随后便有了马新贻赴闽中途改派两江的谕旨。可见在当时的会面中，慈禧已经向其透露了调任两江之意。
两江总督下辖江苏、安徽、江西三省军政民务，其管辖范围尽是江南富庶之地，朝廷赋税来源。
因此两江总督在清朝九大总督中的地位举足轻重，仅次于负责拱卫京畿、号称“疆臣之首”的直隶总督之下。
按理说慈禧能委以如此重任，朝廷对其认可信任和欣赏之意非常明显，对于此时的马新贻而言，改任两江，无论如何都是一件值得庆幸的事情。
但马新贻接下来的表现却极其反常，在那次君臣长谈后，当他从养心殿出来时，已是大汗淋漓，朝服湿透、惊恐万状。
究竟是怎样的对话内容，会让马新贻如此恐惧，甚至将荣宠加身的两江总督视作洪水猛兽和催命符箓？
随后马新贻返回菏泽老家祭祖时，更反复叮嘱其嗣子马毓桢，若自己在两江任上遭遇不测，千万不可进京告状，唯有忍气吞声方能得以自保。
莫非马新贻早已预料到自己的命运，而且更深知幕后的势力即使是自己这种慈禧钦点的封疆重臣都无法撼动？
种种蹊跷暂且按下不表，让我们先回到案件本身。
迷雾缠身的行刺之人刺马案虽事发突然，但好歹凶手被当场擒获，只要严加审讯，似乎也不难弄清楚其中的来龙去脉。
命案发生之后的第三天，即七月二十九日，同治帝及慈禧太后连发四道谕旨，让江宁将军魁玉督同各司、道官员赶紧严讯，“务得确情，尽法惩办”。
可谁知刺客虽然对刺马一事供认不讳，但关于行刺目的和背后主使却一问三不知，唯一交代的仅仅是自己名叫“张汶祥”，河南人氏。而通过观察，这个刺客操着湖北口音、不食猪肉（极可能是回民），说明就连最基本的籍贯问题，都是其信口胡诌的。
经魁玉再三审讯，也没有获得任何有用的信息，即使将其妻儿绑缚堂前，受刑于侧，嫌疑人却依然守口如瓶。
而每每询问至关键处，张汶祥不是闪烁其辞便是顾左右而言他，一会说马新贻暗通回匪，自己是为天下除害，一会又说与马新贻过往结有冤仇，自己刺马仅是出于私怨。
刺马案扑朔迷离背后又牵涉重大，主审官员均以“唯恐嫌犯未正典刑而暴毙狱中”为由，在审讯过程中虽是威逼利诱，却始终未对张汶祥用刑，只是一再“昼夜熬审”，寄希望于反复消磨时间，来获得想要的结果。
要知道张汶祥既然敢束手就擒，显然早已抱定必死之心，大刑伺候都未必会老实交代，此时凶手既能免受皮肉之苦，就更是肆无忌惮了。
张汶祥“坚不吐实”，案情一直无法取得突破，而民间对刺马的缘由，却迅速催生出了诸多版本，众说纷纭、莫衷一是。
而更令人生疑的是，就在马新贻遇害不久，案件仍在审理之时，各大梨园行中便有戏文相继上演。
舞台演绎中，马新贻、张汶祥、曹二虎本是异性兄弟，因马新贻见色起意，与曹妻暗中勾搭成奸，才导致张汶祥最终对其痛下*手。
这种马新贻“渔色负友”的论调，不仅在当时广为传播，在后世也是大行其道，甚至连李连杰主演的电影《投名状》中，也借鉴和继承了这种说法。
当然，这种“桃色仇*”的推断，极有可能是某种力量在背后指使，并加以散播，用来混淆视听，并且丑化、污蔑死者。
首先，马新贻在临终遗疏中曾明确表示“突有不识姓名之人，以利刃刺臣右胁肋下”，说明二人此前素未谋面。
而且就在马新贻身亡后，其妻不久便“坠金自尽”，试问如果马新贻是个好色之徒，那么他夫人怎么可能为其殉情？
江宁地方官员审理多日却毫无头绪，魁玉只能无奈地上奏表示“拿获行刺之凶犯，始则一味混供，……而讯其行刺之由，尚属支离狡诈。”
这样的推脱、敷衍之词，显然无法令朝廷满意，案件审理一个多月后的九月五日，中枢再次下旨，委派张之万为钦差，驰赴江宁，专事督办刺马一案。
只是从张之万开始，整个刺马案的高潮，才正式展开，一幕幕更加诡异而耐人寻味的“表演”，也相继发生了……
审案人员的怪异表现其实早在张之万赴宁之前，清廷在八月初即率先委派当时的直隶总督曾国藩接任两江，同时调查“刺马案”。
而曾国藩此时正深陷“天津教案”中焦头烂额，朝廷也任命了李鸿章接替他的直隶总督，并接手曾国藩处理教案的善后工作。
按常理而言，借此机会迅速逃离津门，正是曾国藩求之不得的，谁知湘军主帅竟百般拖延，先是以身体抱恙为由，请求开缺，朝廷不允，其后又强行赖在天津长达三个月之久。
这才有了后来朝廷临时委任张之万为钦差，先行赴宁的圣旨。
而皇命在身的张之万似乎也不着急，八月十日下的圣旨，钦差大人直到九月下旬才不紧不慢地抵达南京。
轮到张之万亲自审理时，依然延续了先前江宁地方官员的工作作风，只是一味“熬审”，并未使用任何突破常规的审讯手段。
结果当然不出所料，张汶祥继续装疯卖傻，开口便只求速死，熬审则一言不发，实在糊弄不过去了，便前言不搭后语的胡乱编造，时常导致口供前后矛盾，篡改、翻供的情况更是层出不穷。
从九月底到十二月初，朝廷对张之万的审讯速度和调查结果都极其不满，多次下旨斥责，张之万被逼无奈，最后于十二月中旬具折上奏，查明的结果是：
张汶祥出身捻军，又复通海盗，因马新贻在浙江巡抚任上剿*其同伙甚多，再加上其妻罗氏受人蛊惑诱逃，张汶祥曾“拦舆呈控”，而马新怡未准审理，因此怀恨在心，进而报复行刺。
更令人啼笑皆非的是，关于此案是否牵涉幕后之人，钦差大人的调查结果竟然是“无另有主使各情，尚属可信”。
“尚属”一词，代表“姑且算是”，如此人命关天的要案，是非真相，自是非黑即白，哪来的模棱两可？
这样的含糊表态显然无法让朝廷满意，随即再次下旨督促曾国藩抓紧就任两江审案，同时，另派老成持重的刑部尚书郑敦谨为钦差大臣赴江宁复审。
郑敦谨素以铁面无私、刚正不阿而闻名，在江宁审案也是兢兢业业、一丝不苟。只是两江总督曾国藩却表现得相当散漫，整个过程均是冷眼旁观、一言不发。
最终，此前审理近半年却毫无头绪的刺马案，在曾国藩回任两江后不到一个月，在大部分人的“默契配合”下，很快便有了最终定论，曾国藩与郑敦谨“照魁、张原奏之法奏结此案”。
但并非所有人都保持了沉默，共同参与审案的江宁布政使孙衣言、江宁盐法道袁保庆，二人均系马新贻心腹，对于刺马案疑点重重而仓促结案极为不满。
