微藻对细菌的抑制作用可以分为直接抑制和间接抑制，直接抑制是指藻类分泌抗生素类物质抑制或*死细菌，间接抑制则是通过促进某类细菌繁殖，而该细菌又抑制另一些细菌的繁殖。
细菌对藻类则通过资源性竞争和细菌胞外产物实现抑制，当共存水体中的磷酸盐浓度低时，细菌会竞争性的吸收利用磷酸盐，一些细菌会产生溶藻物质抑制微藻的生长，导致藻细胞死亡。
杨立平在实验中发现，扁藻、鞭金藻、三角褐脂藻等对鳗弧菌及假单胞菌有着明显的抑制作用。
郑莲等研究了波吉卵囊藻和微绿球藻对凡纳滨对虾养殖水体中细菌的影响，结果表明微藻能有效抑制弧菌等致病菌的生长，增强了对虾的抗病力。
除此之外，一些细菌可产生化学毒素释放于水体中，抑制或*死微藻，如蛭弧菌、芽孢杆菌、假单胞菌等。
肖伟等探究了不同细菌对小球藻生长及脱氮除磷效果的影响，发现枯草芽孢杆菌对小球藻生长有抑制作用。
在水产养殖中利用细菌和微藻的协同作用以实现净化养殖水环境和处理养殖废水的应用已十分普遍，水体中的细菌和微藻，处在共生状态，协同作用吸收氮磷等营养盐和降解有机质，净化养殖水质或处理养殖废水，为水产养殖动物生长提供适宜的生态环境。
陈海敏等研究了光合细菌和小球藻联合对工厂化甲鱼养殖废水的处理效果，发现两者协同使用能有效地降低养殖水体中的氮、磷含量，且对氨氮及总氮的去除效果最佳。
HE， et al比较了小球藻-细菌联合和单独微藻在处理污水中的效果，发现藻菌共培养系统的污水处理效率更高。
STOCKENREITER， et al将15个藻类菌株混合培养后用于处理废水，结果表明营养盐的去除率达96%以上。
严清等对菌藻共固定化系统的净水能力进行了研究，菌藻共固定化对NH4 -N和PO43--P的去除效果优于单项处理。
除了可以降解水中的营养盐外，菌藻结合还能促进有益菌的繁殖，抑制病原菌，减少病害的发生；同时，还能有效地减少蓝藻等有害藻类的生长，形成良好的藻相，为水产动物提供天然饵料。
微藻和细菌之间的作用复杂，需考虑两者群落结构、环境因素带来的影响，使其在水体中发挥最大的效用。
由此可见，在水产养殖中采用优良藻种与有益菌结合进行生态调控，选择合适的种类、数量配比以降解氮、磷等营养盐，对净化水质、改善水生态环境有着重要的作用。
