族叔杨增生有了作用，递上了状子，所以派了钦差，这一回总算可以冤狱得反，便一日日盼着升堂辩冤。
当日大堂之上，钦差胡瑞澜在上首高坐，正中供着圣旨，宁波知府边葆诚，设了公案在钦差下面，下首却是知县罗子森。罗子森两边，坐着顾德恒和龚世潼两个候补知县。两旁差人，排得齐齐整整，高呼威武之声，威肃森严。
胡瑞澜先把杨昌睿、陈鲁传了上去，都叩见了圣旨，方立起回话。钦差把以前审理杨乃武的情形问了一遍，又传了余杭县刘锡彤，也跪请圣安，问过一遍，方把沈喻氏、王心培唤上，问了一回，依旧说是杨乃武谋毙小大。钱宝生已经死了，自然不能到堂作证，但他写的供证也被呈上看了。一应人证，都已问过，才把小白菜带上。边葆诚喝道：“葛毕氏，究竟奸夫是杨乃武不是？”
小白菜叩首道：“大老爷明鉴，小妇人冤枉啊。确无毒毙亲夫之事，望大人明查。”
边葆诚把堂木一拍道：“葛毕氏，此话可是真的？”
小白菜道：“小妇人不敢胡说。”
罗子森却在一旁冷笑道：“我瞧你并非实言，不打如何肯说实话？”
即命差人，上来打了小白菜二十巴掌，这二十个嘴巴下去，打的小白菜嘴角流血，小白菜一心要翻案，仍然坚称道：“大老爷是青天，便打死了小妇人，我也不敢说谎，的确是没有此事。以前的招供都是严刑逼出来的。”
胡瑞澜不再问话，命人先把小白菜带下，又将杨乃武带上。
这时杨乃武重刑之伤虽愈，但得不到调养，仍是有些不良于行，扶上堂来跪下。胡瑞澜先喝道：“杨乃武，本官奉了皇上旨意，特来查明此案，你究竟怎样命葛毕氏下毒，毒死葛品连的，一一供来。”
杨乃武叩头道：“钦差大人，小人实是冤枉，是被屈打成招的呀！”
胡瑞澜并未让人对杨乃武用刑。这些天来，他苦心研究案卷，别的不看，只看杨乃武亲笔写的状子，一连研究了十多日，早从中找到了不少的漏洞。再加上关键人证钱宝生已经除去，“无干谕帖”也已收回烧掉，所以对坐实此案胸有成竹，也根本就没有必要动刑审讯。
胡瑞澜语气平静的问道：“既然没有此事，为什么钱宝生与你无仇无恨，却会承认是你在他的药铺中买了砒霜呢？”
“晚生愿与钱宝生当面对质。”
“钱宝生已经死了，怎么对质？”
杨乃武一听吓了一跳。复审之时，钱宝生当堂翻供，当时如果按着这条线查下去，雪冤并不困难。但时隔多日，钱宝生却死了。最关键的证据没有了，此案的情势立时又变的于他十分不利。
胡瑞澜见杨乃武惊的说不出话来，心中得意。又翻了翻杨乃武的状子道：“早听说你有刀笔之称，果然是好文笔，这状子写得义正辞言、文字激昂，悲屈之情跃然纸上。若不是本大人我明察秋毫，细细研察，也要被你这状子所骗了。”
杨乃武听胡瑞澜语气不对，暗叫声不好。果然听胡瑞澜又道：“首次抱告之人，你在状子上说的是姚士法，但经查却是王廷南，为何同一抱告却有两个名字？”
杨乃武方要回答，胡瑞澜却不容他置辩又接着道：“你在状子上说，同治十二年七月时，你曾撞见刘子和与葛毕氏在家中调笑。本官已查明，刘子和与葛毕氏素不相识，街坊也从未见过此人，既是调笑，必是熟络之人，常来常往。岂有不为人知的道理？
“你又说，葛品连十月初十暴死之后，有余杭县差役到葛家借口吊唁，实为私议。本官业已查明，余杭县的差役并没有任何人在十月初十去过葛家。你又何解？
“你说你被葛毕氏诬陷，是原来她住在你家时，因小事成仇。但实际上你们关系不仅很好，你还教她读书认字，可有此事？
“你说葛毕氏与邻居王心培不清不白，也是一点凭据都没有。你又是据何污人家清白？”
胡瑞澜一连数问，句句都问在点子上，将杨乃武问的是手足发麻，面红耳赤，张口结舌。
原来，杨乃武为了将自己择的干净一些并引起官府重视，许多话说的过头了，又将一些道听途说的事情、自己也弄不清楚的事实也一古脑都写在状子上。
比如说，首次报告之人，状子上说的是姚士法，其实却是王廷南，这是杨詹氏怕拖累姚士法临时改变的主意，却没有通知杨乃武。
状子上还说，他撞见刘子和与葛毕氏在家中调笑。其实是在盂兰会上刘子和调戏小白菜。杨乃武因恨小白菜诬攀自己，所以捏告了二人调笑的事。
还有，杨乃武状子上称葛品连暴死之后，有本县差役到葛家借口吊唁，实为私议。其实是陈竹山和刘子和两个人。杨乃武没有搞清楚就写到了状子上。
这些画蛇添足的不实之处，反而将事情变的更加复杂，让胡瑞澜抓住了把柄。
胡瑞澜一共指出了状子中的十二处不实，这个状子也就被定性为诬状。其他辩护内容即使是真的也就不能采信了。胡瑞澜趁热打铁要杨乃武招供。杨乃武虽然不知所措，再不敢喊冤，但哪里甘心就此招认。
胡瑞澜知道杨乃武有一点儿背景，所以也不对他用刑。命人将他带下，第二日开始分成两班，对杨乃武与小白菜分别审问。
边葆城负责审问小白菜。他对小白菜可就不像对杨乃武那么客气了。各种非刑遍加于身。几天下来，小白菜的十根指头都被拶子拶的透出白骨，又用铜丝穿入乳头，其状惨不忍睹。严刑拷打之下，小白菜只好又承认了谋夫之举，并仍旧供认杨乃武是幕后指使的奸夫。
胡瑞澜亲自带着罗子森、顾德恒和龚世潼轮番熬审杨乃武。虽是不用重刑，但掌嘴、打屁股的刑罚也是免不了的，更厉害的是用熬审的办法，就是不让杨乃武睡觉，几个人轮着班的审问他。但有昏睡之意，就掌嘴打醒或用冷水激醒。几天下来，就是铁石人也吃受不住。最后在半昏半醒之间，也被在供状上按上了手印。
胡瑞澜到任之后，很利索的就把这个案子审结了，仍然维持原判。这样一来，原来参与此案审理的浙江大小官员的名声和职位都因此而得以保全。这些人如释重负，弹冠相庆，纷纷设席宴客，恨不得放鞭炮来庆祝。都认为从此铁案如山，不会再有反复了。
这时，京中都察院的广寿、杨增生等人也已经听说了此事。因为这个案子是钦案，如不及时设法，将成终审，到时候就没有回转的余地了。于是两个人急忙找来都察院的户科给事中边宝泉商量，一番计议之后，由边宝泉出面给皇帝上了个奏折。奏折中称：
