利用微藻净化水质、缓解水体富营养化和调节水体的生态环境，对水产行业的可持续发展有着重要意义。
尽管微藻在水质净化处理中具有诸多优势，但仍存在一些问题，急需解决。
在净化水质中，微藻种类的筛选尤为重要。
不同的藻种的叶绿素a含量、生长特性、抗逆性能及去除水体中氮、磷等营养盐的效果不同，因此，选择优势藻种对水产养殖水质调控和净化非常重要。
在实际应用中，要根据养殖环境和生物种类的复杂性，结合养殖尾水中氮、磷营养盐组成、处理周期、光照、温度等情况，筛选适合的微藻种类及培养方式、设计相应的组合及配比，发挥其最大的效用，以此提高其净化水质能力。
在水产养殖中，利用微藻和细菌的协同作用可以提高净化水质的效果。
然而，在实际的应用中，微藻和细菌之间的关系会随季节、温度等因素而变动，微生物环境的复杂性为菌藻共生带来了挑战。
有些微藻对环境变化敏感，虽然具有改善水质的功能，但不能适应养殖池塘水质环境的变化，首先是营养物质缺乏时，不足以维持微藻的正常增殖，无法发挥微藻的生态作用，其次，由于养殖水体中污泥或悬浮颗粒长期的积累使光照受到干扰，导致微藻细胞的光合效率低，微藻净化效果降低。
因此，在不同养殖阶段，根据水产养殖品种和水质特征，筛选生长速率快、去除效率高、净化能力强、优质适宜的微藻品种及其具有共生协同作用的益生菌菌株，优化菌藻配比，设定不同的菌藻投放策略，以此最大限度地发挥两者间的协同作用，构建稳定的菌藻共生系统。
高效脱氮除磷的关键是促进微藻快速生长。
目前，对影响微藻生长及去除氮磷能力的环境因素研究中，主要集中在一个或几个因素上，缺乏综合性的认识。
未来研究中应重点关注不同环境因素的交互作用，合理地调节培养条件，并开发相应的处理工艺和设施，如微藻固定化尾水处理工艺，提升微藻在养殖废水中的利用效率。
因此，要积极开发基于微藻产品的养殖生态系统调控技术，创制新工艺，研发操作简单、运行成本低、单位水体处理能力高的水质净化专用设施。
利用微藻进行养殖水体水质净化时，为避免藻细胞的老化、死亡对水体的二次污染，需要及时对水体中微藻进行采收和分离。
现有的微藻采收技术主要是高速离心方法，该方法存在能耗高和处理量不足的缺陷，不适于大水体、低密度藻细胞的批量分离。
因此，开发简单易操作、可大规模应用、无污染、低成本的微藻采收技术，如利用微藻细胞具有较强的负电荷的特性，开发生物絮凝的方法建立藻细胞富集、分离和去除工艺，构建微藻净化养殖水质的全工艺链条，实现水质调控和初级生产力获取的耦合，是发展水产绿色清洁养殖的必要途径。
