审理过程中孙衣言更多次抗议对嫌犯用刑，无奈人微言轻，主审者无论魁玉、张之万还是郑敦谨、曾国藩对其建议均充耳不闻，这也直接导致了孙、袁二人事后拒绝在结案奏折上签字画押。
但无论如何，同治十年（1871）三月二十六日，谕旨结案。四月四日，张文祥以谋反大逆律问罪，处凌迟之刑，摘其心于马新怡墓前致祭。
此案过后，钦差郑敦谨并未回京复命，而是以抱病为由，径直返回原籍，而且此后终其一生，都再未涉足官场。
谜案背后的合理推测命案发生曲折离奇、审理过程又诸多蹊跷，下面就让我们以案件发生的时间顺序，结合史料进行合理的分析与推测：
据马新贻嗣子马毓桢回忆，其父曾亲口透露，1868年那次养心殿的密谈，慈禧透露将要将其调任两江，而此行的目的，便是要彻查四年前，湘军攻破天京后，是否如外界传闻贪墨太平天国巨额财富，以及有无其他不法行径。
要知道，太平天国定都天京十年有余，最终湘军围城苦战两载方得攻破。而1864年后，两江总督一直被曾国藩把持，江宁也一直是湘军的地盘。此时突然调非湘军系的马新贻接任，同时还肩负查案的秘密任务，这无异于在湘军的心脏插刀。
这也是为什么密谈后马新贻惊恐莫名，甚至早早便预料到自己将遭遇不测的原因。
平定太平天国后，曾国藩为避免猜忌，立即主动大幅裁撤湘军，结果清廷不仅将其调任直隶加以监视，更变本加厉在江宁安插眼线。
况且太平天国的财富问题，本就是一笔糊涂账，彻查之下，谁又能保证全身而退？
湘军立下不世之功于前，曾国藩顺从与忍让于后，如此种种却并没有换来统治者的推心置腹，而且接下来的调查又很有可能会侵害整个湘军集团的利益，这种背景下，于情于理，湘军上下都不会坐视不理。
而马新贻无非就是充当了清廷和湘军之间角力的棋子罢了，这一点，慈禧和曾国藩清楚，当事人马新贻更是心照不宣。
这就是刺马案背后的真实动机，而至于凶手张汶祥本人，无非就是借刀*人的工具而已。
其行刺之后如果逃脱，那么命案的既得利益者湘军，必定难逃干系，反而是行凶后束手就擒，并一人承担全部后果，这场蓄谋已久且暗藏玄机的刺*便成为了私人恩怨。
只要其一口咬定无人指使，那么湘军*人立威的阴谋就堂而皇之地变成了阳谋。不得不说，这也正是策划此案者的高明之处。
而审案官员都不是傻子，其中原委稍微想想恐怕都能猜测一二。一旦动用酷刑，但凡人犯招架不住，吐露实情，牵扯出幕后的主谋，相当于将朝廷和湘军的暗中矛盾公开，谁又会愿意当这个出头鸟？
郑敦谨为官多年，赴宁之初便已听闻刺马案背后并不简单，众多朝臣均避之唯恐不及，曾国藩又摆这种“懒政”的反常表现，再结合参与审案的地方官员，各种含糊其辞的调查结果，郑敦谨大致也能猜测出刺马案背后所隐藏的一些端倪。
有些事，其实并不需要什么水落石出的真相，需要的，恐怕只是一个让所有人脸面上都过得去的“交代”罢了。
而刺马案背后真正的主谋，也许并非曾国藩本人，因为当时湘军主帅正忙于应付“天津教案”，焦头烂额无暇分身。
但如此重大之事，即使他没有直接参与，至少也是知情人，幕后的策划实施者也必然得到曾的首肯才敢行动。
这也就解释了为什么命案发生后，面对朝廷下旨催逼，曾国藩却一再迁延，拒不赴任，同时在审案当中出工不出力的反常表现了。
至于真正的买凶*人者，其实已不重要了，此人必然出自湘军高层，且与曾国藩关系莫逆。
非要猜测的话，最大嫌疑者非黄翼升莫属，此人一生追随曾国藩，多次由其荐举任职，马新贻被刺时，黄翼升任长江水师提督。补充一句，曾国藩病故后，黄翼升旋即以类似“莫须有”的罪名被革职。
但马新贻是慈禧亲自任命的封疆大员，大庭广众之下，就这样不明不白的遇害，朝廷脸面无光，自然要摆出一副彻查到底的样子。
但实际上统治者也不愿意在明面上真的和庞大的湘军集团撕破脸皮，毕竟时局堪忧，处处还要倚仗曾国藩。
况且从上到下各级参与审理的官员对案情均众口一词，再查下去结果恐怕也不会有任何区别。倒不如见好就收，借坡下驴。
所以从最后清廷被迫承认曾国藩等人的审理结果来看，也算是一种变相的妥协。
而马新贻遇刺，曾国藩随即从直隶回任两江，此后两江总督的宝座就一直掌握在湘系的手中，朝廷也再未强求将此“烫手山芋”委任他人，各中缘由不言自明、耐人寻味。
