在新片中，矩阵世界经过了几十年的更新进化，而锡安也变成了更先进更宜居的“IO世界”。
05 墨菲斯
矩阵中觉醒的人组成了反抗军，舰长墨菲斯是反抗军的精神领袖，他更早意识到了矩阵世界的真相。
他负责扩招队伍，去虚拟世界里把那些思想还没觉醒，但是有潜质的人挖出来。
在第一部中，舰长墨菲斯派出了队员，找到了男主角尼奥，尼奥的身份十分特殊，他是“真正的”救世主。
墨菲斯和女主角崔妮蒂接触过一个叫“先知”的程序，在现实中“先知”是位老太太。
她预言墨菲斯会找到救世主，崔妮蒂会和救世主相爱，这些预言都逐一成真。
06 红蓝药丸
男主角尼奥被墨菲斯从矩阵中解救出来，面临着红蓝药丸两种选择。
这也是《黑客帝国》最著名的设定之一：吞下蓝色药丸可以重新回到矩阵世界忘记眼前的一切真实，吞下红色药丸可以进入真实的世界。
