南疆地区上年纪的人们都还记得，每逢巴扎天(即星期日)，维吾尔族老乡把大头鱼破膛去杂，像卖牛羊肉那样挂在架子上，一角钱割一块，撒上调料在火上烤着吃，那真是新疆的一特色小吃。再加上其肉嫩如豆腐，其汤鲜如牛奶，鱼头比例也大，丰腴可口，富有脂肪，是新疆南部一带民间的传统滋补品。
令人遗憾的是，由于自然环境及人为因素的影响，许多土著鱼类正濒临灭绝。
其亡也忽焉。"新疆大头鱼首先从干涸了的罗布泊消失，然后在它的主要栖息地博斯腾湖踪迹全无。新疆大头鱼的命运，只是新疆土著鱼类命运的一个缩影。据悉，目前新疆共有14种土著鱼类濒临灭绝。
1、水利设施的修建对土著鱼类的影响最大。造成大头鱼在过去的40多年里迅速衰亡的根本原因在于：众多的河闸、大坝、水库、扬水站等水利设施的大规模建设，新疆大头鱼有朔流至上游产卵的习性，拦河大坝破坏了鱼的习性，造成鱼类拒绝产卵。
2、捕捞过度更是使得它们的日子雪上加霜。一些非法捕捞者不仅在禁渔期捕鱼，有的甚至用炸鱼、毒鱼的灭绝性方法捕鱼。
3、外来鱼种的入侵也挤压着土著鱼的生存空间。自从池沼公鱼91年年落户博斯腾湖后，其产量呈逐年上升趋势，而过去身为博斯腾湖主要鱼种的五道黑的数量却随之急剧减少。
专家呼吁：保护种群数量锐减的土著鱼类已刻不容缓。
新疆大头鱼已很少能看见它们的踪迹，只有在渭干河及位于其中游的克孜水库还有少量的残留个体。在钓鱼论坛上看到过两次，有钓友钓到过新疆大头鱼，大概是人工放生的。
目前大头鱼的繁育完全依赖于人工，它的野生繁殖条件已经达不到了。所幸的是，2000年，在农业部、自治区水产局的大力支持和帮助下，阿克苏设立了新疆大头鱼原种场，专门从事大头鱼的人工繁育。其人工繁殖技术已较为成熟，有大量鱼苗被放流，对其种群数量的增加起到了一定作用。
