豆豉的风味取决于添加的香辛料，比如生姜、花椒、辣椒等，还要加入大量食盐，将豆豉中的细菌消灭。为了保证使用安全，豆豉必须加热使用，炒熟或炖熟，才不会引起食物中毒。
而纳豆的传统做法是利用稻草上的细菌发酵，夹杂少量杂菌，所以传统纳豆味道比较臭。近百年来，日本精进制作纳豆的技术，全自动化的纳豆几乎完全取代手工纳豆，做好的纳豆几乎不含其它杂菌，营养价值也比较高。
针对这个制作过程，日本人将纳豆的安全性、健康性和自己的国民宣扬，于是日本人从小就知道吃纳豆对身体好，纳豆拌饭可以经常吃。不像豆豉，由于含有较高的盐分，虽然营养价值高，但一直被中国人控制着摄入量，生怕盐分超标。
