1998年9月，21岁的里昂自愿来浣熊市就职警察，等他到达浣熊市时发现到处是僵尸。晚上里昂在加油站救下克莱尔（克里斯的妹妹，克里斯因为调查保护伞公司而失联，克莱尔打算前往浣熊市寻找哥哥）。由于油罐车爆炸导致里昂和克莱尔被迫分开各自寻路，约定到警察局碰面。克莱尔到警局后查询了办公司文件发现克里斯早已离开浣熊市，刚好对过来的里昂说明自己打算离开浣熊市（又兵分两路），在老警长马文的帮助下克莱尔逃进警局下水道并遇到了十岁的雪莉，在路上雪莉被警局局长挟持带走，通过线索克莱尔打算去孤儿院救出雪莉，与此同时化身为生化怪物的威廉也来到了孤儿院，并且对雪莉注射了G病毒，经过一场恶战克莱尔找到了解药给雪莉并且打败威廉一起离开了浣熊市。
与克莱尔见面后的里昂也打算离开浣熊市，在逃离过程当中被艾达王救下（艾达王谎称自己是FBI为了拿到病毒样本防止再次爆发丧尸危机，单纯的里昂相信了她），两人一起前往位于浣熊市保护伞公司的地下研究院，经过各种困难里昂和艾达王不仅拿到了病毒而且成功逃离。
1998年9月与《生化危机2》同一时间线也在浣熊市发的故事，原本计划三天之后离开的吉尔在家中被追击者（新型暴君）破墙而入受了轻伤，但还是逃出了公寓，吉尔也发现整个浣熊市全是丧尸，在追击者的追*下被UBCS成员卡洛斯救下，并且他们（UBCS幸存队员和吉尔）打算利用地铁拯救最后一批幸存者市民一起离开浣熊市。众人历经各种困难成功打了备用电箱使地铁正常运行，就当地铁准备发动时被追击者攻击，全车除吉尔和卡洛斯以外的所有平民无人生还。没办法吉尔和卡洛斯需要另寻出路离开浣熊市，在过程中两人合力打败了追击者成功逃离浣熊市。