浙江余杭县民妇葛毕氏毒毙本夫葛品连诬攀举人杨乃武因奸同谋一案。案详刑部后，案中主犯及要证纷纷翻供，其中必有屈抑。近来外间传言，奉旨严鞠此案之浙江提学胡瑞澜，与巡抚杨昌睿关系甚密，复查本案，外示严厉，中存偏袒。对案中关键人物钱宝生证言是否属实，不加详究，放令还家。此案是否屈抑，虽不敢贸然判断，但向来各省已定之案，虽经上京控告，发回重审而能平反者百不得一，相沿成习。其中原因，盖缘有案皆由督抚审定，复查官吏皆其下属，此辈之升降迁谪，无不操之上司，因此办事无不仰承上司鼻息。无人肯为办理一案而得罪上司，自贻伊戚。故名虽复查，实为形式，纵有冤滥，在势亦难纠正。此案如仅由刑部复核原卷，必然难以驳回。因上报案卷多半经过整理，所有漏洞都已粉饰，无从指摘。
该重案未惬众议，请提交刑部审办而成信谳。如此于吏治民生具有裨益。非徒为杨乃武一人昭雪也。
边宝泉提请朝廷将此案交由刑部亲审，其实是很中恳的，也揭露了当时官场一些积弊。但慈禧却认为边宝泉是在暗示她派胡瑞澜去浙江钦审此案是不明之举，所以这件案子才没审明白，才需要由刑部再审。慈禧一向是个好胜之人，哪里能够承认。当下便把这个奏折驳了，下诏曰：“此案仍着刑部详细研求，迅速核议具奏，俾成信谳。边宝泉奏请提交刑部审理，着毋庸议。”就是说，该案仍是只需将案卷交由刑部审核即可。基本上算是将此案终审了。
光绪元年（1875年）七月，《申报》发了一篇文章，该文章继续对奉旨审案钦差、浙江学政胡瑞澜复审杨乃武案进行了关注，其中提到“虽行辕内（胡瑞澜的行辕）关防严密异常，但六月二十五日晨浙江巡抚杨昌睿、杭州知府陈鲁已悉底细。”两个与案情有着利害关系、本应回避的人却能轻易而迅速的得到消息，可知此案的审理已经出现偏袒的行为。
从七月开始，《申报》不断对杨乃武的案子进行报道。因为此前杨乃武与小白菜的案子已经轰动江南和上海、天津、北京等地。胡瑞澜这一次的钦命审案更是引起社会各届人士的极大兴趣。到八月十一日，《申报》又报出一个重大消息：杨乃武自觉再无雪冤之理，离黄泉路也不远了，在狱中作联自挽云：“举人变犯人，斯文扫地；学台充刑台，乃武归天”。因胡瑞澜是个学台，根本不懂刑名诉讼，所以说他是学台充刑台，让杨乃武归天是必然的事。
《申报》连续不断有力度的报道，使社会舆论都倒向了杨乃武这一边。另外在浙江方面，杨乃武的堂兄杨增生、杨恭治等五人联名向余杭县知县刘锡彤和浙江学政胡瑞澜递交公禀，证明小白菜供称杨乃武指使下毒和买砒霜之事纯属枉供。在北京城，与杨乃武同籍的十八名京官也为他“联名呈控逐款鸣冤”。
接着，杨乃武的把兄弟，就是前文提到被人冒充身份毒死钱宝生的监生吴玉琨联合在京的浙籍举人、生员和杨乃武的好友等三十余人又开始向都察院、刑部、大理寺提出控告，施加压力，揭露杨乃武被严刑逼供，屈打成招的事实。要求提京彻底审讯，昭示天下，以释群疑。
这其中力量最大或最值得一提的有三股势力。
一个是汪树屏，此人就是浙江有名的白尼山汪家子弟，他的祖父在京里做过大学士，哥哥汪树棠也在京里做着二品官，在朝中说话还是有一些份量的。他联合在京的进士、翰林等人联名向各部院上禀贴，上称：此案不仅是有关杨乃武、葛毕氏两条人命的问题，更是有关整个浙江读书人的面子问题。如果真有冤抑而不予平反，恐怕今后浙江将无一人肯读书上进矣。这些进士、翰林都是准备放出去做官的后备干部，特别是翰林，将来都是手掌大权的实授官，这些人联名上书要比前文提到的三十多名举人、生员联名更具影响力。
第二个人是吴以同。他与杨乃武是极要好的朋友，常在一起作诗论文章。吴以同只是个秀才，但他是红顶商人胡雪岩最得意的西席幕友。此时的胡雪岩，无论是官场还是商场都处于鼎盛时期，他与陕甘总督代理新疆军务的左宗棠是生死之交，其他官场上的至交朋友也多的不可胜数。杨乃武案发生时，他正在浙江筹办胡庆余堂药店，对案情比较了解。吴以同将杨乃武的冤情向胡雪岩讲了，又提到杨家为了这场官司已经卖尽田地，家徒四壁，如今杨詹氏要入京上告，苦无盘缠。胡雪岩听了当即答应解囊相助。不仅慷慨资助他们全家进京的路费，而且说要把杨詹氏到京后所有用度也都包下来。杨詹氏在吴以同陪同下去元宝街胡宅拜见了胡雪岩，详述了杨乃武身受重刑的情形以及冤案难雪的内情。胡雪岩听了，不禁脸色惨然，拍案道：“此冤若不得雪，大清之法度何在？”当即命人拿出200两银子的现银，又备一书信致北京阜康分号档手，命其在京中随时给予杨家方便。
第三个人是夏缙川。这个人是个武举人，为人豪爽耿直，好打抱不平。自《申报》在同治十三年开始登载杨乃武的案子时，就一直关注此案。直到胡瑞澜终审将杨乃武和小白菜订成死罪时，便动了要救杨乃武的心思。他虽然只是个武举人，但他的堂兄是刑部侍郎夏同善，相当于公安部副部长的职位。不仅如此，夏同善与内阁学士翁同龢一起任值毓庆宫授读，与手握重权的翁同龢相处甚善。翁同龢先后为同治、光绪两代帝师，历官刑、工、户部尚书，协办大学士，军机大臣，总理各国事务大臣等。单从当时的地位、官品和权力来说，是百官之首。
夏同善与翁同龢花了一个星期查阅了刑部档案，签出杨案的几处疑点，一面指示正在刑部浙江司任郎中的侄子翁曾桂认真审理。（此人后因审理杨案有功升迁为刑部侍郎），一面又拉上浙江籍翰林院编修张家骧一共三个人专门觐见了慈禧，当面为杨乃武申冤，将案情详述了一番，并将其中疑点一一指摘。这三个人，一个是专管审案的专家，一个是手握重权的帝师重臣，还有一个是名满京城的状元，说话份量也是相当重的。
如此声势浩大的伸冤运动，使朝野上下沸腾起来，一时间街谈巷议尽是杨案，邸报奏章多提乃武。慈禧也觉着若想将此案含混了结既无法平息举国上下风起的舆论也无法安抚朝中江浙派官员摇动的人心。慈禧太后终于下了决心，于光绪元年十二月二十日下诏：“浙江余杭葛毕氏一案，前着提督学政胡瑞澜严讯，以案无出入，仍照原拟定谳。现经刑部核查，案中疑窦甚多，已咨令逐条查复。兹着浙江巡抚杨昌睿提集全案人证起解至京，交刑部彻底根究。”事情发展到这一地步，杨乃武案已经不再是一个简单的刑事案件，而衍生成为政治派系的斗争。
