碗莲秋季温度降低叶子变黄，营养回流，地下径膨胀结藕，不要过早摘除老叶，等待自然干枯，碗莲就完全休眠了。此时不能施肥，碗莲休眠期不吸收肥料，加肥容易烧烂藕芽。
南方地区零度以上可自然越冬，盆里加满水，原地放着，或者搬到不碍事的地方就行，不需要阳光，过冬比较简单。
北方地区，温度最好控制在0-15度，偶尔零下也没事，温度超过10度种藕会抽芽，不需要太高温度。种藕都在盆的底部，零到零下十度地区水泥地面上的碗莲盆底需要放木板或泡沫隔寒，盆顶盆边覆盖塑料薄膜或者毛毡保温。零下十度地区需要端入室内或者沉池越冬。
大缸零下地区不方便移动怕冻碎可以把种藕取出（尽量取出完整的种藕，藕尾带着藕鞭，藕身不需要清洗），找个合适小盆，上下加土，种藕放中间，加满水。端到合适的地方越冬。
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