到明太祖朱元璋上台后，在洪武元年，改靖江路为桂林府，治下的古县改为古田县。到成化十三年（公元1477年），巡抚朱英，知县陈达把县治迁到百寿岩对面，即现在永宁州古城所在地，当然，这时候还是叫古田县城。
古田县城初立，即建土城，土城周长三百丈，高一丈五尺，厚六尺，几年后，又改成石城。不过也就这个时候，这片区域的发生了一个重要的历史事件。从而改变了古田石城的命运。
明代宗景泰年间，从贵州迁来的少数民族在此慢慢崛起，到成化年时，该族韦朝威，覃成贤起兵，一举攻下古田城，由此，韦氏几代人占据经营古田县长达八十年。此间，明朝廷数次进兵剿围攻，但都是互有胜负，收复不了。
直到明隆庆四年（公元1570年），朝廷令江西按察史殷正茂“以都御史受节铖”，领十四万兵马围攻古田韦银豹，激战之后，隆庆五年，古田县城重归明王朝统治。
殷正茂在领兵平定古田期间，发现区域体制内的政令，军令实行不方便，有阻碍，存在诸多问题，于是，上书朝廷，申请把古田县升级为州，直隶州，最后获得了批准。
也因为此地乱了数十年，官府付出很大代价才得到了安定，安宁，出于一种愿望，是重新取州名为永宁。永宁州建制的第二年，也就是隆庆六年，把原来的古田石城进行第一次扩建，成为了永宁州城，州城往西拓二十五丈，立四门，东为东兴门，南为镇宁门，西为安定门，北为迎恩门。
到万历三年，巡抚郭应，州牧郑犹隘又往北拓三十丈，由此，永宁州城周长五百二十三丈，几乎比原土城时的多了一倍，城墙高一丈九尺，厚八尺，城头垛口六百三十七个，窝铺十二个，敌楼四座，兵马司四处。这也是如今看到的永宁州古城的早初的样子了。
永宁州，古有“桂府称屏障，西行第一州”的说法，永宁州古城，也是现在广西境内为数不多保存比较完整的古城之一。
永宁州城自开建到今，历经了众多自然风雨，人为灾难。据载，清康熙八年十二月到九年五月，永宁州霪雨绵绵就没有停过，导致城北墙崩数十丈；刚修好没两年，康熙十一年，事更多了，先是南北敌楼被烧，后东西墙又因雨各塌数十丈。之后就是多次加固，重修，加固，重修，方保得一城之完整 。
到民国时期，那永宁州城也是备受兵火考验，乱世土匪霸城，日寇入侵占踞，国军溃败困守，大建设时期的拆建之风，幸好每一次古城都挺过来了，没有受到太大的伤害，今天的我们才得以经一睹永宁州古城风韵。
永宁州初建，是直隶州，等级比县高一级，此时，除了永宁州本部，直辖永宁州还管理着永福，义宁二县，（义宁县历史可以点击此链接《广西解放后被撤并的县（六）——桂林·义宁县的行政区域历史》）这算是永宁州行政上的最为高光的时刻的了。
永宁州本部按清代的都里行政划分，区域内分四厢十里，里以下设32团，团以下编户117甲，共六百余个村庄。当然，按当时实行的区划制度的“都里团甲村”划分，讲起来还是很复杂的，也就不一一细说了。
厢就是指县城内了，城外有上四里下六里的说法，这分法看似简单，但管理机构却是不一样，上四里为吏目管辖（吏目，州之属官，掌刑狱及官属事务，类似现在市政府副处级干部）：下六里为巡检管辖（巡检，掌地方治安之官，类似现在县公安局副局长，分管治安工作）。
上四里，即：长安里，新兴里，新安里，吉良里；
下六里，即：崇良里，仁良里，永盈里，永安里，安和里，安宁里。