在这个案子中，还有三个非江浙派人物，不能不在此用墨一提。
一个人叫做袁保恒，是袁世凯的堂叔。光绪三年，袁世凯乡试不第，结婚后就投奔到这个堂叔门下做了一名机密幕僚。他从袁保恒这里第一次接触了官场，并悟到了不少官场之道。袁保恒这个人其实是很正直的，光绪二年的时候还上书皇帝（其实是慈禧太后），要求改福建巡抚为台湾巡抚，常川驻守，经理全台，以抑制日本对台湾的侵略野心。杨乃武案的时候，他虽然是河南人，不在江浙籍京官之列，但身为刑部侍郎，对这个案子也非常关心。他看出其中可能有冤情后，也参加了为杨乃武翻案的活动。
另一个是五品六科给事中王昕。这个人早在同治十三年就开始对杨乃武案进行调查，并且亲下江南微服暗访。王昕之所以对这个案子下这么大的功夫，是因为他是奉了慈禧的密旨。由于到同治十三年的时候，杨乃武案已经历时近两年了，轰动大江南北，报道连篇累椟。这个案子便引起了慈禧的兴趣，她想知道这个案子的幕后倒底是什么样子，如果只是中下级官吏的贪脏枉法，她倒是很愿意借此整顿一下吏治，提高一下自己的威信。也省的外国人借此又攻击大清的法律不公正，又来要求法外治权。王昕在浙江暗访之后，回来覆旨说此案中确有冤情，其中情弊大多与翁同龢、夏同善等人所言相同。
第三个人是光绪帝的生父醇亲王奕譞。在复审结果出来后，醇亲王就认为杨昌睿此人过于狂妄蔑视朝廷，不惩不足以儆效尤。王昕暗访回来，他又向王昕打听。王昕称杨乃武案中各级官吏常有意瞻询，抱定官官相护之旨，内中弊窦甚多。醇亲王因此决心要动一动浙江的官场，摘掉几个官员的顶子，来整肃一下那里的官风。
以上这些人形成了一股强大的保杨势力，最终使慈禧将谕旨改为刑部会同京师五城都察院共审。也为后来翻案起到了决定性的作用。
光绪二年二月中旬，由王昕传旨，即令杨昌睿将全案人犯派员押解赴京。杨昌睿奉到上谕，见刑部要来提解人犯，大为不满，但不敢公然违旨。只好派候补知县袁来保做押解委员。将杨案中的人犯及干证人等解送北京审理。杨乃武案的审理也真正进入了最后的司法程序。
这批人犯中少了爱仁堂的掌柜钱宝生，但却多了两个人。一个是爱仁堂药铺学徒杨小桥，一个是该案的始作俑者之一、当初唆使葛喻氏告状的陈竹山。
余杭县知县刘锡彤也被带往京城。因为怕他畏罪逃了，圣旨中只说是派刘锡彤赴京督验尸骨。但刘锡彤去王昕的行辕递手本时，却说王昕这几日只住在船上。刘锡彤只好去船上拜见王昕。船下的差人听说是刘锡彤来了，道：“王大人说了，不必通禀，你来了直接引进去即可，跟我来吧。”差人一直把他引到大船后面一间舱中。刘锡彤一看，王昕并不在这间舱里，里面却准备下了一张床铺，舱内灶具齐备，差人笑道：“王大人说了，请你不必回去，就在船上住下了，然后一同进京。”刘锡彤这才知道中了计，吓了一跳，再想逃已经不可能了，只得在此住下。
王昕把刘锡彤押在官船上，又命候补知县袁来保从监中调出杨乃武、小白菜二人，吩咐将二人用秤称过，对袁来保道：“这二人如今便交给老弟你了。你把我的话传给押解的差人，两个人的重量都在此称过，到得京中，倘轻了一斤，重责五十，轻了十斤，重责五百；若是重了一斤，赏银五十。十斤赏银五百，若有一人发生变故，便拿你老弟和押解的差人抵命。路上好生伺候着。”
袁来保连忙应诺，立时当着王昕的面将此话传下去。这便是王昕怕差人得了贿赂，在路上害了二人性命。又监督着将已经埋入地下三年零八个月的葛品连的棺材起出，贴了封条，派人送到船上。一切事情就绪，方开回京去。
刘锡彤的妻子林氏知道丈夫被软禁了，知道不妙，急忙找来何春芳商量。何春芳见大事不好，恐怕此案要翻了也带累自己，告诉林氏说自己的堂叔在刑部作官，可以想法通融，向林氏骗了一万两银子就逃之夭夭了。
林氏又打发独生子刘子和去河北盐山老家避风头，因要讨个好口彩，所以选了福星号轮船。哪知屋漏偏逢连阴雨，回去坐的这个福星轮，不但不是福星，反而在途中沉没了。中国海域中发生的第一件重大海难事件，就是“福星轮沉没”事件，刘子和最终葬身鱼腹之中。
刘子和的帮凶陈竹山也在解押到京的路上得了重病，上吐下泻，快到京城的时候，一命呜呼。
杨乃父及小白菜倒是受到优待，不仅一路上没受苦楚，过去受刑的创伤，也在沿途给予诊治。葛品连的尸棺有专船运送。每到一个州县，棺材上都要加贴一张封条，轮流派两个差人睡在棺材旁吃在棺材旁，日夜看守不敢松懈。以防尸骨被人在途中掉换。到北京后，共经过五十六个州县，贴了五十六张封条。
官船在路上走得甚慢。因为天津教案刚发生不久，这个案子影响极大，路上极不太平，时有耽搁，行程甚缓。到了八月份才来到北京。
（天津教案：1870年6月，法国天主教仁慈堂收容的中国儿童，因发生瘟疫大批死亡，教堂将之葬于河东盐坨之地，每二三人一棺，尸骸暴露，惨不忍睹，引起群众愤恨。适天津不断发生迷拐儿童事件，被捕案犯供称系受教堂指使，一时民情激愤，舆论大哗。6月21日天津知县刘杰同拐犯到望海楼教堂对质，教堂门前聚集的民众与教徒发生冲突，法国驻津领事丰大业到场向刘杰开枪，打伤其随从，激起了天津民众极大愤慨，致使天津全城鼎沸，引发了“火烧望海楼”教案这场大规模的中国民众自发地反抗帝国主义压迫的斗争。教案发生后，法、英、美、俄、普、比、西7国联衔向清政府提出“抗议”，并调集军舰至大沽口进行威胁。清政府对外妥协，对内镇压，*16人，流放25人，将天津知府张光藻、知县刘杰革职充军，派崇厚去法国“谢罪”，向各国赔银50余万两。教案过后，民心不服，津冀鲁苏之地，常有袭扰之事。）
