任何一种经营模式都有优点，也会存在缺点，这需要我们考虑清楚企业想要什么，不能因噎废食，而要积极寻找解决问题的对策。
世界上没有完美的经营模式，没有任何模式是完美无缺的，哪种模式都有自己存在的缺陷？扬长避短本就是管理者的任务。
企业是个矛盾体，在企业的经营管理中，存在着无数的矛盾，如：整体性与活力、长期绩效与短期绩效、统一性与多样性、精神文明与物质利益、公平与效率、程序性与灵活性、独裁与民主等等，这些矛盾经常无法协调、互为代价，管理者必须在矛盾中做出选择，当做出一种选择时，需要采取另一种手段来对冲，或者在后面采取措施弥补选择的缺陷。
任正非曾经用生动的比喻来描述管理者处理这种矛盾时需要采取的做法：就是捣糨糊，面多了加水，水多了加面……
1.阿米巴最大的弊端是内部交易。因为一旦内部交易处理不好，它可能会引起员工的自私自利。
2.阿米巴经营要精细化进行管理，所以它对于整个软件的要求，信息化的要求在后期会越来越高。
3.阿米巴经营对于人员的意识的要求和理念的要求相对比较高。
阿米巴真正的弊端体现在以上三个方面，但最终归结起来就是在“术”的弊端。
阿米巴经营模式的最大的好处是激发基层活力，缺陷是破坏企业的整体性，弱化企业内的协同。
内部交易会引起每个部门的纷争，需要通过把理念和机制结合起来解决。在理念上采取利他的模式，不是为了一己私利，有时候要牺牲小我来成就大我。这要从机制上得到保障，让爱做雷锋的人不吃亏。
所以在后续需要对奖励机制、评价机制，以及人力资源的管理机制进行全面的设计，导向首先是集体利益，然后是个人利益。
阿米巴是把个人放到组织当中点燃，所以它不是一个简单的独立核算，而是数字经营法。通过数字来激励每一个员工，使组织的利益最大化，先考虑组织，然后再来考虑个人。
