水力发电的原理就是利用单位距离内水流的重力势能来推动水轮机的转动。最后使得水轮机内部做切割磁感线运动来产生电能。通过上面这个原理我们就能知道，只有水流存在高度差，原则上就可以建设发电站来发电。但是根据科学的测量，巴拿马运河的大西洋一侧比太平洋一侧只高出20厘米左右。所以两者之间的可利用的水能只有这区区的20厘米（我国长江上的三峡水利枢纽是世界上装机容量最大的水力发电站，其装机容量达到了惊人的2240万千瓦。其大坝就有100多米高，所以才有如此高的装机容量）。
20厘米的高度差要是可以建设水电站发电的话，世界上几乎所有的河流都可以建设水力发电，而不用刻意选择建设的地点。所以巴拿马运河两端大洋的高度差，还满足不了建设水电站所需的水能最低要求。而且巴拿马运河所在的地峡地势较高，巴拿马运河现在都高于海平面26米，要是挖到低于海平面深度，使得两大洋互相联通，这个工程太过于巨大，所要花费的金钱可以用天文数字来形容，建设水电站也回不了本。综上两个因素决定了这里建设不了水力电站。
但是大家不要灰心，虽然巴拿马运河两端的大洋高度差无法利用起来发电，但是大西洋一端的潮汐能丰富，我们可以考虑在这里建设潮汐能发电站。也能充分地利用这里的水能资源。
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