后来在一个叫先知程序的建议下，才出现了第3个版本的矩阵，也就是几部电影故事发生的那个第3代矩阵。
第3代矩阵加入了一个概念，让人们有选择的机会，也就是说不在意识层面去完全压制人类，而让人类自己对某些事物，有了一定的选择权，那怕选择的意识很模糊也要给他们选择的机会。
这样的改动使得在测试的群体当中，有99%的人可以接受三代矩阵，只有1%的人是排斥的。
而那1%排斥矩阵的人，就是使得矩阵不稳定崩溃的因素，为了把这些因素从矩阵当中清理出来，机器想了一个办法，特意创造一个地下城市锡安，把排斥矩阵的人安置在那里。
真实世界锡安
随着三代矩阵一个周期的运行越久，就会有越来越多的排斥者出现，他们都被解救出来去了锡安。
而当锡安的人口越来越多，到达一定数量的时候（这个数量可能就是电影当中说的25万人），机器就会感受到威胁，认为太多的人聚集起来会反过来攻打机器，它们会优先对锡安下手。
所以机器每一次攻打锡安，实际上就是一次批量的清理对系统造成不稳定的人类。
清理完了之后，机器又会给人类机会重建锡安，这就相当于在某一个矩阵运行的周期之内，人类和机器会达到一种动态的平衡，从而实现共存。
再来了解一下矩阵其它方面的一些非常重要的程序
矩阵当中的程序有不计其数，每一个程序的存在都有其目的和意义，没有目的的程序机器是不允许存存在于矩阵之内的，这里我就来和大家解析一下，电影当中登场的一些主要程序。
