moe软件怎么用,moe软件介绍及应用实例

首页 > 实用技巧 > 作者:YD1662023-11-02 13:33:23

moe软件怎么用,moe软件介绍及应用实例(1)

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文|浅语书笺

编辑|浅语书笺

前言

免疫逃避蛋白OmCI与C5结合并强力失活,这种紧密结合的相互作用可用于从血清中亲和纯化C5蛋白,与现有方法相比,该方法的操作流程极为简化。破坏高亲和力的相互作用需要风险较大的条件,可能会使C5变性或激活。

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进行了结构引导的体外突变研究,以识别可能显著影响结合亲和力的OmCI残基。体外定点突变实验对预测进行了验证,利用一系列生物物理技术以及功能测定对突变体进行了表征。生物物理分析表明,C5-OmCI相互作用复杂,可能存在多种结合方式

提出单一突变,降低了OmCI与C5的亲和力,以及多种突变的组合,显著降低或完全消除了复合物的形成。亲和力减弱的OmCI形式适用于亲和纯化,允许在不变性或激活C5的温和条件下洗脱。介绍了合理的设计、生物物理特性分析以及实验验证,证明了亲和力降低的OmCI形式作为工具试剂,可以实现C5的亲和纯化。

亲和力受损的OmCI突变体的体外设计

利用C5-OmCI-RaCI复合物的晶体结构信息,使用分子操作环境(MOE)软件进行了单个残基突变的设计,以降低OmCI与C5的亲和力

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突变按照dAffinity得分进行排序,这是一种代表结合自由能的替代指标。找到了预测能够使相互作用能量降低超过1 kcal/mol的突变

选择了带电的残基,这些残基似乎参与了盐桥或氢键的形成。同时还发现了两个疏水性残基Met-134和Leu-140。在突变疏水性残基时,选择了甘氨酸突变而不是丙氨酸突变,以确保侧链完全不含疏水性。

亲和力受损的OmCI突变体的验证,进行了以下单个残基突变:R47A、H117A、M134G、L140G、E141A、H164A和D167A。还进行了对照突变F36W。这一突变被专利保护,可以废除LTB4的结合而不改变与C5的亲和力。

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