九月初十，由刑部会同京师五城都察院一同对该案进行了会审。醇亲王奕譞、刑部侍郎夏同善，都到了刑部大堂，在堂后听审。堂上专为私访此案的给事中王昕设下一座，负责监督审问。刑部满尚书皂保、刑部汉尚书桑春荣在正中坐定，户部、礼部两位尚书，在旁陪审。一应人犯，俱已提在下面。三部衙役，站立两边。书吏、幕僚各归其座，好不严整威肃。皂保先把刘锡彤传上堂来，并不问话，命刘锡彤立在一旁，桌上却把杨乃武一案的文书口供放在上面，又把杨乃武提上堂来。
皂保喝问道：“杨乃武，毒死葛品连的凶犯究竟是不是你呢？”
杨乃武知道这一回到了京中，就是最后一次申冤的机会了，向上道：“青天大人，小人实是冤枉的呀，哪里有什么毒死葛品连的事情，都是被余杭县知县屈打成招的。因此小人在供状上，也写下了屈打成招的花押哪。”遂把蝌蚪文写成“屈打成招”四字，冒作自己名字的花押讲了。
皂保找懂蝌蚪文的幕僚看了，确认的确是那四个字，微微一笑道：“这倒亏得你想的出。”
刘锡彤听了，不禁吃了一惊，又听皂保接着问道：“那么胡大人浙江钦审的时候，你为什么却又在供状上摁了手印了呢？”
“供词未经过目，指印亦系强盖。不然小的既非目不识丁，前两审都以签字为押，何以这一回却以手印为押？”
皂保点点头道：“那么你把自从余杭县开审，直到如今的事情，细说一遍。”
杨乃武遂从自己中了同治癸酉科举人一百零四名说起，后来先在杭州拜客会友，后被刘锡彤假作请宴，席间将自己拿下审问。又如何用天平秤等酷刑，逼打成招；到了陈鲁复审时，又用上炮烙非刑，更是受刑不过，只得屈招，一直到胡瑞澜审案都细细的说了一番。
桑春荣是浙江绍兴人，也算是江浙京官一派，听得陈鲁用了炮烙非刑，这是大清律例所不允许的，急忙命人验看，只见杨乃武身上有十多处火伤，虽已愈合，但已留下如片片白梅般的疤痕。
除火伤之外，又在胫骨、手指关节等处验出许多伤痕，可谓遍体鳞伤。堂上虽大多是刑部的人，见的刑罚多了，见了这般惨状，也不禁发出唏嘘之声。
桑春荣又向刘锡彤看了一眼，刘锡彤只低了头，哪里能说得出话来。桑春荣又细细问了杨乃武同小白菜是怎样关系。杨乃武便一点不虚，把二人关系说明。说罢又叩头道：“小人今日得见青天，便是死在九泉，也瞑目了。”
皂保和桑春荣审罢，当下即命人把杨乃武带在一旁，把小白菜带上堂来。
小白菜上了堂跪下，皂保一看果然是个标致的美人，怪不得惹出这些事非来，当下喝问道：“葛毕氏，奸夫究竟是谁，从实招来。”
小白菜叩头道：“大老爷是青天，小妇人怎敢说谎，并无奸夫，亦无毒夫之事，实在是冤枉啊。”
皂保一拍惊堂木道：“几次供状之上，都有你画的押，你还敢狡辩么？”
小白菜听了此话，泪都滴了下来，哭道：“小妇身受非人之刑，怎能不招？”遂把几次受刑的事讲了，讲到边葆城用铜丝穿入乳头的刑罚，连皂保都听的直皱眉头。
小白菜讲罢，皂保又把爱仁堂药铺学徒杨小桥、邻居王心培等干证；葛品连的母亲葛喻氏、干娘冯许氏、堂弟葛文卿等苦主；杨乃武的姐姐杨菊贞及报告舅父姚贤瑞，杨乃武的妻子詹杨氏及抱告王廷南等亲证；还有其他若干人证分数批带上来一一问过。
学徒杨小桥供称并不知有卖砒情事，药铺进货簿上从来也没有进过砒霜；葛品连的母亲葛喻氏供出了陈竹山和刘子和两个人借吊唁的机会唆使葛喻氏告状的事；刘子和虽然没有捉住，但刘子和的跟差李进诚也被拿到京城。李进诚供称同治十二年七月刘子和与陈竹山在仓前镇盂兰会上，曾到过小白菜家，意图勾引。后来，葛品连死后，两个人也曾去吊唁，所供与葛喻氏供称相符。仵作沈祥供称，验尸的银针没有用皂角水擦洗过，只见口鼻血水流入两耳，就在尸格上填了七窍流血。曾与皂班通事班头阮德争执，一说砒毒，一说病亡，争执不下，后来尸单上就含糊注了个中毒而亡。
刘锡彤听到沈祥反口，承认验尸有误，公然将他出卖，气的两只眼都红了，大骂道：“混账东西，欺心背主，胡说八道，就是养一条狗也比你忠心。”一边说竟一边站起来，掳袖掀须冲到沈祥前面，举手照着他脸上就是两拳，打的沈祥鼻子冒血，直糊了一脸。二人揪作一团，打的不可开交。堂上人看了都觉可笑，皂保急忙命刑部差人把二人扯开，将刘锡彤摁住，大声叱止道：“刘锡彤，在天子脚下，刑部大堂之上，你竟也敢咆哮公堂，欧打人证。可知你在地方的行径。”
因刘锡彤仍穿着官服，不能行刑，皂保便让人把他摁跪在地下，问道：“刘锡彤，你将以前审案情形清楚讲来。”
刘锡彤见情势大变，所有证人证言都纷纷转了向，对己十分不利，此时已经是破罐子破摔，天王老子也不怕了，朝着皂保大声嚷道：“我是奉旨来京督验，不是来受审的，为什么要让我跪堂受审？皂保大人，您是不是糊涂了？”
桑春荣听了，厉声问道：“你的所做所为还配来京督验么？我问你，既然银针并未擦洗，为什么上详时说银针已用皂角水擦洗过？钱宝生作为重要证人，就住在仓前镇内，提审十分方便，为什么不叫钱宝生与主犯当面对质，却要费时费力叫何春芳劝诱钱宝生出具书面甘结？明明葛喻氏原供为葛品连口鼻流血，为什么要改为七窍流血？”
刘锡彤听了顿时不再言语，只是瞪着眼睛仍不服气。皂保和桑春荣见他不说话，也不再问他，又提审其他证人。这样一直审了五天，到了九月十四才审问完。
审完之后，王昕问道：“人犯与证人都已审完，然而说辞各有不同，如何才能定下罪名呢？”
皂保道：“案情我已大致清楚了，事非曲直皆在我胸中。可是该案中毕竟是口供不一，证据不足，不能仓促结案。虽然只要花些时间慢慢的细推研求，严刑拷问，并非不能得到实话。但既费时日，又不能服众。我看，此案的关键就在葛品连是否为服毒身亡的问题上，只要验出葛品连生前并非服毒而亡，所有难题都将迎刃而解。”
十二月初七，天阴沉沉的，象是要直压到地上来似的。翁同龢从中南海仪鸾殿见了慈禧回来，刚在家中喝了一口茶，有人来报刑部浙江司郎中翁同龢的侄子翁曾桂前来拜见。翁同龢急忙叫人把他请进来道：“案情进展如何？什么时候开棺验尸？”
翁曾桂道：“不好了，叔父大人，开棺的事有点儿不妙。有人到刑部发话，反对开棺验尸。”
“是谁？”
