维多利亚湖水从北岸流出，形成欧文瀑布。此后河名为维多利亚尼罗河，穿行在乌干达境内，向北偏西方流经基奥加湖、夸尼亚湖，又继续西流，注入艾伯特湖。出艾伯特湖后河名为艾伯特尼罗河，向北流入南苏丹边境尼穆莱，结束了尼罗河上游的行程，全长1716公里。上游段水量丰富，又有湖泊调节，水量稳定，季节性变化较小。
从尼穆莱开始，该河段名杰贝勒河，穿行于宽阔的苏丹冲积平原，地势平坦，沼泽密布，因蒸发强烈，水量损失大半。在南苏丹北部，此时尼罗河几乎成为涓涓细流，幸好左侧有尼罗河流域面积最大的支流加扎勒河汇入。加扎勒河主源为朱尔河，发源于南苏丹南部边境，全长716公里，流域面积52万平方公里，较大支流还有洛尔河、阿拉伯河等。该流域以阿拉伯河为界，南部为苏德湿地，主要支流均位于此，而北部则是科尔多凡高原，属撒哈拉沙漠边缘，基本都是干河。有加扎勒河的汇入，尼罗河折向东流，至马拉卡勒附近接纳支流索巴特河后，始名白尼罗河。
