上海的客运水路由三部分组成：上海沿海客运码头、上海三岛（崇明、长兴、横沙）客运码头、上海三岛车客渡码头。沿海客运码头基本继承了原十六铺客运码头的航线，有开往定海、普陀山、南通、舟山、岱山以及长江沿岸城市等多条航线。
1.吴淞口客运中心码头
2003年9月16日启用，同年9月25日原上海十六铺客运站至普陀山、定海航线迁移至此停靠。目前运营上海前往安徽、江苏、浙江、湖北、河南等省的20余条长途航线，每天发送20个航班，是上海水上客运门户。
地址：宝山区凇宝路251号
交通：地铁三号线
公交：719路、淞安专线、永罗线、宝山8路、 宝山5路等
2.吴淞口国际邮轮码头
地址：上海市宝山区宝杨路1号
交通：地铁三号线宝杨路站下，换乘宝山9路到宝杨路汽车站下，步行200米就到了。
3.芦潮港车客渡码头
芦潮港车客渡码头远通宁波、舟山、普陀山，近至大小洋山，是出海游客的必经之地。
地址：南汇芦潮港镇首
交通：川芦专线、龙平芦专线、龙新芦专线、川芦专线
4.金山嘴车客渡码头
金山卫—普陀山海上专线”在金山嘴车客渡码头和普陀山码头之间往返，每天一趟。金山的出发时间为8:45，预计11:30抵达普陀山；返航时间为13:45，预计16:30抵达金山。
地址：沪杭公路7741号
交通：从上海南站可坐和谐号列车，32分钟到金山卫，然后转坐1、2路公交或者打车前往码头。