“四川总督丁宝桢。他这几日正在京中办事。昨天他跑到刑部大发雷霆，面斥刑部尚书桑春荣老耄糊涂。又到处扬言，说这个铁案如果要翻，将来没有人敢做地方官了，也没有人肯为皇上出力办事了。”
丁宝桢并非是见钱眼开的人物，此人在做山东巡抚时曾*过慈禧太后得宠的太监安德海。慈禧不但不报复他，反而夸他清廉刚直，后来吴棠出缺，慈禧便将丁宝桢擢为四川总督。用他去整饬被吴棠搞坏了的四川吏治。提起丁宝桢，朝中一般的京官都有些怕他。这一回丁宝桢插手此事，的确有些麻烦。翁同龢的心不禁一阵紧缩，他低头不语，想了一会儿才道：“你不用害怕，朝廷既然谕令刑部全权办理此案，咱们就放心去做。此案若天下大白，丁宝桢也没有什么可说的了。你们定在什么时候开棺验尸？”
“十二月十二。”
“夜长梦多，时间长了恐生变故，要提前验尸。明天是来不及了，就定在十二月初九吧。”
初七这晚，纷纷扬扬的大雪铺天盖地的下起来，一下就没个完了。到初八晚上，仍是停不下来，眼见得碎玉乱珠、扯棉丢絮般的大雪没有要歇的意思，夜幕下泛着幽幽的白光，翁同龢着实有些心慌。这雪若是还不停，初九开棺又要推迟，拖的时间久了，恐生事端啊。
到了第二日晨，竟然红日初升，将朝阳门外盖了一层雪被的田野阡陌都映的红了。朝阳门外宛平县的海慧寺，天寒地冻也挡不住纷至沓来的看客。早在卯时初的时候（凌晨五点）步军统领衙门派出的兵丁，就把寺庙内外围得紧紧的。接着刑部各位堂官、司官也乘着绿呢大轿、蓝呢大轿陆续来了。翁同龢也早早来到海慧寺压阵，坐在大殿偏厢里，静候时辰。
巳时四刻（上午十点钟），开棺的时辰已到。众人来到公堂之上。
公堂设在大雄宝殿关的平台上，香烟缭绕，铺着黄缎罩缦的长桌，翁同龢与刑部诸官并坐。司官八人，仵作二人，差役十余人，分列于大殿左右。杨乃武案中的一干证人及原被告也被带到现场见证。
葛品连的棺木抬到了殿前的空地。数百双眼睛都盯在这个被五十六道封条包裹着的棺材上。开棺之前，先由刑部八个第一流的仵作对封条验定，揭封之后，又叫刘锡彤认明原棺无误。负责督验的翁曾桂才喊了一声：“开棺。”
四个差役手挥斧钎，砰的一声撬开了棺盖。那棺木已经入土数年，四角已腐朽，随着棺盖滑落，也朴簌簌的掉下黑黄的木屑。一股尸臭顿时从棺中弥漫出来，幸亏事先已在庭前大香炉内焚起黄熟、檀降两种香料，才将尸臭压住。
首席仵作秦德山已经八十一岁，是翁曾桂特地派人花重金聘来的，他的徒弟将尸首轻轻抬出。只见尸体皮肉大多腐化，仅留一点腐肉留在骨上。秦德山走过去，用布满青筋的手捏了一根银针，飞快的插入死者喉间，轻轻捻动了一下，又缓缓抽出，用皂角水洗净。如此反复多次，银针上并不显示黑色。他又取铜盘一个，用榔头敲下一块黑色的囟门骨，映日细看了一会儿。如此验了半日，报到：“验得该尸卤门骨并无红晕浮出，喉骨、牙齿、牙龈、胸部龟子骨、手指骨、足趾骨及周身大小骨殖均呈黄白色；凡服毒者，囟门骨必定里外皆黑色。而此尸囱骨为黄色骨头，外面受潮霉变发黑，内里却莹白。不仅如此，该尸所有骨殖无一处有毒黑之色，很显然，此人一定没有中过毒。”
翁曾桂问道：“那么，余杭县仵作沈祥用银针发黑又是什么缘故呢？”
“大人，判断一个人是否中毒，可以用银针来探死者的喉部。如果银针没有变色，可作无毒的结论。但银针变色，却不能轻易下结论。因尸体发生腐烂之后，就会产生尸气（就是硫化氢），这个东西也能使银针变黑。所以必须要用皂水来擦洗，如果皂水能去尸气，如果擦洗不掉才能证明是中毒。即使经皂水银针验出中毒，还应当结合其他的症状来判断验实。”
“这么说，葛品连不是中毒死的？”
“我作仵作六十多年了，敢打这个保票。”
秦德山在尸格上画了押，翁曾桂又叫八名京中仵作复验，个个验过都说无毒。再叫余杭原验仵作沈祥复验，问他有毒无毒，沈祥口称愿领审验不明之罪。再看刘锡彤，此时已经是气焰始落，面色惨白，全身发抖。
围观的看客顿时欢呼雷动，有的喊“青天有眼”，有的喊“断案如神”，一个法国记者也跑到关着杨乃武的囚车木笼旁，操着半生不熟的汉语笑着道：“无毒，无毒。”
后来，这个记者在一篇发往欧洲本土的通讯中，以“中国奇案，寺内开棺”作标题，刊载了消息。其中有一句是“大殿边的小屋子，木笼里关着两个穿红色囚衣的犯人，一个是杨乃武，一个是毕秀姑。”
此时，从跪着的证人中冲出两个人，直冲到刘锡彤的面前，要与他拼命。早有眼疾手快的差役一把将两人扯住，虽然不能近前，两个人对着刘锡彤仍是痛骂不止，悲愤之极。翁曾桂见是杨乃武的妻子杨詹氏和姊姊杨菊贞，叹了口气，只叫人把两个人带了下去，吩咐不准难为她们。
海会寺验尸后，案情已经大白，刑部立即将复审勘验情况，奏知两宫，这时才将刘锡彤革职拿问。
刑部对刘锡彤无故入人以罪、原审各官审办不实等事又进行了几次大规模的审讯，这一回所审问的人犯已经不是普通百姓而是大清官员了。
就在海会寺验尸后的第二天，京中浙江派官员大大松了一口气的时候，另一派官员却被惹恼了，并开始出面运动要坐实此案。
这一派官员以四川总督丁宝桢为首，大部分人为两湖籍，并多为地方大员，被称为两湖派。丁宝桢并未受贿，他反对查办此案的理由很简单，不能为了区区一个举人就一下子处理这么多官吏。当然，这些将被处分的官吏大多是两湖籍人，自太平军事件后，两湖人在长江南北做地方官的人很多。
两湖派纷纷上折子请求皇上（折子上称皇上，实为由两宫定夺）不要翻此铁案。丁宝桢上折子说，杨乃武风流成性，亦非善类，此是铁案，证据确凿，若是翻案，恐令天下的地方官寒心。
大学士宝鋆是刘锡彤乡榜同年，也上折子说，人死已逾三年，毒气早就消失，毒消则骨白，怎么能够凭着骨是黄白色，即断定不是毒死是病死呢？
云贵总督李宗羲上折曰：若因此案使浙江县、府、臬、藩、抚一大批官员受到处分，则谁谓天下太平耶？意思是这个案子要翻了，就是给大清国脸上抹黑。
