然而，反对改革的势力并未因此停止行动，他们向慈禧太后谗言光绪皇帝，使慈禧太后转而支持反对派，最后通过军事政变废黜了光绪皇帝。1898年9月18日，慈禧太后的亲信荣禄将部队调往天津和北京。面对形势严峻，维新派的谭嗣同于当晚求见袁世凯，请求他在京师保护皇帝。袁世凯虽表面答应，但其内心另有打算。
三天后，慈禧太后通过电报宣告重新掌政，戊戌政变随即发生，光绪皇帝被软禁在瀛台，新政被废止，维新派人士被捕。这场持续仅103天的戊戌变法运动，即百日维新，因此戛然而止。
在百日维新运动失败后，康有为成功逃离北京，并在英国军舰的保护下，安全抵达香港。梁启超则躲进了日本公使馆，而其他的数十人遭到了逮捕。
9月28日，谭思同、杨岳、林旭、刘光第、康广仁、杨申秀六人在菜市口被处决。这场在历史舞台上持续了103天的激进改革，虽然以失败告终，但其意义却无法用时间的长短来衡量。
