锦鲤的斑纹就像人类的胎记，是早在个体的胚胎发育时期，有色素的表皮细胞增殖形成的颜色状版块。在锦鲤发育早期，带有不同颜色色素的细胞同步分裂、彼此挤压，最终以相互嵌合的形式共存，形成各种形态各异的斑块或纹路。
与胎记一样，虽然这些斑块或纹路的颜色是基因和品种决定的，但它们的大小、走势及形态结构却绝非人为控制的。
而除了纯色锦鲤外，每个多色锦鲤的斑纹都是独特的，恰好充分满足了人们根据自己的审美、偏好挑选有"眼缘"的锦鲤的要求。
在共有审美观和市场竞争的双重作用下，业内已经形成了一套根据锦鲤斑纹进行分类、命名，并加以规范的全新标准，如常见的有以下几种：
红白：白底上有红色斑纹的锦鲤。是锦鲤中最具代表性的品种之一，与大正三色和昭和三色一起被称为"御三家"。
大正三色：在红白的基础上多了一种墨色的锦鲤，因是在日本大正年间培育出的品种，故称为大正三色。
昭和三色：在日本昭和年间培育出的含有红、黑、白三种颜色的锦鲤，与大正三色主要的区别在于昭和头部仅有黑斑，大正头部仅有红斑。
御三家锦鲤
写：以黑色为基底，身负大片斑块的锦鲤，根据颜色不同可称为白写、黄写和绯写；
写鲤
别甲：黑色区域明显少于其他颜色，变为旁色黑色斑的锦鲤，根据颜色不同可称为赤别甲、白别甲和黄别甲；
别甲鲤
秋翠：背部有一条紧密排列的鳞片，其他地方没有鳞片的锦鲤，根据颜色不同可称为黄秋翠、珍珠秋翠和花秋翠（黑鳞蓝背）、绯秋翠（黑鳞红背）；