就连浙江巡抚杨昌睿竟也上了一个折子，说这个案子即使需要由刑部直接审理，也没必要将那么多所谓的证人都带到京中。使得江浙一带民心不稳，而且被传的证人也不能正常营生。意思是朝廷小题大作，滋扰民众。
浙江派官员虽然大多是不掌实权，只管言论清议的京官，但也不甘示弱。纷纷上折子，针锋相对，弹劾杨昌濬、胡瑞澜等地方大员平日草菅人命，甚至某些封疆大吏更是目无朝廷，力请重加惩办。
两派争吵不休，把个审案的刑部夹在中间，左右为难。
刑部汉尚书桑春荣本是浙江绍兴人，受了京官浙江派的鼓动，一心要为家乡人出气，所以起先想认真查办此案。这个人年轻的时候是很有魄力的，曾经因平反大狱而享誉朝野，所以才能在一点家庭背景都没有的情况下，一直做到刑部尚书从一品大员的位置。但此时的桑春荣已经是七十四岁的老人了，年老颟顸，对此案本无主见，一任司官办理。别人说要平反，为浙江本籍人作些事情，他亦主张平反；丁宝桢跑到他面前气势汹汹的一吓，他又拿不定主张，再不敢出面参革了。对于本来已经审定应当参革各员的疏奏，一改再改，迟迟不向上交复。
在这件案子中，刑部满尚书皂保心中本是没有什么偏倚的。只是因为汉尚书桑春荣当初要求严审，而且自己也觉的案子有冤，作为刑部尚书应当查清其中的隐情，所以开始查案的力度也很大。待两湖派和浙江派吵的不可开交时，他觉着自己偏着哪方都有些不当。倒把平冤的心思放下了，一心只想着自保。
两个尚书都不想惹事，所以刑部平反的疏奏，从光绪二年一直拖到光绪三年，仍然迟迟不能上奏。
光绪三年二月时，两派的矛盾终于激化。
二月初十上午巳时二刻的时候（上午九点半），刑部衙门的中门突然被打开了。中门只有重要人物进衙的时候，才能够打开，这个重要人物不是别人，就是丁宝桢。
丁宝桢带着几十名戈什哈，自己打开中门冲了进来。那些戈什哈，一个个着戎装挎佩刀，横眉立目，雄纠纠的走在刑部大院里。刑部里的京官们哪儿见过这阵势，不但不敢拦着，就是问也不敢问一声。
早有人报了两位尚书，皂保一听丁宝桢又来了，急忙道：“这孙猴子又来捣乱，三十六计走为上，还是不招惹他的好。”拨了腿就从后门溜了。
桑春荣也不含糊，知道自己腿脚慢，不能象皂保那样溜的快，急忙叫了一个随从，往他背上一趴，说声快走，也跑了。
丁宝桢本是向两位尚书施压，让他们重审翻案的，但还是让这两个人溜走了。只好转回头来对着刑部官员一个个点着名字大声斥骂。剩下刑部大小官员，没有一个人说话，更不敢与他争辩，只闷声挨着骂。
丁宝桢正骂在兴头上，突然有人道：“丁大人，刑部是奉旨提审勘验，是非出入自有‘圣裁’，您来刑部这么这么做是代表当今皇上么？”
丁宝桢吃了这么一句话，竟噎住了，回头看，见是刑部侍郎袁保恒，就是前文提到的袁世凯的堂叔。
丁宝桢恨骂道：“你是什么东西？竟敢与我顶嘴？我看承办此案各级官员并无不是，不应给予任何处分，主犯仍应按照原拟罪名处决。袁保恒，你吃了杨家多少银子，倒为杨家说话？”
这时几名戈什哈已经围了上来，手扶佩刀，紧盯着袁保恒。刑部各官都为袁保恒捏着一把汗，生怕他一句话说错，便在刑部院里被狠揍一顿。
袁保恒面不改色道：“丁大人，我再说一遍，刑部是奉旨提审勘验。此系刑部职权，并非是外官可以轻易干预的。如果您非要认为刑部做的不对，请与我一同到老佛爷那边说理。下官甘愿奉陪。”
丁宝桢听袁保恒把慈禧都抬了出来，又是一个愣神，心知这个人不好惹，点点头道：“好，既然你口口声声是奉旨。你就等着再奉旨重审吧。”说罢，悻悻而去。
丁宝桢并未能使刑部的天平倾向于两湖派，但另一个人却做到了。
丁宝桢大闹刑部衙门的当天晚上，一辆马车悄然停在皂保府前的黑漆大门外，一个人快步走出马车，走到府门口，递上禀贴。守门的门丁见上面有浙江巡抚杨昌睿的名字，急忙将来人请进门房少歇，另有人将禀贴递了进去。
皂保正在鸦片榻上吞云吐雾，一左一右立着两个女婢侍候着，听说来人是浙江杨昌睿派来的密使，急忙坐起身，叫人请到后院书房内，又接过女婢手中的毛巾揩了脸，穿衣整容，走了出去。
皂保方坐到书房内不久，那个人已经被引进来，见了面作揖道；“大人，我是奉了浙江巡抚杨大人之命，特从浙江策马星夜赶来，有要事相告。”
皂保是久经官场的人了，晓得他们是为了什么事，轻轻笑道：“这里没有外人，有事尽管讲来。”
那人道：“杨大人特地嘱托小的，知道您是刑部德高望重的大臣。所以杨乃武一案，还万望您能从中卫护，疏通关节。”
皂保听此人说的直接，不由得谨慎起来，道：“名贴上写着你叫做章抡香。我与杨昌睿也是有些交情的，却从来没有听说过他的幕府之中有这个名字啊？如果说是新来的，这种机密之事，又岂能用你？”
章抡香笑道：“实不相瞒。小的原是杭州知府陈鲁的首席刑名师爷，与杨大人向来亦是惯熟的。同治十三年，杨大人跟前的师爷杨同瑞辞了馆，杨大人就问陈知府把我要了过去。因为时日不长，所以您不认得。”
“噢，是这么回事。”
“大司寇是本朝的功臣世胄，刑部的大权都捏在你老手中，你老只要不出面参革，谅他人也无可奈何。”章抡香说着，从袖中掏出一张银票，轻轻放到皂保面前。
皂保一看，是源丰票号的十万两银票，他不动声色的收到袖中，笑道：“目前朝廷正是用人之际，杨昌睿无论是带兵沙场还是为政一方都是有些本事的。况且他当初与左宗裳左大人共同办理军务，剿灭长毛有功，并成为生死之交。就是看在左大人的面子上，我也要想法为之圆转。”
“谢大人，万望大人疏通开恩，事成之后，我们杨大人还要来京面谢。”
刑部尚书皂保转向两湖派，使案子有了微妙的变化，他将勘题拟奏全部改过，虽然验尸结果和判椟供状没有办法改动，但题奏用词却用心进行了修饰。其中，将“诱勒具结，罗织成狱”改为“虽系捏报，却属无心”；将“捏报擦洗银针”和“涂改尸状”改为“任听仵作草率相验”；将“非刑逼供、有违律法”改为“承审各员尚非故勘故入”等。
