作为二战日军之中争议最大的将领之一，南云忠一在战争中扮演了重要的角色。他先后参与了偷袭珍珠港、亭可马里空袭、中途岛战役和两次所罗门海战等重要战役，他在日军之中也称得上是地位很重的将领，但史家对其真实水平的评价褒少贬多。就连南云忠一的上司山本五十六都评价他为“入室小贼”，“去时自信满满，一旦得手则心惊胆战，狼狈逃窜。”
在偷袭之前，山本五十六的计划遭到了南云忠一的拼命反对，前者牟足劲的忽悠才让南云同意指挥。他在珍珠港关键时刻的畏缩使日军失去了一举彻底摧毁美军太平洋舰队的机会，那么既然南云忠一如此不堪，山本五十六为何偏偏要选他担任偷袭计划的指挥呢？原因很简单：能爬到这种层次的将领肯定不会是一无是处，南云忠一当然也有他的过人之处。
据说在决定偷袭珍珠港前，就连山本五十六也想不出如何在保证不暴露行踪的情况下远航三千海里抵达美军军港。南云忠一却淡定地表示这根本不算啥问题，只要你们能让飞机飞起来把炸弹仍在美国军舰上，他肯定能把舰队带到想去的地方。另外，南云总会过分小心，但在危急时刻其实也并不懦弱。中途岛战役时，他的旗舰“赤城”号航母遭到美军鱼雷机穷追猛打，关键时刻，南云忠一亲自掌舵，挽救了航母并赢得了手下官兵的尊重。
总的来说，二战时的日军比较迂腐，战术执行力很强，但大多数人排斥富有战术创造力、冒险精神强的将才。南云忠一在远洋航海作战、水雷战上的能力确保他能够跻身高层，而帮助他地位进一步提升的则是他比较“听话”。在反人道方面，他是个典型的军国主义分子。这一点，我们从塞班岛一役就完全能看出来。
1944年6月，美军集结了规模空前庞大的舰队包围塞班岛，试图一役夺取这处战略要地，从而瓦解日本本土“绝对防御圈”。当时的塞班岛上尚有日军精锐4.3万、战舰55艘以及飞机630架。为了确保胜利，美军投入了包括第2、第4陆战师和第27步兵师等在内的多支精锐部队，总兵力达6.7万人。在470余艘舰艇与近2000架飞机的掩护下，美军于1944年6月中发动进攻。
塞班岛战役的惨烈在人类战争史上留下了浓墨重彩的一笔，我们不必多做赘述。日军从一开始就丢掉了制空权和制海权，同大本营的联系也被切断，明眼人都能看得出来，塞班岛战役从一开始就注定了失败，不说岛上日军的最高指挥南云忠一了，恐怕是换了任何人都无法扭转败局。战役爆发后，大本营曾多次派遣援军解围，均遭美军击溃；不仅如此，南云忠一善用的海军很快也损失殆尽，陷入了难为无米之炊的境地。随着一支由9艘航母组成的舰队执行的援救行动失败，南云忠一自知大势已去，转而开始“安排后事”。
1944年7月初，日军补给已经消耗殆尽，岛上所有能充当粮食的东西基本上都被日军劫掠一空。士兵难以抵抗饥饿，军心涣散。7月5日，美军从一名岛上日本居民的口中套出了日军的藏身之处，日军残余部队遭到美军穷追猛打。南云忠一于6日发布了一道命令，要求岛上日本居民全部“殉国”。当时，塞班岛上尚有许多平民，日军将他们赶到马皮角附近举行所谓的“殉国仪式”。妇孺老人向日本本土方向跪拜后就被逼着从高约95米的悬崖上跳下。这些百姓根本不愿做军国主义的炮灰，哭喊着想要向近在咫尺的美军投降。僵持之下，南云忠一再度下令让日军将小孩从悬崖上扔下，对着不愿“殉国”的人群开枪。
值得一提的是，岛上还有一所女子学校，校长发表讲话号召学生也跳崖殉国，声称“如果不殉国，美军赶到后可能会被凌辱”。结果，女生们没有遭到美军折磨，反倒在自*前把她们“美丽的身体”奉献给“天皇的武士们”了。在屠*平民百姓的同时，南云忠一也为自己的人生安排了结局：他命令所有士兵装上刺刀向美军发起自*式冲锋，他本人则与小畑英良中将向大本营发回“诀别电报”后于山崖下的指挥所里剖腹自*。
要知道，这个过程并不算啥秘密。当岛上百姓被迫“殉国”时，远处的美军都看在眼里，甚至还留下了影像资料。美军向悬崖方向喊话，劝日本人投降，谁知不起丝毫作用。不少日本人落地后摔得不成人形，很快，悬崖下的海面上便铺满了一层黑压压的尸体。美军见状后，有的士兵陷入精神崩溃，他们不明白日本人为什么非要用这种方式结束生命。
此役结束后，4.3万守岛日军只有不到2000人幸存，而美军也付出了1.6万余人伤亡的代价。经过清点，山崖下一共有1053具日本人尸体，其中包括107名殒命于花季的女孩。她们大多衣衫不整，表情狰狞而绝望。据说，当时，日本人的哭声和跳崖时的惨叫声震耳欲聋，此处犹如人间地狱，这座山崖也被称为“万岁崖”，如今反倒是成了一处相当有名的旅游景点。
