康熙朝推行"博学鸿儒科"的意义，是因为三藩之乱爆发后，康熙认识到了"明朝遗民问题"的严重性，并对满汉间的关系进行了反思。于是，他认识到了清王朝巩固统治的一大方法就是，为清王朝的统治，冠以汉文化中的合法性和正当性，消除汉文人心中清王朝是异族入关的心理。想要通过"博学鸿儒科"的形式，以和平的方式，通过招揽遗民中的文化名人，通过对汉文人的体制化，来促使汉文人对自身身份的心理转变，争取汉文人对清朝正统的认可。
1，"遗民问题"由来在中国由来已久
首先，遗民问题在中国由来已久。因为，中国历代朝代更迭十分常见，所谓"分久必合，合久必分"，如此一来，就产生了"遗民"。其一，遗民之所以能被统治者重视，是因为遗民有着特异的潜质和行为方式，比如历代的移民多以隐居的形式表达对新朝的不依附，他们或隐居山林，或寄身于伽蓝，亦或直接闭门谢客。一来，是名士文人在表达亡国之痛，二来，是朝代更迭之时，容易有*身之祸，于是大批遗民怀有观望的态度。
其二，因为新朝刚刚建立之初统治尚不牢固，于是遗民成为了游离于国家秩序和体制之外的政治异己力量。在新的王朝建立之初，遗民这样的群体对统治者来说是极大的威胁，一旦被有心之人利用，非常不利于政治权威的确立和巩固。所以，自古以来中国历代的统治者都或多或少的面临着遗民问题，而看一个新的王朝是否站住了脚，对遗民这样自由群体的调动和管制是很大的参考标准。可见，遗民问题在中国由来已久。
2，清朝入关之初，也面临着严峻的"遗民问题"
其次，清朝入关之初，也面临着严峻的"遗民问题"。清朝入关后，随着康熙三年李来亨全家自焚，标志着南明政权在大陆的抵抗结束，清朝所面临的政治、军事威胁基本解除。于是，对清朝怀有抵抗心理的文人遗民，成为了清朝当时亟待解决的一大问题，也是当时清朝最活跃的政治异己力量。并且，这个遗民群体数量还很大，仅仅文人士族群就多达两千多人，更重要的是，这批人或是前朝大儒，或是前朝文化名人，在民间、朝堂都有一定的政治影响力。比如，说出"天下兴亡匹夫有责"的顾炎武就是其中之一。连康熙本人都认可遗民在社会上的地位，《清圣祖实录》记载："卿等皆老学素望，名重一时"，说康熙认为这些文化名人名重一时。