不仅如此，又以关系朝廷的面子为由，只字不提各级官吏行贿受贿之事；杨乃武刑伤过重，几乎被折磨成了残废，却说刑伤业已平复，并无伤筋折骨之情；又将有关刘锡彤之子刘子和的事全部隐去不报；对巡抚杨昌睿、钦差胡瑞澜也未提出参革。
光绪三年（1877年）二月十日，这封经过修改的奏疏终于递了上去。皂保原以为按着他的奏疏，杨乃武案应当是马虎了事，涉案各官受到的处罚也不会过重。特别是杨昌睿，顶多也就是个革职留任罢了。但他没有想到，在两湖派频频行动的时候，浙江派也在谋划着最有力的一击。
醇亲王奕澴在最后的关键时刻下了一剂猛药。
二月十一日，天晴日朗，春风和畅，万里无云。刚刚散了早朝，左都御史广寿见时辰尚早，天气又好，便将自己的绿呢大轿打发了回去，带了几个从人一路步行向草帽儿胡同走去，打算找毓庆宫授读夏同善喝酒。刚走了一里多地，便有一顶蓝呢大轿从后面追过来。快到时落了轿，从里面钻出一个人，一边追一边喊：“广寿大人留步。”
广寿回头看，见那人黑瘦脸，戴着暖帽，水晶顶戴熠熠闪烁，八蟒五爪袍子外套白鹇补服。正是刑部郎中浙江司郎中翁曾桂。翁曾桂紧跑了几步赶上广寿，顾不得行礼便悄声道：“不好了广大人，皂保不知怎的改了判语，重写了题奏，昨日已交到军机处。幸亏我叔父知道的早，他让我立刻找到您想办法。”
广寿也是吃了一惊，道：“皂保怎么站到丁宝桢那边去了？难道他不知道这案子是冤的么？何苦要捞这个骂名。”想了一下又道：“这事除非是同王昕商议。王昕和皂保不同，不会首鼠两端，还算是个清正的官。”
“他不过是御史，即便铁面无私，又有多大能量？”
“你不要忘了，他同醇亲王的关系可不一般。眼下王昕又是太后跟前的红人，最知道太后脾气。从他那里必能找出些办法。虽然王昕只是个五品官，可比我主意要多咧。事不宜迟，你我现在就去他的府上。”
王昕在府中接着了两个人，在书房中落坐之后，翁曾桂即把杨乃武一案遭皂保干预的事讲了，请王昕想个办法。王昕听罢，沉吟了一回道：“这事不难，只须去同醇王爷说好。我来将底本写就，醇亲王看过记下，今日申时就去面见老佛爷。不仅要讲此案中官官相护，有意瞻询的事，更要将地方官跋扈不羁，恐怕尾大不调的利害讲清，才能挽回局势。”
三个人又商议了一会儿，因怕有聚议之嫌，只让王昕一人去西城太平湖东里醇亲王府。
到了醇亲王府见了奕譞，王昕即将前情讲了，醇亲王马上让王昕动笔，立刻写了向慈禧太后劝谏的底本。也亏得王昕文思敏捷，又深谙慈禧的心理，劝谏之语写的直中要害，一针见血，其中有两句写道：“两宫垂帘，新皇登基，大臣倘有朋比之事，朝廷不无孤立之忧。”就是说两宫皇太后是女人，新皇帝是小孩，以两湖派为首的地方官这么做是不是瞧不上当今的这些中央当权者呢？其时太平军被灭不过八九年，虽经慈禧一再打压调度，在平灭太平军时发展起来的湘淮势力仍然在地方上特别是长江南北一带掌控着一定的实力，一直是慈禧的一块心病。王昕把这件普通的刑事案上升到政治的高度，娓娓劝谏，正中时弊，不由得慈禧不深加考虑。
当日下午申时三刻的时候，醇亲王奕譞来到紫禁城递了牌子请见慈禧。进到仪鸾殿东暖阁，见到慈禧，醇亲王一边叩头一边说道：“老佛爷，臣是为了杨乃武的案子而来。”
慈禧不动声色道：“我猜着十有八九也是这事。近来这些大臣奴才们怎么不想着国家大政，都一股脑的向杨乃武的案子上使劲？我都觉厌烦了，不是让刑部审决了么，人证也都问过，也开棺验了尸，还有什么可说的？”
奕譞道：“刑部审决并非不公，勘题拟奏亦无不当。不过，臣对此案还有些想法，认为此案影响之深决非普通刑案可比，尚有隐情在内不得不详加考虑。”
慈禧噢了一声，道：“你讲。”
“老佛爷，自这个案子移交刑部勘审时，臣就一直琢磨，为什么从知县、知府到巡抚、学政，十数名官员数审数决，却总不能审清这个案件呢？他们就是心存回护，结党互保，他们心里想的不是忠于朝廷，而是怎么来保护他们自己朋党派系中的官员。眼下正是新皇登基之初，对此事不能不纠正，以树朝廷的权威啊。”
慈禧点点头道：“想不到几日没见你，说话长进了，想的倒是透彻。还有什么要奏对的，一起讲出来。”
“臣方才所讲，是其一；其二，百姓虽有上控之权，但向来京控案件，能得反判者，百不得一，竟成定例。纵有冤滥，刑部虽复核原卷，终难以驳回。观当今司法之权，早已不在朝内了；其三，臣观其案，朝中三令五申，几次复审勿求实情，而这样一个案情简单的案件，却历时四年未能审清，当真是案情复杂，或审官无能么？非也，杨昌睿、胡润澜之心，尤不可问。加上这几天丁宝桢等地方大员，哓哓至辩，干扰刑部，这些地方官吏对朝廷的忠心值得怀疑。”
慈禧听罢沉默不语，过了一会儿突然抬起头道：“你说的这些话，我怎么听的和王昕是一个口气啊，这是怎么回事？”
奕譞笑道：“老佛爷圣聪高远明察秋毫，这件事情的确是臣与王昕商议过的。”遂把王昕劝谏的底本递上去。
慈禧将底本看罢，亦笑道：“奕譞一张利口，王昕一枝好笔，都甚合我的意思。看来，地方上湘淮的势力仍是过盛，也该再整顿一下了。”
二月十六日，慈禧以光绪帝的名义发下来平反谕旨：
本案主犯杨乃武与葛毕氏俱无罪开释，但葛毕氏不该攀诬杨乃武，杖责八十。
葛喻氏不该听信教唆，无事生非，姑念女流无知，杖一百，徒四年。
陈竹山病死不论。
王心培、王林、冯许氏等邻居证言不实，杖八十。
余杭仵作沈祥，将病死尸体认作服毒，检验不实，使无辜惨遭重刑，杖八十，徒二年。
何春芳为虎作伥，诱供钱宝生，出具假供状，革去其生员的功名，着回原籍训导。（何春芳此时仍然在逃。）
杨昌睿的门丁沈彩泉作为联络两头收受贿赂通关节的犯人也被带到北京，但此案中既不能提各级官吏行贿受贿之事，又不能轻易放过这个人，便在大清律例中找了一个罪名给他安上，叫做依仗长官滋事，杖一百，流三千里。
对该案中参审官吏的处罚是：
余杭县知县刘锡彤勘验不实，非刑逼供，出入人罪。发配黑龙江充军，不准收赎，遇赦不赦。
杭州知府陈鲁、浙江巡抚杨昌睿、浙江提督学政胡瑞澜均革职查办。
