光绪宣布变法后的第四天，慈禧太后即迫使光绪皇帝下令将帝党官僚首脑翁同龢的军机大臣等一切职务免去，并驱逐回籍，又令嗣后二品以上大员授新职，须到慈禧太后面前谢恩，还任命慈禧的亲信荣禄为直隶总督，统率北洋诸军。这三道打击新政的命令，为顽固派发动政变做好了组织准备。9月初，慈禧太后亲信怀塔布、李鸿章亲信杨崇伊等前往天津，与荣禄密谋，预定 10 月底在光绪和慈禧到天津阅兵时举事政变。光绪得知后惊慌失措，乱了阵脚，向维新派求助。维新派也无定见，竟向帝国主义和表面拥护维新的袁世凯求援。结果袁世凯随即向荣禄告密，荣禄又密报慈禧。
9 月 19 日，慈禧即从颐和园回宫，密作政变准备。21 日凌晨，慈禧将光绪囚禁于中南海的瀛台，重新“训政”，继而搜捕维新派，通辑康有为、梁启超等人。康有为已于前一日离京赴沪，在英国人保护下逃往香港；梁启超则在日本人掩护下化装出京，经天津去了日本。谭嗣同拒绝了人们要他出走日本的劝告，把所著诗文和书稿交给梁启超保护，并决心一死以光耀变法。他说：“各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。”28 日，谭嗣同等“戊戍六君子”被*于北京莱市口。政变后，除京师大学堂被保留，其余新政措施全被取消，“戊戍变法”失败。
戊戌变法不但是一次政治改革运动，而且是一次爱国救亡运动和早期资产阶级知识分子力图摆脱封建思想束缚的思想解放运动。以康有为为代表的资产阶级维新派，面对 19 世纪末帝国主义要灭亡中国的危机，挺身而出，主张变法，要求维护民族独立和发展资本主义，这是一种爱国行动。他们倡导资产阶级新学，有力冲击了封建主义旧学，在意识形态领域播撒了新学的种子，以致在戊戍政变后，越来越多的人怀疑旧学，追随新学，要求民主。历史证明，戊戍维新运动是有进步意义的。
戊戍变法失败的原因主要在于资产阶级的软弱性和脱离广大人民群众。主张维新的资产阶级知识分子，既不想推翻清朝反动的封建政权，又不敢触动帝国主义，幻想用“和平”和“合法”的手段进行自上而下的改革。他们不是发动和依靠广大人民群众，而是依靠一个并无实权的皇帝，结果惨遭失败。
