关于元始天尊的记载在魏晋之前是没有的，最早记载于晋朝葛洪的《枕中书》，书中记载：
混沌未开之前，天地日月未具，状如鸡子，混沌玄黄，已有盘古真人，已有天地之精，自号“元始天王”，游乎其中。
后二仪化分，元始天王居天中心之上，仰吸天气，俯饮地泉。又经数劫，与太元玉女通气结精，生天皇西王母，天皇生地皇，地皇生人皇，其后庖羲，神农皆苗裔也。并曰：“玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人元始天王、太元圣母所治。
此时，还只是元始天王的称呼，但是直接把元始天王与开天辟地的盘古二位一体了。直到南朝时，南梁的陶弘景《真灵位业图》才始有“元始天尊”之号，称盘古创世成功后，蜕去躯壳，一灵不昧，化为元始天尊。“以己前身是盘古，乃号曰元始”。元始天尊位居三十六天的最上层“大罗天”中，为神仙世界的第一尊神，道教上清派甚至认为太上老君、灵宝天尊、天真皇人、五方天帝等神仙皆是元始天尊所度。
从这里开始，南朝拜元始天尊为最高神，北朝以太上老君为最高神，到了隋朝道派融合，元始天尊得到广泛承认为道教最高神。
虽然后来唐朝官方大肆祭拜太上老君，宋朝官方祭祀玉皇大帝，但是道教内部认定元始天尊就是道教的至高神，等同于开天辟地的盘古。
这里顺便说一下灵宝天尊，或称之为“太上道君”，这位道教的排名第二的至高神，虽然认为祂的地位还要高于太上老君，但来历属实有些贫乏，给人一种徒有虚名之嫌疑，所以常常被认为在三清中排名比太上老君低，但在道教的神话体系中，灵宝天尊确实是排名第二，太上老君排名第三。此外注意：灵宝天尊不是通天教主，没有诛仙四剑，你要是在道士面前说灵宝天尊是通天教主，那绝对是冒犯道教徒的，当心道士来个掌心雷劈你。
三、万神之王——玉皇大帝东汉末年道教创立的时候，其实还流行过三官的信仰，那就是天官、地官、水官，就是把上古尧、舜、禹三圣皇给神化成自然天神，但是没有兴盛。但是说明人们对天帝的信仰是从古至今都有的，于是便形成了玉皇大帝。
