于是，朱元璋气的直接派兵包围了胡惟庸，胡惟庸就这样被抓了。后来在朱元璋的授意下，锦衣卫开始了胡惟庸案件的牵连清洗，涉案的官员达到近万人，不过这次胡惟庸案件闹得太大，朱元璋自己都平息不了官员们的怒火，就把责任推给了毛骧，于是这个锦衣卫第一任头子就这样被处死了。后来第二任锦衣卫头子也因为蓝玉案件告发，引发了朝臣的反弹，同样的朱元璋拿他当挡箭牌也被处死了。
朱棣大力扶持锦衣卫，锦衣卫权力达到巅峰
后来“空印案”、“郭恒案”的始作俑者就是锦衣卫，后来朱元璋觉得锦衣卫有利也有弊，并且他发现了自己驾驭锦衣卫都有些费劲，如果自己的后代驾驭不住该怎么办？并且这时候的太子朱标去世，朱元璋有心让孙子朱允炆即位，可是朱允炆怎么都不像能够驾驭群臣和锦衣卫的皇帝，朱元璋索性就废掉了锦衣卫。
后来朱元璋的四儿子朱棣可是对锦衣卫看得清清楚楚，特别是他在应天府监禁的期间，他对锦衣卫就非常有好感，于是后来装疯回到顺天后，朱棣也像模像样的创立了一个类似锦衣卫的机构，不过这个机构不对外宣传。据说，朱棣敢打出清君侧的名号征伐朱允炆，其中就有这个机构不断的向朱棣收集情报，后来这个机构直接就交给了三儿子朱高燧，在南北作战中，朱棣之所以能赢，这个机构是有一定的贡献。
后来朱棣成为皇帝后，他也看出了锦衣卫的利弊，但是他自信自己驾驭得了锦衣卫，所以朱棣就开始重新设立锦衣卫，把原先自己的特务机构换装成锦衣卫，并且大力扶持。朱棣时期的锦衣卫才是明朝锦衣卫的奠基时期，朱元璋把锦衣卫铺垫到了整个应天，朱棣把锦衣卫铺垫到整个天下。并且分为各大卫所，各卫所负责人就是千户。
朱棣怒削锦衣卫职权，锦衣卫地位一落千丈
而纪纲是朱棣时期锦衣卫的指挥使，纪纲这人就是朱棣一手提拔起来的，但是纪纲这人太容易自满骄傲，他带领的锦衣卫是为非作歹，更是一手遮天，权势一天天壮大。后来汉王朱高熙就收买他，然后纪纲就一门心思的成为了汉王追随者。为此，纪纲还差点先谋反逼宫，朱棣也不是傻子，纪纲自己还没搞清状况，手下锦衣卫二把手就把他给告了，气的朱棣直接派兵剿灭了他，更是把他鞭尸。
朱棣也因为这次事件，开始思考锦衣卫的存在之道，后来，朱棣就削弱了锦衣卫的权力，更是把锦衣卫的权力交给了当时自己信任的一个蒙古人赛哈智，这个指挥使原本是三大营三千营的一个将领，跟随着朱棣出生入死，朱棣对他十分的信任。
而这个蒙古人指挥使也是十分忠厚的人，他在任期间，锦衣卫很少有冤案和错抓的事件，整体来讲他在任的时期是锦衣卫平稳发展的时期，后来更是干到了明宣宗时期，朱瞻基对这个指挥使十分尊重，但是他最终还是选择辞职，原因就是自己年老干不动了。而在他的努力下，锦衣卫的名声稍微好听了一些。
东厂力压锦衣卫，锦衣卫从此名存实亡
锦衣卫发展到后来，几乎每个新帝的登基，指挥使一定会被换掉，手下也会被清洗。但是锦衣卫的势力范围越来越大，据说锦衣卫除开十四个千户卫所分布在各地外，每个地区都有锦衣卫，当然了这些锦衣卫不是天天就盯人的，他们的工作职责就是收集汇总情报，盯人的工作都交给了锦衣卫内线负责，甚至当时的一个县城就有几十个锦衣卫内线。