浙江按察使蒯贺荪已死免议。
湖州府知府锡光，绍兴府知府龚同绶、富阳县知县许加德、黄岩县知县陈宝善，宁波知府边葆诚，嘉兴知县罗子森等均降职罚俸。
还有两个参审此案的候补知县顾德恒和龚世潼，由七品降为八品。
最奇怪的是有一个刑部主事，也因资助葛喻氏旅费而受到处分。
杨乃武案终于在光绪三年（1877年）二月十六日结束了。从同治十二年（1873年）十月发案算起，前后历时三年零四个月，案中处分官吏近二十名，而参与到此案当中的官员竟达三百多人。若不是最终演变成江浙派与两湖派的政治斗争，这个案子的结果仍是很难预料。
刘锡彤充军死于途中，也算罪有应得。
杨昌睿虽然被革职，但第二年（光绪四年）就很快被重新起用，竟担任正二品闽浙总督，比从二品浙江巡抚还升了一级。杨昌睿毕竟是两湖派中举足轻重的人物，更是晚清四廷柱之一左宗棠的生死至友。他的起复也就不奇怪了。
胡瑞澜因为断案太糊涂（其实是过于精明），而且是奉旨断案，让慈禧丢了面子，根基也不是很深，被永不起复。
冒充杨乃武把兄弟吴玉琨毒死钱宝生的那个人，刑部也曾派人暗中查访，但终无线索，不了了之。
杨乃武出狱之后，与亲人相聚，又悲又喜，宛如隔世重逢。他虽然已是双踝肿烂，遍体鳞伤，但仍同杨詹氏乘车遍叩曾在此案中对他有帮助的人。但浙江京官，虽大多数人都曾插手此案，其意并不在杨乃武。既然得了便宜，不愿意再过招摇，所以很多人都是婉拒不见。
杨乃武打了三年官司用尽了家产，一贫如洗，家徒四壁，被革去的举人功名也没有恢复，更没有得到一丝一毫赔偿。就连杨乃武全家返回家乡的路费，还是靠了杨詹氏拿胡雪岩的书信找到北京阜康分号档手得到的资助。杨乃武回到家乡后，直养了一年刑伤方才痊愈。
平反这一年，杨乃武36岁。经历了三年多的牢狱之灾、各种刑罚残忍折磨以及长久的精神压力，杨乃武虽死里逃生，家人团聚，但受此打击，痛定思痛，性格大变，极怕招惹事端。由于他名声太盛，找他来写状子的人比以前更多了。杨乃武实在无法推托，家境又十分困难，希望借此得些补贴。便想出了把状子写在水牌上，别人抄好后擦除的方法；或用沙泥铺地，执棍棒在沙泥上写状词，再由别人缮抄入纸，不留笔迹，以免再遭横祸。
杨乃武养好伤后，还到上海去拜访《申报》编辑人员，对他们仗义执言表示感谢。《申报》的英国老板美查，知道他文采出众，又成了公众人物，便挽留他在《申报》担任主笔。杨乃武感恩图报，欣然从命。但只作了一个多月，就因一篇文章得罪了出使英法二国大臣郭嵩焘。郭嵩焘见报勃然大怒，一面从英国请了一位著名的律师，专程赶往上海，要与《申报》打官司；一面催责上海道要报馆交出编辑和作者。杨乃武一听如惊弓之鸟，当天便辞别《申报》逃回余杭。后来在余杭县对任何人都未提起过自己曾在《申报》任职的事，就是自己的家人也未告诉。
杨乃武祖上以种桑养蚕为业，因受官司家产荡尽，又心灰意冷绝了做功名的心，他便在亲戚朋友的帮助下赎回几亩桑地，以养蚕种桑为生，专心研究孵育蚕种。余杭盛产丝棉，行销全国。杨家本来就是世代养蚕，对育种有一定经验。过了三年，杨乃武所育蚕种名气就传开了，远近都来购买，日子也渐渐好转。杨乃武家的蚕种牌记是“风参牡丹，杨乃武记”。凡是杨家出卖的蚕种，都盖上了这个牌记。因为这种“凤参牡丹”蚕种的孵化率高、抗疫性强，所以名扬杭嘉湖平原。直到今天，该蚕种仍为业内人士所称道。
杨乃武认为自己畏刑乱供，攀咬钱宝生在先，钱宝生后来做伪证是不得已而为之。所以对钱宝生怀有愧疚之心，后来找机会还给“爱仁堂”药铺写了一副对子以表歉意。该对联上联是：名场利场，即是戏场，做得出满天富贵。下联为：寒药热药，无非良药，医不尽遍地炎凉。横批：镜花水月。
对于小白菜诬攀他，杨乃武多次对家人道：“毕秀姑屈打成招，逼于酷刑，不能怪她。”据有关人士考证，杨乃武曾到小白菜出家的“准提庵”去过一次，双方深感内疚。多年后，小白菜用黄表纸留下一段由她口述、妙真执笔的遗言，声明“杨二爷蒙受天大不白之冤”，“均我所害”，“二爷之恩，今生今世无法报答，只有来生再报。我与二爷之间绝无半点私情，纯属清白。后人如有怀疑，可凭此字条作证”。
杨乃武就是这样安静地度过了自己的后半生。直到民国三年（1914年），杨乃武后颈部患疮疽之症，医治无效去世，终年七十四虚岁。葬于余杭镇西门白虎山新庙前。据说杨乃武生前钻研阴阳术，墓地是他自己选定的。
小白菜受到杖八十的处分，拖着刑伤之躯，凄凄惨惨返回余杭。
小白菜丧夫无子，又与婆婆成了仇人，杨家也不可能收留她，娘家则早已搬走不知去向，在原籍可谓连一个立足的地方都没有。又看破红尘不愿再嫁，只好在余杭县南门外石门塘准提庵出家为尼，法名慧定。庵里没有香火，以养猪、养鸡勉强过活。从此便在青灯古佛旁、晨钟暮鼓中了却残生。
小白菜对着青灯黄卷又度过了五十三年，民国二十九年（1930年），小白菜圆寂，终年八十二虚岁。她的墓塔建在余杭县东门外的文昌阁旁。为了表白自己的清白和坦然，按照她的遗愿，墓址选在运河的河岸路旁。小白菜的灵塔后来一直是当地的一个人文景地，亦是文人墨客的凭吊感怀之处。
清末秀才董季麟有诗云：
自幼持斋愿守贞，此身本不恋红尘。冤缘强合皆前定，奇祸横加几莫伸。纵幸拨云重见日，计经万苦与千辛。略将往事心头溯，静坐蒲团对碧筠。
清末举人郎薇荪有诗云：
顶礼空皇了此身，哓哓悔作不平鸣。奇冤几许终昭雪，积恨全消免覆盆。泾渭从来原有别，是非谁谓竟无凭。老尼自此真离脱，白水汤汤永结盟。
后有好事者将这两首七律镌在塔柱上。
1966年文昌阁建造船闸，又值文化大革命，小白菜墓遂被拆除。1985年，当地政府又仿旧墓迁建于安乐山至今，成了今天的一个旅游景点。塔碑上刻有“传临济正宗第四十三世准提堂上圆寂先师慧定之墓”。
当地还为杨乃武的案子修了一个资料陈列馆，叫做“杨案资料陈列馆”，现在余杭镇西郊上湖村的“小西湖”内。
