原本这种操作没有什么问题，斯洛伐克人也极为享受来自大哥的关怀，可是慢慢的矛盾就凸显了出来。
斯洛伐克的政治精英们在反思：捷克斯洛伐克这个国家，捷克人在经济和文化上占主导地位，捷克地区的经济发达，捷克人口是我们的两倍，我们斯洛伐克人需要拥有更多的自治权，需要更多的发展空间，需要权力下放，以便捷克人管理捷克土地，斯洛伐克人管理斯洛伐克土地。
这些斯洛伐克的政治精英们认为自己的命运是由布拉格（捷克斯洛伐克联邦首都）的官僚们决定的，他们瞧不起欠发达的斯洛伐克“小兄弟”一些斯洛伐克的要求——例如修改国家名称：
为什么国名不能是“捷克和斯洛伐克联邦共和国”？不能是“捷克-斯洛伐克联邦共和国”？为什么不能是“斯洛伐克-捷克共和国”？还是“斯洛伐克共和国”？还是“斯洛伐克和捷克联邦共和国”？等等。
对于斯洛伐克人这些小九九，捷克人自然愤愤不平。
捷克人想：本来我富你穷，我们一起建立国家成为一家人，就成天接济你们。结果你们倒好，不仅不知道感恩反而还想要更多的权利，这明显是白眼狼的操作。
隔阂一旦产生，想要弥合就很困难。
于是双方在权利和经济的争执越来越严重。
1989年，东欧在西方世界的和平演变下突然爆发剧变。原本社会主义国家阵营开始分崩离析。身处其中的捷克斯洛伐克同样深受这股风气的影响。捷克和斯洛伐克的精英们的小算盘开始打的更响了。
分家的呼声在政治精英的撩拨下越来越强烈。
1992年，公民民主党在捷克土地上获胜；争取民主斯洛伐克运动在斯洛伐克获得权力。分歧开始扩大，接近年底，两国没有公投，起草了允许两个共和国分道扬镳的协议。
