除了台风等来自海上的灾害以外，琼州海峡也位于我国沿海地震带西南部，地震活动频繁，平均十几年就有一次中强度的地震。同时位于雷州半岛南部的“前山断裂带”、海峡中部的“琼州海峡断裂带”及海南岛北部的“王五——文教断裂带”三个断裂带交错于此。一旦在跨海大桥施工时发生地震等灾害，造成的后果难以预估。
除了表面可见的自然灾害以外，看似浅浅的琼州海峡深处隐藏着巨大的威胁。琼州海峡平均水深44米，最深处可达120米，相当于在海峡中有一个深120米的大坑。相比之下粤港澳大桥平均深度仅为37米，但港珠澳大桥的建设过程中也面临着诸多考验，如在外海建人工岛、最长沉管隧道的铺设、超大规模外海钢桥等，但在建设者的不懈努力下这些世界难题被一一攻克。
琼州海峡的建设难度相较于港珠澳大桥是有过之而不及，但港珠澳大桥的建设不但是出于经济发展的考量，更是具有深层次的维护国家稳定的战略意义。而琼州海峡跨海大桥的意义则更多在于交通及经贸交流层面。
经济状况难以为继
港珠澳大桥由于具有及其重要的经济及政治原因，国家不惜花费大量的人力物力进行施工建设，资金总额达1269亿元。据估计不考虑自然灾害因素，琼州大桥修建完成势必要超2000亿元；从经济层面来说，修建跨海大桥的财政压力是政府难以承担的。
海南省是全国最年轻的省份，直到1984年海南行政区人民政府才正式成立。如今海南省常住人口也仅950万左右，2020年地区生产总值为5532.39亿元。海南2019年出入境游客142万人次，到目前为止已开通103条境内外航线，航线网络已覆盖东南亚及欧洲大多数国家，海口、三亚、儋州、博鳌等城市机场正在扩容中。就目前整体形势来看，海南的客运水平可以满足省内居民及国内外游客的日常需求。因此对于财政收入微薄的海南省政府来说，花费2000亿元修建琼州大桥着实是不值当。
如果真要修建大桥，这2000多亿的资金该怎样进行分摊也是令人困扰的难题。可能大多数人会说广东经济这么发达，资金也应该多承担一点啊；但广东经济发达也就意味着对海南的经济依赖度很低，因此修建琼州大桥对广东的实际经济推动作用不大，但对海南融入珠三角发展的推动作用是很巨大的。但目前海南受制于海峡，发展情况远比不上珠三角地区，财政状况不足以支撑自身独立修建大桥。
