在藩部全部归附前的清朝，皇帝也已发觉仅靠“德”，根本无法完成统一，甚至，无法使直省地区摆脱藩部的侵扰。若不是清朝统治者果断地对藩部侵扰直省的行为，严加惩治，那就只能采取相对保守的策略，将自己置于守势，更加被动。
康熙三十六年，青海蒙古臣服，而在此之前，青海蒙古对清朝的甘肃地区态度，其实，并不友善。顺治朝时，清朝西北边境头号心头大患，不是明朝的瓦剌，也不是清朝的漠西蒙古，恰恰是位于青海地区的蒙古诸部。
清初，甘肃地区接连不断地受到青海蒙古的侵犯。彼时，甘肃地区的稳定程度论起来，甚至，不如明末。例如：顺治十三年，清朝对厄鲁特部落的巴图鲁台吉、土谢图巴图鲁戴青等人传令，提及：“乃数年来，尔等频犯内地，劫夺马牛，拒敌官兵，率领番夷，威胁抢掠督抚按屡经奏报，即行遣官晓谕，尔终不悛。”
另外，比如：三藩之乱、王辅臣之乱时，青海蒙古“边前犯洪崖堡，今又乘我兵进剿河东，乃拆毁关隘，袭执官吏，与官兵会战，永固城副将陈达战殁……”可以证实，甘肃地区确已成为清朝边患时时作痛的“痛处”。正因如此，清朝不得不继续使用和维修明长城，来进行对青海蒙古的防御。
康熙五年，“青海各部蠭屯祁连山，纵牧内地大草滩，声言将入宼河州、临洮、巩昌、西宁、凉州诸地，提督张勇请自扁都口西水关至嘉峪关筑边墙，以限内外。”这段长城在甘肃西南方向，而明代甘肃长城主要在东北方向。
到了雍正年间，青海地区发生了罗卜藏丹津之乱。这个人是固始汗的后裔，他一直都想效仿其祖父固始汗，坐上青海蒙古和西藏联合首领的交椅。奈何当时青海蒙古已经归顺清朝，更何况，当权者也不想让他坐上青海蒙古的头把交椅。
从此，在青海蒙古一手遮天，无人辖制。
所以，罗卜藏丹津便咬着牙狠下心来决定与清朝彻底闹掰，“诱众犯边”，主动攻打了甘肃的西宁等地。但是，罗卜藏丹津的威望，并不足以号召青海蒙古诸部落，所以，到了最后，他被清朝打败，一路落荒而逃，直到漠西蒙古。
清朝此役虽说是获胜，但是，也已经对青海蒙古攻打甘肃边线的战略原因了然于心。而当务之急，便是若再不积极建筑防御工事，就难以保证下次再出现战乱时，敌人对甘肃地区的再度打击不会造成动乱。经由此事，大将军年羹尧请求在西宁的北川——边疆外上下白塔的地方，从巴尔托海到扁都口周边地方修补乃至新修边墙、构筑城堡。
后来，雍正帝批准了年羹尧的提议。
而“创修”两个字，证明了那时的清朝，不仅维修边防城墙，也会根据局势重新修建城墙。修建长城（边墙）不仅起到了隔绝作用——藩部和直省地区，并且，兼备军事作用——战时防御。
意图威胁甘肃的不仅仅是青海蒙古，漠西蒙古的野心，也已按耐不住。
趁着三藩之乱清朝捉襟见肘，难以顾及之际，准噶尔部首领噶尔丹完成了对漠西蒙古内部的统一，并且，征服了周边哈密等地。一时间，漠西蒙古在噶尔丹治下已然已成气候，开始具备了明朝瓦剌的气势。
这时，因为哈密和甘肃的距离较近，再加上漠西蒙古部众被击败后，也已经逐渐迁徙到甘肃沿边地区，如现在的阿拉善地区，导致清朝不得不去接济救助这些背井离乡，正处于危难之中的部落。一时间，甘肃地区不仅要抵御青海蒙古的侵犯，还要管理阿拉善地区的蒙古部落预防其生乱，加之漠西蒙古军队东侵哈密并试图继续东进。所以，康熙帝不免感受到巨大的压力。
当时，虽然表面上漠西蒙古跟清朝呈和平态势，但是，康熙知道，噶尔丹领导下的漠西蒙古继续强大下去，极有可能发展成清朝的威胁。到了康熙十六年，甘肃提督张勇就上书：“臣等窃思噶尔丹乃北厄鲁特之酋长，兵马众多，如果兴兵，即内地亦宜严饬守汛官兵防护。”
