第二阶段是1881年至1884年。之所以说1881年，是因为这一年慈安去世了。慈安去世后，后宫里再也没人能限制慈禧了。而且之前奕訢、慈禧、慈安三方掌控大权，现在变成奕訢、慈禧一起掌控大权。由于最终决定权在慈禧，因此慈禧的权利大大提升。
不过不管怎么说，此时的奕訢还是统领朝政，很多事务还是需要他处理。慈禧虽然掌控最终决定权，但在朝政上，影响不是非常大。慈禧再有决定权，也只能垂帘听政，不能直接参与政务，这一点还是很麻烦了。再说了，奕訢是咸丰的弟弟，光是凭借这个身份，慈禧就很难从他手里夺走所有大权。
不过这段时间里，慈禧的权利不仅仅是大大提升这么简单，还有总览大权的趋势。因为奕訢统领了二十多年朝政后，逐渐倦怠政事，再也没有之前的魄力。朝中支持他的人越来越少，他的权利也不断被慈禧削弱。
第三阶段是1884年至1889年。这段时间内，慈禧是真正的独揽大权，没人能和他对抗。1883年，爆发了中法战争。由于清朝统治者在初期的犹豫不决，导致清朝海军、陆军战争初期严重失利。慈禧以此为借口把奕訢为首的军机处大臣全班罢免，这就是著名的甲申易枢。清朝对外的说法是“恭亲王奕訢、大学士宝鋆，入直最久，责备宜严，姑念年老，特录前劳，全其末路。”说白了，就是你们年纪大了，该退休了。之后，朝中都换上了慈禧的亲信，慈禧开始总览大权。
在这段时间里，清朝总体发展还是平稳，没有什么特别的事发生。清朝的洋务运动还在继续，虽然国内仍有众多矛盾，但国力还在不断上升。可以说慈禧这段时间里做得还不错。
