（1）培养料配方
配方一：棉籽壳90%，麸皮8%，蔗糖1%，石膏1%。
配方二：木屑78%，麸皮20%，石膏1%，蔗糖1%。
配方三：玉米芯粉79%，麸皮20%，石膏1%。
配方四：甘蔗渣84%，麸皮（米糠）15%，石膏1%。
配方五：豆秸秆粉88%，麸皮10%，石膏1%，蔗糖1%。
配方六：稻草糠30%，棉籽壳60%，麸皮8%，石膏1%，蔗糖1%。
上述材料中，麦麸可以用米糠来代替。黑木耳在上述：培养料中，以棉籽壳、锯木屑栽培的产量最高，但要根据当地的资源状况，来选择培养料。作为代料栽培，原料必须新鲜，无霉变。
培养料加水后，要拌匀，堆闷2小时，让其水分浸润湿透，不能混杂有干料，以免影响灭菌效果。
黑木耳的培养料还可以通过发酵处理，来减少杂菌的污染。拌好培养料后，堆积发酵待温度上升到60℃后，再翻堆发酵一次，使培养料发酵均匀，然后待温度下降至56℃时，再加适当的蔗糖和石灰，并调节水分和pH值，立即装袋灭菌。
装袋一般选用扁径17厘米的塑料袋，栽成17厘米X33厘米，一端封口。袋的厚度不小于0.04厘米。塑料袋不宜选用聚丙烯袋，其原因是韧性差，易破损。聚乙烯袋在低温时不易破损，质地柔软，易收缩，袋壁紧贴在菌棒上，不易出现壁耳，开口出耳时保湿性能好，喷水时不易使菌袋内积水，减少了出耳期的后期污染。填料时先将袋底部两角塞满，然后再继续填装，装料要松紧适度。料松，菌丝弱，易衰老，出耳时易污染；料过紧实，通气不良，发菌慢。一般填装高度为18~20厘米，装干料300克左右。装料后套上颈圈，塞上棉塞。
（2）灭菌
培养料灭菌不彻底是引起发菌阶段和出菇时菌袋污染的主要原因之一。灭菌时锅内温度要快速达到100℃，并维持10~12小时。另外，锅内装袋过满，袋与袋堆叠在一起，没有分层放置，会造成料袋不易燕透，致使料袋的中心部位的灭菌不彻底，使一些耐热性的细菌残存。在菌丝培养时，这些细菌会大量繁殖起来，使培养料变成有粘性，带酸臭味的污染料，影响木耳菌丝向料内生长，只能在四周表层生长。长成的菌袋松散不紧实，含水量大，形成“软袋”。这种软袋菌丝生长量很少，开口后迟迟长不出耳芽，在袋的表面很快出现霉菌侵染，造成绝收。为防止灭菌时棉塞易受潮，可改用先用线扎紧袋口，将棉塞装入塑料袋中--起灭菌，接种时再套颈圈，塞上棉塞。
