在《清水里的刀子》中，主人公实际上是在三件关于灵的问题上，不断的盘桓和犹豫。
故事一开始，主人公的老伴去世了，主人公于是要面临第一个关于灵的问题——对于逝者的问题。
一双小花鞋，让主人公心中充满了对于老伴的歉疚和愧意。起初，主人公并没有下定决心，去宰*那头老牛，来应对老伴的祭日。尽管儿子也说，牛是大牲，用大牲祭祀对亡人好。老人迟迟下不了决心。
一个别人说来的故事，让主人公心里充满了歉疚。生前，老伴看上了一双六块钱的小花鞋，但是一向节俭的老伴，身上只有一块钱。只能向一个远亲借了五块钱。但是，小花鞋没舍得穿，老伴就去世了。
面对逝者，主人公如何安抚自己的歉疚。尽管牛是大牲，用来祭祀随亡人好。但是，这样唯一的仅剩的能不能弥补主人公对于逝者的歉意？
主人公面对的第二个关于灵的问题——对于牲畜的灵魂
在决定宰*老牛以后，主人公愈发对牛好起来。先是“这牛娃子没少挨我的打”的歉意。再到给牛拎来最干净的水，把牛放到野外，让它吃最嫩的苜蓿，在牛圈里垫上干土，以及在夜里，陪牛在圈里坐一宿。
在得知牛能看见清水里的刀子以后，老人又高兴又害怕，同时有有了有时候人不如牛的感慨和困惑。
老人需要面对的第二个问题，牛的灵与自己的灵相比，为何那么高贵？
第三个问题，实际上也是最宏大最根本的问题，如何安放自己和生者的灵魂。
电影里面有很多祷告仪式，正如这种仪式，这种寄托来自于宗教，是有些遥远的指引。在问阿訇“牛为啥不吃不喝”时，阿訇的回答实际上并不能解决主人公心里的疑问。因而，宗教在本片里更像一种仪式，并不能彻底解开人的生之疑惑。例如，牛比人高贵，而人的灵魂怎么样才能高贵呢？
