1853年后，太平天国占据南京和安徽沿江一带十多年，运河漕运被迫中断。战争极其惨烈，期间沿线主要城市都遭受重创，部分甚至全部焚毁。
1855年黄河改道后，运河山东段逐渐淤废。从此漕运主要改经海路。
1872年，轮船招商局在上海成立，正式用轮船承运漕粮。
1904年，漕运总督也被撤废。
1911年，津浦铁路全线通车。从此京杭大运河以及沿线城市的地位一落千丈。
建国后，政府对运河进行了大规模整修，使其重新发挥航运、灌溉、防洪和排涝的多种作用，部分河段已进行拓宽加深，截弯取直，新建了许多现代化码头和船闸，航运条件有所改善。季节性的通航里程已达1100多千米，江苏邳县以南的660多千米航道，500吨的船队可以畅通无阻。年运输量3倍于京沪铁路。
但京杭大运河生存环境恶劣的情况，却始终存在——大运河水源减少，水量不足；污染严重，水质较差；水利设施管理失范，水利工程严重老化，大部分年久失修，已不能发挥其应有的作用。
而从运河沿线及运河管理情况看，大运河沿线产业结构高耗水、重污染企业占比较高、面源污染依然存在、沿线部分区域氟化物等污染物不能稳定达标。
此外，大运河的管理被分割给沿途的各个省市管理，这给运河的整体保护和治理造成了很大的困难，再加上一些沿岸居民环保意识不高，运河整治难度较大。
因此，在相当长一段时间里，大运河脱离了现代生产生活中的作用。运河沿岸居民似乎已忽视了它的存在，绝大多数居民已经基本没有使用运河河水的概念。
1988年底建成的京杭运河和钱塘江沟通工程已将江、河、海衔接起来。
