据张仲景自己说：“我只是个普通人，不用刻意挑什么墓地。南阳老家生养了我，我一辈子不会忘记。等我去世以后，你们就抬着我的棺材回河南，走到哪里抬棺材的绳子断了，就把我安葬哪里就行了。”结果因为当时特殊的社会环境，政局不稳，张仲景病逝后的遗体实际上并没有马上送回南阳老家。那么，张仲景究竟是病逝在哪里？并没有文字记载，因此一直成谜。直到公元285年，晋武帝司马炎统一天下，才下令将张仲景的遗体运回故乡南阳安葬，并在南阳温凉河畔修建了张仲景墓，以示纪念。
明嘉靖二十五年（1546年），由明藩王朱宇温（朱元璋五世孙）倡导，在原张仲景墓旁兴建了医圣祠。明崇祯五年（1632年），当时南阳有个豪绅修建庄园，园丁在掘井时挖出一通墓碑，碑的正面刻“汉长沙太守医圣张仲景之墓 晋咸和五年（330年）立”。而此时张仲景已经离世111年，回南阳安葬已整整45年。清顺治十三年（1656年），仲景墓又修建了享殿、过殿、厢房各三间。后清朝各代均有修缮。1929年军阀石友三驻防南阳时，祠内建筑遭到严重破坏。1935年，以章太炎、陈立夫、焦易堂为首的99位当时中国文化界、中医界名人联合发起倡议，医圣祠墓得到恢复。解放后，党和国家非常重视祖国医学文化遗产和文物保护工作，不仅多次拨款对其进行修葺，而且一直给予不间断的全面维护。1959年郭沫若于汉阙大门题写“医圣祠”。从此医圣祠被列入国家文物保护单位。
南阳医圣祠现存墓冢坐北朝南，为方形仿汉砖石结构，墓基为青石砌成，基上由汉砖砌成阶梯形，最顶放一青石雕莲花台，墓四角各嵌入一青石雕羊头。墓后为正殿塑医圣像，配祀药王孙思邈和神医华佗。并修建了过殿、正殿、东西偏殿、内经楼、灵枢阁、素问馆、医圣井、梅花轩、荷花池、医林会馆等建筑。
张仲景我国历史上最杰出的医学家之一，他为我国的中医药发展做出了重要的贡献，也促进了中西医学的融合发展，在世界各地影响巨大。他创作的传世巨著《伤寒杂病论》，确立的辨证论治原则，是中医临床的基本原则，是中医的灵魂所在。后人研究他的医理，敬仰他的医术和医德，称他为“医圣”。并在南阳修建了中医祖庭——“医圣祠”，以纪念这位奠定中国中医治疗学基础的伟大医学家。
