林肯主张限制奴隶制的发展，他上台后，对美国南部以蓄奴和奉行奴隶种植园为主的地主阶级造成了严重威胁。
1861年2月，美国南部几个州欲发动叛乱，成立了“美利坚联盟国”（又称“联邦”），与北方的联邦合众国形成对立。
4月，南方军队挑起战争，“南北战争”爆发（即美国内战），这也是美国历史上唯一一次内战。
而所谓的“联邦旗”正是当时南部联盟军队作战时使用的军旗。
长达4年的内战，最终以南方覆灭而结束。
虽然南方战败，但是美国政府却并没有完全禁止联邦旗帜的使用，甚至还允许南部各州继续以“联邦旗”对战时的南部将领进行纪念。
二战中，来自美国南部地区的白人士兵，会在攻陷的土地上再次插上代表美国南部的“邦联旗”。在朝鲜战争中，“邦联旗”也随处可见。
不仅如此，邦联旗还走进了美国军事基地，尤其是南部各州，邦联旗不仅挂在千家万户普通人家里，甚至州政府门前，这面旗帜还与美国国旗一起高高升起，迎风飘扬。
南卡罗莱纳州议会外升起的邦联“国旗”
对于南方白人来说，这面旗帜代表着曾经的“荣光”，也是对北方的“不屈服”。而在黑人群体看来，这面旗帜是屈辱，更是种族歧视的典型标志。
然而，随着一些白人至上主义者的“作妖”，联邦旗的出现不断加剧着美国的种族矛盾。
2015年6月17日，21岁的白人至上主义者迪兰·鲁夫（Dylann Roof）在南卡罗来纳州查尔斯顿市一座教堂射*了9名非裔美国人。
随后，他还在个人网站上贴出了自己手持邦联旗的照片，引发众怒。
