反式脂肪对健康最主要的危害是：摄入太多会增加心血管疾病风险。
反式脂肪和饱和脂肪都会增加血液内“坏”胆固醇的含量，而反式脂肪还会同时减少“好”胆固醇的含量。因此科学家们认为，反式脂肪比饱和脂肪还要糟糕。
基于此，世界卫生组织建议，每天反式脂肪的供能比最好控制在1%以下。按2000kcal(约为成年男性一日所需能量)折算，大约是2.2g左右。
至于其他方面的影响，比如2型糖尿病、肥胖、癌症、生殖健康、生长发育、过敏等，虽然有一些文献报道，但研究的结果并不一致或证据还不充分。
除了工业反式脂肪，一些食物也天然含有反式脂肪，但含量较少。
天然反式脂肪主要存在于反刍动物(牛、羊等)的肉、脂肪、乳中，是瘤胃(就是平常说的草肚)内的不饱和脂肪酸经细菌发酵产生的
母乳中也有少量的反式脂肪。
