▲瑞士宗教分布示意图
16世纪后，苏黎世等州资本主义经济的发展，1519年，慈温利在苏黎世传播自己的宗教思想，拉开了瑞士宗教改革运动的大幕，慈温利的改革并没有在整个瑞士得到认可，而是引发了瑞士各州的分裂。
其中伯尔尼、巴塞尔、沙夫豪森和苏黎世等经济发达的州选择了新教，而瑞士邦联南方的“五国联盟”（卢塞恩、乌里、施维茨、下瓦尔登和楚格）则继续坚持天主教信仰。
▲茨温利
1528年以伯尔尼、苏黎世为首的新教州组成了联盟，遭到威胁的“五国联盟”与信奉天主教的哈布斯堡家族组成了“基督教联盟”。双方因为宗教分歧先后爆发了两次战争。
在第二次战争中，基督教联盟突然袭击信奉新教的苏黎世军队，最终苏黎世战败，茨温利战死。战后新教州和天主教州签订和约，由各邦自己决定自己的宗教信仰。自此瑞士形成了新教和天主教共存的局面。
▲瑞士新教和天主教的卡佩尔战争
各州宗教信仰的不同，加上邦联制度下地方完全拥有自己独立的内政外交政策，因而一旦碰到国际形势有任何风吹草动，新教州和天主教州会根据各自的利益选择不同的盟友。
瑞士宗教战争结束后，1618年，德意志内部因为宗教矛盾爆发了波及整个欧洲的“三十年战争”。瑞士各州根据宗教信仰，为交战双方提供雇佣兵。其中天主教州为信奉天主教的哈布斯堡提供佣兵，而新教州则为荷兰等新教国家提供佣兵。
▲瑞士邦联的家族树
但瑞士各州只是将佣兵作为一种赚钱的生意，为了整个邦联的利益，瑞士各州并没有直接参与战争，也没有偏向任何一个国家。各州都允许和交战各国进行贸易往来和资源支持。这次战争中，瑞士各州的选择为它之后的内政外交的选择提供了范例。
战后，瑞士邦联彻底从神圣罗马帝国独立出来。到18世纪，信奉新教的苏黎世、巴塞尔和伯尔尼等州工商业发达，经济远远要强于天主教州。
但瑞士松散的邦联体制，在法国大革命的冲击下荡然无存。1798年，拿破仑以“解救瑞士人民免受贵族压迫”为借口，出兵占领了瑞士，邦联制度土崩瓦解，取而代之的是一个中央集权制的“海尔维第共和国”，虽然还是由瑞士人管理，但是要服从法国的命令。但这个海尔维第共和国在1803年就解散，仅仅存在了5年。
