接种密度是影响微藻的生长和增殖的重要条件，且同样影响着养殖尾水N、P的去除效率。
在一定的范围内，较高密度的藻细胞可以加速氮、磷的去除，然而，当密度过高时导致光合作用效率降低，从而影响其对N、P的吸收利用。
商洪国等在对比钝顶螺旋藻(Spirulina platensis)不同藻种浓度下对氮、磷的去除效能时得出，总氮、总磷的去除速率随着藻种接种浓度的增加呈先升后降的趋势。
而张继平等在利用小球藻Chlorella sp.去除南美白对虾养殖水体中亚硝酸盐氮的研究中发现，当水体中小球藻的接种密度超过2.0×104 cells·mL-1时，亚硝酸盐氮的去除效果无明显提高。
微藻和细菌共存于水体中，有着密切的关系，共同影响彼此的生理和新陈代谢。
细菌可通过降解水体中的有机物，为浮游植物提供无机氮、磷，微藻则通过光合作用及胞外产物为细菌的繁殖提供营养物质。
微藻和细菌共生，相互协同促进、拮抗竞争，维持着水生态系统的稳定与平衡。
近年来，利用微藻和细菌相互作用以净化水质广受学者关注。
微藻通过光合作用分泌胞外产物可为细菌的繁殖提供营养物质，促进细菌的生长与代谢。
光合作用增加水体溶解氧含量，增加了好氧菌的代谢活动，在去除水体中氮、磷等营养盐的同时，加强了细菌对有机物和死亡藻细胞的氧化分解以及矿化作用。
沈南南等在凡纳滨对虾养殖水体中加入了小球藻和芽孢杆菌以调控水质，实验发现微藻能促进芽孢杆菌的繁殖，进而改善了池塘的水质，不仅如此，微藻通过促进益生菌的繁殖实现了对病原菌的抑制。
细菌以有机酸、氨基酸、氨和糖类等有机物和硫化氢等作为供养体，能把动、植物残体、饲料和粪便中复杂的有机物，分解成简单的无机物，释放在环境中，供微藻直接吸收利用，还可分泌维生素B12等产物，促进藻细胞的繁殖与生长，通过呼吸作用释放的CO2又能被微藻直接利用，使微藻以光营养的方式生长。
此外，细菌与微藻共同竞争营养，减少水体富营养化发生。
GOSWAMI， et al认为，细菌可以加快微藻生长和絮凝，使废水中的营养物去除效率增加。
LIU Lu， et al将小球藻和酵母菌共同培养，在细菌的作用下，小球藻的生长速率明显提高。
