为实现对当地的分而治之就将其分割为遵义军民府和平越军民府：前者继续隶属于四川省管辖，后者则划归贵州省管辖。从元朝到明朝再到后来的清朝一直在对行省制度进行改革，而这一过程中的一大趋势就是省份被越划越小：元朝只有十个行省，明朝则将其拆解为两京十三省。清朝入关后对明朝的行省进一步拆分：康熙三年（1664年）将湖广行省拆分为湖北、湖南二省。康熙六年（1667年）将江南省分为江苏、安徽二省。康熙七年（1668年）将陕西省分为陕西、甘肃二省。
清王朝之所以要把行省拆小就是为避免地方督抚因权力过大形成尾大不掉的割据势力。除了直接将某个大省拆分为几个小省之外有时也把大省的某些地区划拨给小省。康熙年间平定三藩之乱后朝廷对西南云贵川地区的控制力度得到加强，于是对云贵地方土司的改土归流工作开始得到大规模的推广，到1725年时清王朝在西南地区的改土归流工作进入高潮时期。这时担任云贵总督的鄂尔泰向雍正皇帝建议对云、贵、川各省进行新的省界划分。
这一时期清政府在西南地区所推行的改土归流工作并不总是在和平状态下进行的，事实上随着改土归流工作的推进使清朝政府军和当地土司武装力量之间的摩擦愈演愈烈。在这种形势下贵州已然成为随时可能用兵的军事要地，而四川则是西南地区的政治经济中心。驻守云贵地区的大军需要四川作为提供粮草的后勤基地，所以改土归流的平稳推进必须确保四川的安全。当时四川省管理的面积非常大：管辖着现在的四川省、重庆市、贵州遵义府以及陕西部分地区。
把遵义从四川划入贵州相当于在四川和贵州之间划出一个缓冲屏障。一旦贵州有变之时平叛大军即可经遵义进入贵州；如果叛军势力强大到一时难以剿灭，那么有遵义作为屏障挡着也可保证四川无虞。另外开发较早的遵义要比当时贵州其他地区发达，所以遵义划入贵州也可以带动贵州的发展。这也符合清王朝一以贯之在大省和小省之间保持政治平衡的策略。雍正五年（1727年）雍正皇帝下诏将遵义府由四川省划归贵州省管辖，同时将原来隶属于贵州的古蔺（现在属于四川泸州的古蔺县）划拨给四川。
