消息传到美国后，美国政府毫无表示，以色列政府则“猫哭耗子”，总理艾希科尔、国防部长摩西.达扬等人跑到美国驻以色列大使馆，就这次“误伤”进行道歉。
以色列顺便诉苦，说战前已经提醒所有船只离开交战区域，没想到美国自己的队伍却不听话，这才闹出乌龙。
美国方面，林登.约翰逊可谓捏了一把汗，如果是苏联偷袭，那免不了要来一次局部战争，甚至可能演变成世界战争。
哪怕是阿拉伯国家偷袭，这事儿都不好办，因为美国可能不得不被卷入战争，造成不可估量的后果。
但现在是梦游的以色列军队“误伤”，那事情就好办了，美国、以色列自己人关起门来处理，可以将事件的影响化到最小。
“美军士兵34人死亡，170多人受伤，其中部分因伤致残”，这可不是件小事。
白宫为此忙得焦头烂额，本来在中东布置的情报任务全部搁置，第六舰队枕戈待旦，防止类似的事情发生，也防止以色列再搞大新闻。
林登.约翰逊哪怕想息事宁人，但手下也不答应——情报部门、国安部门、美国海军都要严惩肇事者。这么多人命，这么多伤员，足以引起体制内的抗议。
这些部门，要以色列政府对当天施暴的飞行员和水兵问责。
这一要求很快传达到了特拉维夫，以色列政府也很为难，因为当时还在打仗，无论出于什么目的去惩罚军人，都是有损士气的。
所以，以色列政府开始找美国犹太商人求情，希望他们动用资源游说约翰逊政府，把这件事“冷处理”。
事件发生半个多月后，美国军方给白宫提交了调查报告，厚达上千页。
随后白宫宣布：“自由号”误伤案件调查完成，此事完全是以色列误判导致的误会，以色列对伤亡水兵和损坏船只进行赔偿，此外不再另做追究。
以色列方面拿出方案，给死亡士兵30多人赔偿330万美金，给170多名受伤士兵赔偿350多万美金。
另外，以色列还给美国政府赔偿760万美金，这是赔偿几乎被完全损毁的“自由号”，毕竟该船搭载了先进的间谍仪器，价值不菲。
赔偿方案出炉后，海军挺满意，后来海军还给“自由号”船长威廉申请了“国会勋章”。约翰逊总统也接受提议，希望以此堵上海军的口，让军方别再追究。
至于其他的幸存士兵，他们大都在事件后各奔东西，退役的退役，少数技术人员转到其他地区继续服役。
媒体方面，该事件爆发时正是第三次中东战争高潮，以色列酣畅大胜，美国媒体都在报道以色列军队的神勇表现。
唯有美联社，在报纸第二版上写着“美国自由号科考船因以军误炸受伤”，可大部分美国人都没关注到这个信息。
1967年7月，中东战争打完，在欧洲的美国记者才大量传来消息，称以色列蓄意进攻一艘美国船只，哪怕这艘船打出了美国国旗，最后导致几十名水兵丧命。
随后，好事媒体在白宫记者会上狂轰乱炸，军方则三缄其口，也悄悄下令“自由号”水兵不得随便接受采访。
但是总有人要说话，要为伤亡战友讨回公道。
