除了心学与程朱理学之外，明朝还有诸多学说出现，比如明代“气学”代表人物之一的罗钦顺，罗钦顺是可以和王阳明分庭抗礼的大学者，时称“江右大儒”。
朱熹理学认为“理气二分”，三纲五常这些“理”高高在上，可以与“气”（物体或人）分开，是最先存在的，即“理在事上”和“理在事先”。但罗钦顺认为“理在事中”，理气为一物。
还有堪称明朝最妖孽的文坛领袖唐顺之，俞大猷的兵法老师，戚继光鸳鸯阵源自此人，既学习程朱理学，又学习过王阳明心学，但最终却突破这两种学说，重返经世之学——实学。
总之，明朝各种学说多如牛毛，反对与被反对可谓家常便饭，理学迎来了百花齐放百家争鸣的局面。尤为重要的是，明朝皇帝对这一现象并未打击或压制，而是任其发展，即便对最为异端的李贽，因为学说与行为过于异端，受到不少官员抵制，万历也只是将他关进监狱，而没有*他，李贽后来在监狱自*而亡。
清军入关后，在程朱理学与心学选择上，自然选择更利于统治的前者，于是不规矩的心学备受打压，越来越衰落。最终，清朝心学重视主观意志，注重气节品德，讲求以理统情，自我节制，向程朱理学靠拢，更符合统治者的学说。
康熙十六年（1677年），康熙帝在御制《日讲四书解义序》中，明确宣布他要将治统与道统合一，以儒家学说（尤其是程朱理学）为治国之本。
所谓“治统与道统合一”，就是将皇权与对儒家经典的解释权，全部集中在一人之手。明朝时期，皇帝只有治统没有道统，道统在儒家学者手里。显然，这两者合一就封死了儒家学者发展学说的道路。说封死可能有些夸张，但让儒家学者不敢提出违背皇帝意志的学说了。
这里有一个配套工程，即我们熟知的文字狱。在文字狱的打击下，提出新思想的后果很严重，清朝儒家学者也没人敢拿自己的脑袋开玩笑。与之相反的是，明朝官方意识形态起初是程朱理学，但儒家学者也没当一回事，明朝皇帝也不敢随便以别人提出新学说而砍了圣人门徒们的脑袋。
因此，明清官方意识形态看似都是程朱理学，但实际却大不相同。明朝程朱理学在中期已经衰落，但清朝却将之推向神坛。
关于清朝理学，国学大师钱穆曾有一针见血的评论：
《〈清儒学案〉序》：至论清儒，其情势又与宋、明不同；宋、明学术易寻其脉络筋节，而清学之脉络筋节则难寻。清学之脉络筋节之易寻者在汉学考据，而不在宋学义理。”又说：“清儒理学既无主峰可指，如明儒之有姚江；亦无大脉络大条理可寻，如宋儒之有程、朱与朱、陆。
简而言之，在清朝高压政策下，学者们只能躲进小楼成一统的做考据，而不敢提出学说思想，更不可能提出符合时代发展的理学思想。清朝时期，中国考据学空前发展，但背后的代价是儒家学说几乎彻底没了发展，清朝儒学犹如一潭死水。而即便不问天下事，专心做考据，清朝学者也未必能避免劫难。
笔者举一个例子，《物理小识》的作者方以智，祖父方大镇、父亲方孔炤均学习西方天文学，这一家都是心学门徒，也可谓西学世家，清朝之后放弃了自然科学研究做考据，形成了大名鼎鼎的“桐城派”，但在戴名世《南山集》案中，戴供词承认《南山集》抄录的是同乡方孝标的《滇黔纪闻》，于是刑部判戴、方两家三百多人坐死，经过康熙的“宽宏大量”，戴名世寸磔，方孝标戮尸，戴、方直系子弟坐死，其余流徒。
在这种时代氛围下，整个清朝没有自产出一位大思想家。
社会进步，思想先行，没有思想准备与基础，社会又如何进步？
笔者不时听说，声称“明朝延续到鸦片战争时期，会比清朝做的更糟糕”，甚至有“清朝取代明朝，是中国的幸运”等言论，其实这种观点完全忽视了明朝学者的自我适用时代的能力，以明朝百花齐放的理学发展观之，明朝如果存在到18、19世纪，必然会出现与之相适应的思想学说，进而推动社会变革。
以日本观之，德川幕府时代，也将程朱理学定为唯一官方正统，将阳明心学视为谋反之学，坚决禁止。但德川幕府晚期，心学传播已无法遏制，当时传播心学的大师是吉田松阴，他门下八十多个门徒，其中竟然有四十多个成为了明治维新的关键人物，包括伊藤博文、木户孝允、高杉晋作等人。而日本明治维新或之后的名人中，西乡隆盛是心学信徒，东乡平八郎“一生俯首拜阳明”等。章太炎评价说：“日本维新，亦由王学为其先导。”简而言之，心学成为日本明治维新的思想基础，没有心学，可能就没有日本的近代崛起。
管中窥豹，透过明清理学的发展，可以看到清朝取代明朝，并非时代的进步，而是阻碍了中国的发展，甚至中国儒学思想因而倒退三百年都不止。
参考资料：《明史》、《清史稿》等
