赤潮的危害
赤潮发生后，不仅会改变海水的颜色，还会破坏海洋生态系统。大量增殖的赤潮生物会消耗水体内的二氧化碳，破坏水体酸碱平衡，打破原有的生态平衡，影响其他海洋生物的生长繁殖，给渔业生产造成重大损失。分泌毒素或产生特殊化学物质的赤潮生物不仅危害水中生物的生存，还会对人的皮肤和呼吸系统造成伤害。
赤潮影响渔业发展
2009年5月，福建南日岛周边海域的夜光藻大量繁殖，形成10平方千米的大规模赤潮，整片海区变成红褐色。由于当时海水对流缓慢，这次赤潮持续8天，严重影响了当地水产养殖业，造成海洋水产养殖损失约6000万元。
水产品毒素积累
有毒赤潮生物具有毒素，人们将这类毒素统称为“贝毒”。贝毒具有很强的毒性，有10多种贝毒的毒性比一般的麻醉剂药性强10万多倍。当赤潮水域内的鱼类、虾类、贝类摄食有毒赤潮生物后，毒素会在其体内积累。常规的烹饪方法不能将贝毒减少或清除，如果含毒鱼类、虾类、贝类被人们食用，就很容易引发中毒事件。
赤潮治理
20世纪80年代，日本向鹿儿岛赤潮海区撒播一定量的黏土，除去了赤潮生物，成功治理了赤潮。这种方法被称为“撒播黏土法”。撒播黏土法是当前世界上应用较为广泛的治理赤潮的方法，但会在一定程度上影响海洋环境。比撒播黏土法更为环保的方法是向赤潮水域投放鱼类、水生植物、微生物，用来抑制赤潮生物繁殖。此外，还可以使用化学药剂控制赤潮生物的增长。
