在1917年7月，孙中山乘坐军舰到达广州，护法运动正式开始。
此时张勋刚刚被打败，海军总长程璧光反对段祺瑞蹂躏约法破坏民国，拥护孙中山的护法主张，宣布脱离北京政府。从上海率第一舰队永丰舰等九艘战舰支持孙中山，于7月22日抵达广州，壮大护法的声势。
到达广州以后，孙中山很快得到西南军阀支持。广东、广西、云南、贵州与四川宣布脱离北洋政府加入护法运动。
不过，这些军阀并不是支持孙中山，只是为了自己的利益，搞政治军事投机而已。
段祺瑞一再宣布武力统一全国，很快就会南下作战，西南军阀都感到了威胁。
1917年9月孙中山出任大元帅时，留在上海的蒋中正即向孙中山提出一份“对北军作战计划书”，认为“北方政府所辖之军队，约在三十万以上，然实际上可为其动员者，即以冯、段二派势力合计，则其数亦不过六万。”“北军虽众，而为段氏冒死南犯者甚鲜”计划军政府从粤、桂、云、贵、川、湘等大西南地区动员多于敌的兵力三路挥军北进。
蒋介石说得有一些道理，却忽视了护法军大部分也是乌合之众，各怀鬼胎。
护法军成立以后，形成南北对峙局面，双方很快开战。
10月，护法军和北洋军在湖南开战，由此护法战争爆发。
随后，云南军队攻打四川，广西军队进入湖南助战，广东军队攻打福建，战争全面开始。
然而，这些军队却不能合作。
护法军中，广西军阀陆荣廷和云南军阀唐继尧实力最强，其次为湖南军阀谭延闿、赵恒惕、程潜等人。
护法战争开始比较顺利，中路占领长沙，西路占领重庆，东路攻入福建境内。
黎天才等人在襄阳通电宣告自主，组成“湖北靖国军”；郭坚等人在凤翔宣告独立，组成“陕西护法军”。河南、山东等省也有靖国军相继起
短短三四个月内，护法军就进入了十几个省份。
不过，护法军的胜利存在一定的偶然性，同北洋军阀内斗是分不开的。
直系军阀领袖冯国璋为了夺权，对护法军颇为纵容，坐山观虎斗，并不同他们作战。
段祺瑞自身实力有限，面对四面八方攻击的护法军，根本无能为力，才出现连连失败的情况。
在护法军连续胜利后，直系冯国璋认为段祺瑞陷入困境中，已经无力控制大局，决定开始全面拆台。
直系北洋军第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋发出通电主张停战议和。紧接着直系长江三督和直隶督军曹锟，联名发表通电响应停战。
敌人步步推进，段祺瑞又无法控制这些军头，被迫在11月16日辞去国务总理职务。
搞垮了最大政敌段祺瑞后，冯国璋认为目的达到，开始劝说西南军阀不要进攻。
西南军阀对局势看得很清楚，他们并不是直系大军的对手。
此次借助直系和皖系内斗，西南军阀已经捞到很大实惠。
如广西陆荣廷本来只控制广西一个省，现在军队已经进入好几个省。
于是，12月陆荣廷、唐继尧在未经护法军大元帅孙中山同意下，违令自行在湖南、四川两条战线宣布单方面停战，南北暂时停战。
桂系陆荣廷、滇系唐继尧在1917年底决定背弃孙中山的广州护法政府与冯国璋单独议和。提出恢复国会，停止湘粤进兵和作为交换拥护冯国璋继任总统，广西、广东取消独立的条件。冯国璋发出停战布告，责成南北停止敌对行动。
这么一来 ，护法运动等于是失败了。
孙中山无法控制这些西南军阀，完全无能为力。
就在护法运动由此结束时，段祺瑞又跳出来搞事。
段祺瑞不愿意被冯国璋这么戏耍，决定进行反击。
1917年12月2日，段祺瑞策动督军团北方十督：曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧在天津举行督军团会议。
12月6日联名电请冯国璋明令讨伐西南，12月31日，北方十督发表通电，坚决反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议会代行国会职权，选举正式大总统，企图“合法倒冯”。
名义上，段祺瑞是北洋政府的第一领袖。他虽无法控制其他军头，威望还是很高的，政治势力也相当庞大。
冯国璋毕竟不敢公开同段祺瑞为敌，只能宣布继续开战。
1918年1月冯国璋命曹锟向湖南开战。
广西、云南等军阀已经和吴佩孚达成协议，直系大军攻击的都是听命于孙中山的部队。这些部队实力弱小，根本不是直军对手。
2月，直系大军攻入湖北湖南，护法军连战连败，非常不利。
万幸的是，北洋军阀又有人窝里反。冯国璋南下督战时，突然被皖系军阀头子安徽督军倪嗣冲软禁，同时奉系军阀张作霖趁火打劫，出兵进入关内打秋风，同皖系结盟。
无奈下，冯国璋被迫请求段祺瑞再次担任总理。
