无籽西瓜是三倍体，由于三倍体细胞在进行减数分裂时出现联会紊乱的情况，所以三倍体西瓜不能形成种子。其亲本是二倍体西瓜和四倍体。普通西瓜为二倍体植物，即体内有2组染色体(2N=22)，用秋水仙素处理其幼苗，令二倍体西瓜植株细胞染色体成为4倍体(4N=44)，这种4倍体西瓜能正常开花结果，种子能正常萌发成长。无籽西瓜是用种子种出来的，但这个种子不是无籽西瓜里的种子，而是自然的二倍体西瓜跟经过诱变产生的四倍体杂交后形成的三倍体西瓜里的种子。由于是三倍体，所以本身是没有繁殖能力的，也没有籽。无籽西瓜的培育，是培育出三倍体植株，使其发生联会紊乱，从而无法产生西瓜籽。方法是先用秋水仙处理二倍体幼苗，使产生四倍植株，此为染色体变化，后用二倍体与四倍体杂交产生三倍体西瓜籽。正因为种子为三倍体，所以通过人工授粉产生多果实为无籽西瓜。所以无籽西瓜的培育原理是染色体畸变。
无籽西瓜嫁接育苗成活率低，愈合速度慢，是当前生产中普遍发生的问题，它制约了无籽西瓜生产的发展，并给瓜农造成较大的经济损失。要提高无籽西瓜嫁接育苗成活率，培育健壮嫁接苗，就必须按照无籽西瓜的结构特性和生长特点来进行嫁接育苗。无籽西瓜育种通过以下几步:二倍体秋水仙素加倍=>四倍体.四倍体西瓜与二倍体西瓜杂交得到的种子是三倍体西瓜,三倍体西瓜种下去不能产生种子,就是无籽西瓜，无籽番茄是在番茄开花未受粉就喷撒生长素得到的.
