在《秦边纪略》中，噶尔丹被比作西汉匈奴冒顿单于这样的枭雄，并记载了噶尔丹逐步统一西域诸部落的事迹，“控弦之士数十万，错杂塞下之夷，率皆顿首称臣，望风从命，呜呼可惧也已！夫远有冒顿之祸，近有门庭之寇，苟任捍御者狃于无事，不免棘门、灞上之不戒，则西陲之忧曷有已哉。”
然而，康熙帝并不是没有感受到来自噶尔丹的强大威胁，而是他必须先全力平定三藩之乱。康熙二十年，云南昆明在清朝官兵的围攻下，终于被攻克，三藩之乱基本结束。这时，康熙帝才松了一口气，转而注意清朝的北部边疆。彼时，噶尔丹自从统一漠西蒙古后，也逐渐对更广阔的东方土地垂涎欲滴。
这两个强大的政权默默注视着彼此，蓄势待发。噶尔丹不满足于区区漠西蒙古首领之位，于是，在康熙二十七年，趁漠北蒙古内乱，他悍然出兵，侵犯东方边界，占据了漠北蒙古，一手促成了漠北蒙古的混乱局面。当时，中俄正协同分界事宜，但是，中国使臣却无法通过漠北蒙古出境，所以，最终不得已而为之，尼布楚被定为了谈判地点。
说来，这《尼布楚条约》之称的来源，也十分有趣。噶尔丹东侵，不仅占据了漠北蒙古，扩大了领地，还迫使清朝在与俄国的谈判中落入被动。
于是，清朝在条约中不得以对俄国稍作退让。
然而，在《尼布楚条约》签订后，清朝得以空出双手专心对付噶尔丹。
而此时的俄国，囿于自身利益也不敢贸然支持噶尔丹，否则，谈判所得成果将会悉数作废。康熙二十九年，漠南蒙古被入侵，噶尔丹大军可直达漠南蒙古的乌兰布统，距北京仅仅四五百里，对清朝已经是如芒在背，如鲠在喉。彼时，康熙帝也难以忍受——“卧榻之侧，岂容他人鼾睡”。于是，打算御驾亲征。
后来，清朝大炮冲开了噶尔丹的驼阵，他在乌兰布统被击败，狼狈逃走。但是，此后几年依旧在清朝北部边疆活跃，成为清朝统治者的心头大患，对漠北蒙古和甘肃地区造成了严重的威胁。因而，康熙三十三年，朝廷议定大规模维修陕甘地区边墙。
当年，川陕总督佛伦接旨巡检查验陕西三边的边墙，便向康熙反映了边墙现状，以及呈上了修建计划：
“臣奉旨查阅三边，查陕西自肃镇嘉峪关北边，以至宁夏贺兰山起处，俱系土筑边墙；自贺兰山之胜金关起，至贺兰山尽之平罗营，原无边墙，以山为界……三边墙垣，历年久远，坍坏已多，若不亟为修理，必致倒废。但三边遥远，不能克期修理，勒限完工，请于明年渐次修补……从之。”
在那时，清朝维修陕西三边边墙，正是为了抵御噶尔丹的侵伐。直到康熙三十六年，噶尔丹病死，战争才暂时落幕。
雍正帝继位后，清朝的西北边患依旧，他秉承父亲统一的遗志，决定西征漠西蒙古，将军队一分为二，分别分为北、西两路大军。而这时的漠西蒙古，军事力量强悍，人心看齐，可谓是团结勇武。雍正九年四月，傅尔丹率领北路军精锐，在和通淖尔对漠西蒙古的计谋失察，深陷敌军包围。
之后，傅尔丹虽带领小部分剩余力量拼死血战、冲出重围，回到了科布多，损失不可谓不惨重，“得还科布多者二千人”。但是，雍正帝在发布西征诏谕时，可谓是运筹帷幄，稳操胜券，甚至，有一举覆灭的气概和信心。然而，当得知清朝北路军满蒙铁骑精锐惨败而归时，他的内心无疑是十分沮丧的。
因为，西路军远隔天边，且主要是绿营兵，从距离和实力上都难以依靠。而京畿之地和北方驻防的八旗精锐，也在这场战役中伤筋动骨。康熙时，在击败噶尔丹时，曾建功的山西右卫八旗，在和通淖尔之战时，“右卫驻防官兵阵亡566名，厮役阵亡526名，合计千人以上”。
所以，相比之前的意气风发，胸有成竹，雍正帝此时已经感到下不来台，甚至，产生了些许心慌。
为了预防漠西蒙古南下，对漠西蒙古，以及中原地区进军。雍正九年十月，雍正帝下令加强古北口、大同等地的防御，并提及：“至于边墙，年久倒塌而地当紧要者，亦应酌量修筑，以肃边境。着御史舒喜，天津总兵官补熙前往，会同古北口提督路振扬亲往踏勘。”
从当时的局势，可以知晓，修筑边墙一事显然是为了应对来自漠西蒙古的威胁。从《清史稿》中，也可以发现：“雍正九年，令直隶疆臣修治边墙，其古北、宣化、大同三处，咸募兵增防。自独石口以西，至*虎口一带要隘，亦酌增弁兵”的评价。
其中“增防”一词，清晰地证实了当时的朝廷对准噶尔来说，在战略上处于被动的守势地位，而修边墙的目的，也是为了防御。更甚者，清朝还在长城沿线设防，增用墩兵以瞭望漠西蒙古动态，随时防御。实证就是乾隆十二年时，山西巡抚请求：“晋省墩兵从前因边方紧要，每墩设兵一二名，今各墩在腹里，自应因地制宜，酌量彻留，除楼子营所管石城等墩台一十六座，俱设在边墙或与边垣附近……”
由此可见，清朝不仅利用边墙这一工事抵御外敌，还参照明朝，设立墩兵，起到警戒作用。
