有了索巴特河的汇入，白尼罗河水量增加，一路向北，区间无较大支流，直到苏丹首都喀土穆，与尼罗河的另一主要支流青尼罗河汇合，结束其中游行程，全长1930公里。
青尼罗河是尼罗河流量最大的支流，上游称阿巴伊河，发源于埃塞俄比亚高原西北部的塔纳湖，汇入塔纳湖的最大最长河流名为小阿巴伊河，出湖后称阿巴伊河，入苏丹境内称青尼罗河，在喀土穆与白尼罗河汇合，全长1700公里，流域面积32.5万平方公里。青尼罗河提供了尼罗河全年总水量的58%。
尼罗河自喀土穆以下为下游，至入海口河长3025公里。下游河段流经干旱的热带沙漠区，在阿特巴拉附近接纳最后一条支流阿特巴拉河，出现全河最大流量值。此后再无支流汇入，成为一条最孤独的河流，流淌在沙漠中，降水稀少，水量因蒸发、渗漏、灌溉等一路减少。在埃及境内阿斯旺城附近建立了阿斯旺高坝，形成巨大的纳赛尔水库。阿斯旺附近的年均流量为2639立方米每秒。阿斯旺以下是狭长的河谷平原，至开罗以下形成面积约2.4万平方公里的河口三角洲。尼罗河下游河谷及三角洲是世界古文明发祥地之一，也是当今埃及人口最集中，经济最发达的地区。在世界灯光地图中，尼罗河下游轮廓清晰可见。
